基于BWT的快速DNA比对系统的设计与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第9-19页 |
| 1.1 课题背景 | 第9-12页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第12-14页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第14-16页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第16-19页 |
| 第2章 数据信息及BWT相关原理介绍 | 第19-30页 |
| 2.1 数据相关信息介绍 | 第19-22页 |
| 2.1.1 参考基因组信息 | 第19-20页 |
| 2.1.2 测序序列信息 | 第20-22页 |
| 2.2 BWT基本原理 | 第22-27页 |
| 2.2.1 BWT含义及性质介绍 | 第22-23页 |
| 2.2.2 字符串匹配算法介绍 | 第23-24页 |
| 2.2.3 本系统BWT索引的构建 | 第24-27页 |
| 2.3 比对系统概要设计 | 第27-29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 精确比对算法设计 | 第30-46页 |
| 3.1 精确比对总体设计 | 第30-31页 |
| 3.2 对READS进行排序 | 第31-32页 |
| 3.3 对排序后的READS进行比对 | 第32-42页 |
| 3.3.1 从read中获取碱基 | 第34-35页 |
| 3.3.2 获得比对起点和相关变量初始值 | 第35-37页 |
| 3.3.3 对read进行向后比对 | 第37-40页 |
| 3.3.4 保存比对结果 | 第40-42页 |
| 3.4 确定READS的命中位置 | 第42-44页 |
| 3.5 精确比对算法时间复杂度分析 | 第44-45页 |
| 3.6 本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 模糊比对算法设计 | 第46-57页 |
| 4.1 模糊比对总体设计 | 第46-47页 |
| 4.2 过滤索引构建 | 第47-49页 |
| 4.3 对READS进行错误处理 | 第49-55页 |
| 4.3.1 碱基的替换处理 | 第50-51页 |
| 4.3.2 碱基的删除处理 | 第51-52页 |
| 4.3.3 修改后reads的过滤 | 第52-54页 |
| 4.3.4 对修改后reads进行错误标记 | 第54-55页 |
| 4.4 对READS进行排序并比对 | 第55-56页 |
| 4.5 模糊比对算法时间复杂度分析 | 第56页 |
| 4.6 本章小结 | 第56-57页 |
| 第5章 系统实现与测试 | 第57-65页 |
| 5.1 系统实现 | 第57-59页 |
| 5.2 系统测试 | 第59-64页 |
| 5.2.1 实验数据来源 | 第59-60页 |
| 5.2.2 精确比对性能测试 | 第60-63页 |
| 5.2.3 模糊比对性能测试 | 第63-64页 |
| 5.3 本章小结 | 第64-65页 |
| 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
