| 中文摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第1章 引言 | 第16-36页 |
| 第1节 颈动脉粥样硬化的发病机制和研究进展 | 第16-26页 |
| 1.1 颈动脉粥样硬化的定义和致病因素 | 第16-17页 |
| 1.2 颈动脉粥样硬化的病理变化 | 第17-19页 |
| 1.3 动脉粥样硬化发病机制的研究进展 | 第19-23页 |
| 1.4 动脉粥样硬化生物标志物的研究进展 | 第23-26页 |
| 第2节 基因芯片的生物信息学分析 | 第26-34页 |
| 2.1 数据预处理 | 第27-29页 |
| 2.2 差异基因表达分析 | 第29-30页 |
| 2.3 生物学意义分析 | 第30-34页 |
| 论文的主要研究内容 | 第34-36页 |
| 第2章 芯片数据的差异表达分析 | 第36-52页 |
| 2.1 实验目的 | 第36页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 Affymetrix 芯片数据 | 第36-37页 |
| 2.2.2 数据预处理及差异基因分析 | 第37-38页 |
| 2.2.3 差异表达基因的 PCA 分析 | 第38页 |
| 2.2.4 差异表达基因共表达关系搜索 | 第38页 |
| 2.2.5 差异基因集合功能富集分析 | 第38-39页 |
| 2.2.6 通路富集分析 | 第39页 |
| 2.3 实验结果 | 第39-44页 |
| 2.3.1 差异基因的筛选 | 第39-40页 |
| 2.3.2 差异表达基因 PCA 分析 | 第40-41页 |
| 2.3.3 差异表达基因共表达关系搜索 | 第41-42页 |
| 2.3.4 基因功能注释分析 | 第42-44页 |
| 2.3.5 通路富集分析 | 第44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-50页 |
| 2.5 小结 | 第50-52页 |
| 第3章 芯片数据的差异共表达分析 | 第52-60页 |
| 3.1 实验目的 | 第52页 |
| 3.2 实验方法 | 第52-53页 |
| 3.2.1 差异共表达网络构建和功能分析 | 第52-53页 |
| 3.2.2 差异共表达网络与 KEGG 信号通路整合分析 | 第53页 |
| 3.3 结果 | 第53-58页 |
| 3.3.1 差异共表达网络 | 第53-56页 |
| 3.3.2 DCGs-pathway 分析 | 第56-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-59页 |
| 3.5 小结 | 第59-60页 |
| 第4章 文本挖掘分析 | 第60-80页 |
| 4.1 研究目的与意义 | 第60-61页 |
| 4.2 材料方法 | 第61-63页 |
| 4.2.1 数据收集 | 第61页 |
| 4.2.2 数据预处理：数据除噪处理 | 第61-62页 |
| 4.2.3 比较人、小鼠基因信息学数据及 HPRD 数据 | 第62页 |
| 4.2.4 疾病、表型和基因的关系 | 第62-63页 |
| 4.2.5 构建人类动脉硬化疾病相关基因的分子相关关系网络 | 第63页 |
| 4.2.6 功能富集分析 | 第63页 |
| 4.3 结果 | 第63-74页 |
| 4.3.1 数据统计 | 第63-65页 |
| 4.3.2 人和小鼠的网络与 HPRD 数据比较 | 第65页 |
| 4.3.3 动脉粥样硬化相关表型和基因 | 第65-66页 |
| 4.3.4 动脉粥样硬化相关基因的互作组网络 | 第66-68页 |
| 4.3.5 疾病突变基因的生物学过程分析 | 第68-70页 |
| 4.3.6 网络聚类模块分析 | 第70-74页 |
| 4.4 讨论 | 第74-77页 |
| 4.5 本章小结 | 第77-80页 |
| 第5章 结论 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-100页 |
| 附录 | 第100-116页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118页 |
