不同猪种脂肪组织基因组DNA甲基化分析
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 引用术语缩写说明 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-18页 |
| 1.1.1 DNA甲基化 | 第15页 |
| 1.1.2 甲基化酶 | 第15-16页 |
| 1.1.3 DNA甲基化特点与功能 | 第16-17页 |
| 1.1.4 DNA甲基化测序分析方法 | 第17页 |
| 1.1.5 DNA甲基化研究进展 | 第17-18页 |
| 1.2 动物模型 | 第18-20页 |
| 1.2.1 杜洛克猪 | 第19页 |
| 1.2.2 陆川猪 | 第19-20页 |
| 1.3 猪肉品质 | 第20-22页 |
| 1.3.1 猪肉品质的评价指标 | 第20-21页 |
| 1.3.2 影响猪肉品质的营养因素 | 第21-22页 |
| 1.4 脂肪代谢和DNA甲基化 | 第22-24页 |
| 1.4.1 脂肪的组成 | 第22页 |
| 1.4.2 脂肪的发育 | 第22页 |
| 1.4.3 脂肪生长发育过程中的DNA甲基化 | 第22-23页 |
| 1.4.4 影响脂肪代谢的因素 | 第23-24页 |
| 1.5 高通量测序与DNA甲基化 | 第24-25页 |
| 1.5.1 高通量测序技术及其应用 | 第24-25页 |
| 1.5.2 高通量结合DNA甲基化测序 | 第25页 |
| 1.6 基因注释与功能分类 | 第25-26页 |
| 1.6.1 GO数据库 | 第25-26页 |
| 1.6.2 KEGG数据库 | 第26页 |
| 1.7 目的及意义 | 第26-28页 |
| 1.7.1 研究内容 | 第26页 |
| 1.7.2 研究技术路线 | 第26-27页 |
| 1.7.3 研究的目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 材料和方法 | 第28-34页 |
| 2.1 试验用仪器、试剂及耗材 | 第28-29页 |
| 2.2 动物饲养和样品采集 | 第29-30页 |
| 2.2.1 试验动物和试验日粮 | 第29页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第29-30页 |
| 2.3 肉质测定 | 第30页 |
| 2.3.1 背膘厚度 | 第30页 |
| 2.3.2 pH值 | 第30页 |
| 2.3.3 肉色 | 第30页 |
| 2.3.4 剪切力 | 第30页 |
| 2.3.5 系水力 | 第30页 |
| 2.4 高通量测序 | 第30-31页 |
| 2.4.1 DNA质量的检测 | 第31页 |
| 2.4.2 RRBS测序文库的制备 | 第31页 |
| 2.4.3 测序 | 第31页 |
| 2.5 高通量测序的数据分析 | 第31-33页 |
| 2.5.1 质量控制 | 第32页 |
| 2.5.2 比对分析 | 第32页 |
| 2.5.3 覆盖度分析 | 第32页 |
| 2.5.4 甲基化分析 | 第32页 |
| 2.5.5 差异与富集分析 | 第32-33页 |
| 2.6 统计分析 | 第33页 |
| 2.7 联合分析 | 第33-34页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第34-58页 |
| 3.1 杜洛克猪和陆川猪的生理指标 | 第34页 |
| 3.1.1 杜洛克猪和陆川猪的肉质性状 | 第34页 |
| 3.2 高通量测序 | 第34-38页 |
| 3.2.1 DNA样品质量检测结果 | 第34-35页 |
| 3.2.2 原始数据 | 第35页 |
| 3.2.3 数据过滤 | 第35-36页 |
| 3.2.4 数据质量值分布 | 第36-37页 |
| 3.2.5 比对分析 | 第37-38页 |
| 3.3 覆盖度分析 | 第38-40页 |
| 3.3.1 启动子和CGIs区覆盖分析 | 第38页 |
| 3.3.2 碱基有效测序深度分布 | 第38-39页 |
| 3.3.3 C位点的覆盖度分析 | 第39-40页 |
| 3.4 甲基化分析 | 第40-45页 |
| 3.4.1 甲基化C的分布比例 | 第40-43页 |
| 3.4.2 C位点的平均甲基化水平 | 第43-44页 |
| 3.4.3 启动子和CGIs区域甲基化图谱 | 第44-45页 |
| 3.5 差异和富集 | 第45-53页 |
| 3.5.1 DMRs分析 | 第45-48页 |
| 3.5.2 DMRs聚类分析 | 第48-49页 |
| 3.5.3 GO功能富集分析 | 第49-50页 |
| 3.5.4 KEGG信号通路富集分析 | 第50-53页 |
| 3.6 与转录组测序联合分析 | 第53-57页 |
| 3.6.1 差异表达的基因甲基化水平分布 | 第53-54页 |
| 3.6.2 甲基化修饰与表达调控的关系 | 第54-55页 |
| 3.6.3 甲基化水平与功能原件长度关系 | 第55-57页 |
| 3.7 与全基因组重测序组联合分析 | 第57-58页 |
| 第四章 讨论 | 第58-61页 |
| 4.1 DMRs分析 | 第58页 |
| 4.2 DNA甲基化与脂肪代谢 | 第58-59页 |
| 4.2.1 细胞内吞 | 第58-59页 |
| 4.2.2 MAPK信号通路 | 第59页 |
| 4.2.3 钙离子信号通路 | 第59页 |
| 4.3 DNA甲基化与SNP | 第59-61页 |
| 第五章 实验结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
