| 中文摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-21页 |
| 1.1 论文研究背景 | 第11-18页 |
| 1.1.1 人体微生物群落与健康和疾病之间存在着密切而又复杂的关系 | 第12-14页 |
| 1.1.2 宏基因组学已成为进行微生物学研究的重要手段 | 第14-15页 |
| 1.1.3 宏基因组整合代谢网络分析 | 第15-16页 |
| 1.1.4 宏基因组生态学研究 | 第16-18页 |
| 1.2 论文组织结构 | 第18-21页 |
| 第二章 基因组规模代谢网络模型的构建 | 第21-31页 |
| 2.1 代谢网络模型构建流程 | 第22-23页 |
| 2.2 单物种代谢网络模型的构建 | 第23-27页 |
| 2.2.1 数据集 | 第24页 |
| 2.2.2 参考功能数据集 | 第24-26页 |
| 2.2.3 代谢网络模型的构建 | 第26-27页 |
| 2.3 全局细菌群落整合代谢网络模型的构建 | 第27-29页 |
| 2.4 讨论 | 第29-31页 |
| 第三章 宏基因组整合代谢网络重构与分析 | 第31-55页 |
| 3.1 研究背景 | 第31-33页 |
| 3.2 宏基因组功能注释及整合代谢网络重构 | 第33-41页 |
| 3.2.1 技术路线 | 第33-34页 |
| 3.2.2 数据集 | 第34-35页 |
| 3.2.3 酶丰度估计 | 第35-36页 |
| 3.2.4 酶丰度差异分析 | 第36-39页 |
| 3.2.5 整合代谢网络构建与分析 | 第39-41页 |
| 3.3 宏基因组系统生物学平台mmnet | 第41-53页 |
| 3.3.1 R扩展包开发 | 第41-43页 |
| 3.3.2 宏基因组基因预测和功能注释工具的选择 | 第43-46页 |
| 3.3.3 KEGG数据的分析 | 第46-47页 |
| 3.3.4 酶丰度数据格式 | 第47页 |
| 3.3.5 mmnet工作流程 | 第47-49页 |
| 3.3.6 肥胖样本标志基因预测 | 第49-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-55页 |
| 第四章 宏基因组生态学分析 | 第55-77页 |
| 4.1 引言 | 第55-56页 |
| 4.2 反向生态学模型 | 第56-61页 |
| 4.2.1 seed set方法 | 第56-61页 |
| 4.2.2 群落中物种相互关系 | 第61页 |
| 4.3 宏基因组生态学分析平台 | 第61-66页 |
| 4.3.1 RevEcoR分析平台 | 第62-64页 |
| 4.3.2 shiny-RevEcoR | 第64-66页 |
| 4.4 反向生态学在宏基因组研究中的应用 | 第66-75页 |
| 4.4.1 口腔微生物相互关系 | 第67-73页 |
| 4.4.2 肠道宏微生物群落中物种的相互关系 | 第73-75页 |
| 4.5 讨论 | 第75-77页 |
| 第五章 总结与展望 | 第77-79页 |
| 5.1 全文总结 | 第77-78页 |
| 5.2 展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-87页 |
| 代表性文章 | 第87-111页 |
| 个人简历 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113页 |