| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 中英文缩略词表 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-28页 |
| 引言 | 第11页 |
| 1.1 太湖猪的地理分布、育成历史和主要种质特性 | 第11-14页 |
| 1.1.1 太湖猪原产地自然条件 | 第11-12页 |
| 1.1.2 太湖猪培育历史 | 第12页 |
| 1.1.3 太湖猪主要种质特性 | 第12-14页 |
| 1.2 太湖猪种质特性的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2.1 太湖猪繁殖性能的研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2.2 太湖猪肉质性状研究进展 | 第16页 |
| 1.3 太湖猪种质资源保护现状 | 第16-17页 |
| 1.4 测序技术的发展 | 第17页 |
| 1.5 全基因组测序技术 | 第17-20页 |
| 1.5.1 全基因组从头测序与全基因组重测序 | 第18-19页 |
| 1.5.2 全基因组测序原理步骤 | 第19-20页 |
| 1.6 选择信号及其检测方法 | 第20-23页 |
| 1.7 全基因组测序技术在畜禽研究中的应用 | 第23-27页 |
| 1.7.1 全基因组重测序在猪中的应用 | 第23-24页 |
| 1.7.2 全基因组重测序在牛中的应用 | 第24-25页 |
| 1.7.3 全基因组重测序在羊中的应用 | 第25-26页 |
| 1.7.4 全基因组重测序技术在其它畜禽品种中的应用 | 第26-27页 |
| 1.8 研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第2章 材料与方法 | 第28-34页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-29页 |
| 2.2 技术路线 | 第29-34页 |
| 2.2.1 数据处理及比对 | 第30-31页 |
| 2.2.2 变异检测及注释 | 第31页 |
| 2.2.3 选择性清除分析 | 第31-32页 |
| 2.2.4 GO富集分析和KEGG通路分析 | 第32-34页 |
| 第3章 结果与分析 | 第34-57页 |
| 3.1 数据处理及比对的结果与分析 | 第34-38页 |
| 3.1.1 质量控制的结果与分析 | 第34-37页 |
| 3.1.2 参考基因组建立索引的结果 | 第37页 |
| 3.1.3 重测序数据处理及比对结果 | 第37-38页 |
| 3.2 变异信息检测和注释的结果 | 第38-40页 |
| 3.3 选择性清除分析的结果 | 第40-47页 |
| 3.3.1 基于hp值的群体内杂合度分析的结果 | 第42-44页 |
| 3.3.2 基于Fst值的固定指数分析结果 | 第44-47页 |
| 3.4 GO富集和KEGG通路分析 | 第47-57页 |
| 3.4.1 候选基因寻找 | 第47-57页 |
| 第4章 讨论 | 第57-65页 |
| 4.1 关于试验材料的讨论 | 第57页 |
| 4.2 关于试验方法的讨论 | 第57-59页 |
| 4.2.1 关于全基因组混池重测序的讨论 | 第57页 |
| 4.2.2 关于选择性清除分析的方法的讨论 | 第57-59页 |
| 4.3 关于试验结果的讨论 | 第59-63页 |
| 4.3.1 与繁殖过程有关的条目讨论 | 第59-61页 |
| 4.3.2 与牙齿发育、油脂代谢有关的条目讨论 | 第61-62页 |
| 4.3.3 与胶原蛋白合成代谢、神经发育负调节条目的讨论 | 第62页 |
| 4.3.4 其它与太湖猪种质特性相关的基因及富集条目的讨论 | 第62-63页 |
| 4.4 本研究的进一步计划和展望 | 第63-65页 |
| 第5章 结论 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 在读期间论文发表情况 | 第75-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
