| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 主要符号对照表 | 第16-17页 |
| 第一章 总论 | 第17-23页 |
| 1.1 论文选题及意义 | 第17-23页 |
| 1.1.1 适配体的虚拟筛选 | 第17-19页 |
| 1.1.2 OGT抑制剂筛选、设计 | 第19-21页 |
| 1.1.3 FACL药物设计算法开发 | 第21-23页 |
| 第二章 茶碱适配体的虚拟筛选 | 第23-51页 |
| 2.1 引论 | 第23-24页 |
| 2.2 虚拟筛选SELEX in silico的原理和流程 | 第24-26页 |
| 2.3 模拟细节和实验方法 | 第26-30页 |
| 2.3.1 二级结构预测 | 第26-27页 |
| 2.3.2 分子动力学模拟 | 第27-28页 |
| 2.3.3 结合自由能计算 | 第28页 |
| 2.3.4 SELEX in silico的流程 | 第28-29页 |
| 2.3.5 实验验证 | 第29-30页 |
| 2.4 序列空间的二级结构分析 | 第30-36页 |
| 2.4.1 △G_(MFE) Vs △G_(target) | 第30页 |
| 2.4.2 △G_(MFE) Vs △△G_(Gap) | 第30-32页 |
| 2.4.3 子突变序列空间中的△△G_(Gap)分布 | 第32-34页 |
| 2.4.4 突变策略的验证 | 第34-35页 |
| 2.4.5 结构模体间的转化 | 第35-36页 |
| 2.4.6 小结 | 第36页 |
| 2.5 茶碱适配体的序列富集过程 | 第36-40页 |
| 2.5.1 Sequences Logo | 第37-38页 |
| 2.5.2 Base Triple | 第38-40页 |
| 2.6 全新的茶碱适配体序列 | 第40-41页 |
| 2.7 实验验证 | 第41-43页 |
| 2.8 Fitness peaks和Fitness landscape | 第43-47页 |
| 2.8.1 Network representation of sequence connections | 第44-45页 |
| 2.8.2 Fitness peaks | 第45-47页 |
| 2.9 本章小结 | 第47-51页 |
| 第三章 O-GlcNAc转移酶抑制剂的药物筛选 | 第51-73页 |
| 3.1 引论 | 第51-56页 |
| 3.2 虚拟筛选的流程和参数 | 第56-58页 |
| 3.2.1 虚拟筛选参数 | 第56-58页 |
| 3.2.2 分子动力学和自由能计算 | 第58页 |
| 3.3 虚拟筛选结果 | 第58-63页 |
| 3.3.1 已知配体的Docking结果 | 第58-59页 |
| 3.3.2 虚拟筛选结果：FOG vs ZINC | 第59-63页 |
| 3.4 ZINC库的实验验证 | 第63-65页 |
| 3.5 OGT抑制剂的药物设计 | 第65-70页 |
| 3.6 本章小结 | 第70-73页 |
| 第四章 FACL药物设计工具开发 | 第73-87页 |
| 4.1 引论 | 第73-77页 |
| 4.2 FACL理论部分 | 第77-80页 |
| 4.2.1 基础化学片段库 | 第77-78页 |
| 4.2.2 FACL示意图 | 第78-79页 |
| 4.2.3 片段概率计算 | 第79-80页 |
| 4.3 片段积聚现象 | 第80-83页 |
| 4.4 FACL用于OGT抑制剂设计 | 第83-85页 |
| 4.5 本章小结 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-93页 |
| 附录A 分子动力学模拟方法 | 第93-103页 |
| A.1 分子力场 | 第93-94页 |
| A.2 分子动力学模拟的基本原理 | 第94-103页 |
| A.2.1 运动方程算法 | 第95-96页 |
| A.2.2 周期性边界条件 | 第96-98页 |
| A.2.3 各系综的分子动力学计算方法 | 第98-99页 |
| A.2.4 热浴和压力平衡 | 第99-100页 |
| A.2.5 运动轨迹分析 | 第100-103页 |
| 附录B 自由能计算 | 第103-111页 |
| B.1 热力学微扰法 | 第104-106页 |
| B.2 热力学积分法 | 第106-107页 |
| B.3 MM/PBSA方法计算自由能 | 第107-111页 |
| 附录C RNA二级结构预测 | 第111-121页 |
| C.1 RNA二级结构简介 | 第111-114页 |
| C.2 RNA二级结构的预测方法 | 第114-117页 |
| C.2.1 最大匹配数算法 | 第114-116页 |
| C.2.2 最小自由能算法 | 第116-117页 |
| C.2.3 配分函数法 | 第117页 |
| C.3 NUPACK软件算法 | 第117-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第123页 |
