基于蛋白质网络的复合体识别算法研究
| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-32页 |
| 1.1 课题背景及研究意义 | 第14-18页 |
| 1.1.1 课题背景 | 第14-15页 |
| 1.1.2 课题意义 | 第15-18页 |
| 1.2 蛋白质复合体识别相关介绍 | 第18-23页 |
| 1.2.1 蛋白质复合体的主要特点 | 第18-19页 |
| 1.2.2 复合体识别涉及的主要数据 | 第19-21页 |
| 1.2.3 相关评价方法 | 第21-23页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第23-29页 |
| 1.3.1 基于局部搜索的方法 | 第23-25页 |
| 1.3.2 基于层次聚类的复合体识别方法 | 第25-26页 |
| 1.3.3 基于连续最优化模型的方法 | 第26-27页 |
| 1.3.4 基于基因表达数据融合的复合体识别 | 第27-29页 |
| 1.4 本文研究目标 | 第29页 |
| 1.5 本文主要研究内容 | 第29-32页 |
| 第2章 基于多标签传播的蛋白质复合体识别算法 | 第32-53页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 相关工作 | 第33-35页 |
| 2.2.1 标签传播算法的基本思想 | 第33-34页 |
| 2.2.2 多标签传播算法 | 第34-35页 |
| 2.3 基于多标签传播的蛋白质识别算法 | 第35-42页 |
| 2.3.1 算法的基本思想 | 第35-37页 |
| 2.3.2 算法描述 | 第37-42页 |
| 2.3.3 算法复杂度分析 | 第42页 |
| 2.4 实验与分析 | 第42-52页 |
| 2.4.1 标签传播算法的实验测试 | 第42-46页 |
| 2.4.2 与其它类型启发式算法的比较 | 第46-51页 |
| 2.4.3 算法预测结果分析 | 第51-52页 |
| 2.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 第3章 基于PM函数和层次聚类的复合体识别算法 | 第53-67页 |
| 3.1 引言 | 第53-54页 |
| 3.2 相关工作 | 第54-56页 |
| 3.2.1 总体情况 | 第54-55页 |
| 3.2.2 模块度Q函数 | 第55-56页 |
| 3.3 蛋白质模块度（PM）函数 | 第56-58页 |
| 3.4 基于PM函数的层次聚类识别算法 | 第58-62页 |
| 3.4.1 基于度相关的初始簇选择 | 第58-60页 |
| 3.4.2 基于PM函数的模块合并过程 | 第60-61页 |
| 3.4.3 复合体识别算法 | 第61-62页 |
| 3.4.4 算法复杂度分析 | 第62页 |
| 3.5 实验结果 | 第62-66页 |
| 3.5.1 基于Q函数的快速聚类算法相比较 | 第63-65页 |
| 3.5.2 与其它复合体识别算法相比较 | 第65-66页 |
| 3.6 本章小结 | 第66-67页 |
| 第4章 基于最小二乘法的蛋白质复合体识别算法 | 第67-88页 |
| 4.1 引言 | 第67-68页 |
| 4.2 基于最小二乘法的蛋白质复合体识别模型 | 第68-71页 |
| 4.2.1 模型基本思想 | 第69-70页 |
| 4.2.2 具体描述 | 第70-71页 |
| 4.3 基于最小二乘法模型的复合体识别算法 | 第71-76页 |
| 4.3.1 模型的参数估计 | 第71-72页 |
| 4.3.2 后处理过程 | 第72-73页 |
| 4.3.3 算法的加速策略 | 第73-74页 |
| 4.3.4 算法描述 | 第74-75页 |
| 4.3.5 算法复杂度分析 | 第75-76页 |
| 4.4 实验结果 | 第76-86页 |
| 4.4.1 算法参数测试 | 第76-80页 |
| 4.4.2 与其它同类算法的比较 | 第80-84页 |
| 4.4.3 本文3种识别算法的比较与分析 | 第84-86页 |
| 4.5 本章小结 | 第86-88页 |
| 第5章 基于时序蛋白质网络的复合体识别方法 | 第88-104页 |
| 5.1 引言 | 第88-89页 |
| 5.2 相关工作 | 第89-92页 |
| 5.2.1 蛋白质动态性研究 | 第90-91页 |
| 5.2.2 时序蛋白质网络构建 | 第91-92页 |
| 5.3 基于时序蛋白质网络的复合体识别算法 | 第92-98页 |
| 5.3.1 动态蛋白质与静态蛋白质 | 第94-95页 |
| 5.3.2 确定蛋白质激活时刻 | 第95-96页 |
| 5.3.3 时序蛋白质网络构建算法 | 第96-98页 |
| 5.3.4 基于时序蛋白质网络的复合体识别方法 | 第98页 |
| 5.4 实验结果 | 第98-103页 |
| 5.4.1 实验数据 | 第99页 |
| 5.4.2 波动性阈值的影响 | 第99-101页 |
| 5.4.3 采用不同网络识别复合体的对比分析 | 第101-103页 |
| 5.5 本章小结 | 第103-104页 |
| 结论 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-116页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第116-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 个人简历 | 第120页 |
