| 提要 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-20页 |
| 1.1.1 基因组学与转录组学研究现状 | 第12-13页 |
| 1.1.2 生物能源研究背景 | 第13-15页 |
| 1.1.3 转录组学研究方法介绍 | 第15-16页 |
| 1.1.4 双聚类算法的发展和介绍 | 第16-20页 |
| 1.2 本文研究的主要内容 | 第20-24页 |
| 第2章 预测柳叶稷的细胞壁生物过程相关基因 | 第24-35页 |
| 2.1 研究背景 | 第24-25页 |
| 2.2 基于的双聚类算法的共表达分析 | 第25-27页 |
| 2.3 预测结果与分析 | 第27-33页 |
| 2.4 讨论和展望 | 第33-35页 |
| 第3章 应用改进的局部关联函数研究植物木质素 | 第35-48页 |
| 3.1 研究背景 | 第35-37页 |
| 3.2 局部关联函数方法设计 | 第37-39页 |
| 3.3 局部关联函数方法在木质素合成基因上的研究 | 第39-46页 |
| 3.4 讨论和展望 | 第46-48页 |
| 第4章 应用改进的关联函数开发GENEQC软件 | 第48-55页 |
| 4.1 研究背景 | 第48-49页 |
| 4.2 GENEQC软件设计与算法开发 | 第49-53页 |
| 4.2.1 GeneQC软件对RNA-seq数据分析结果的评价功能 | 第49-52页 |
| 4.2.2 GeneQC软件对multiple mapping的短序列处理 | 第52-53页 |
| 4.3 讨论与展望 | 第53-55页 |
| 第5章 原核生物转录单元预测平台SEQTU | 第55-62页 |
| 5.1 背景介绍 | 第55-56页 |
| 5.2 SEQTU平台的技术细节 | 第56-60页 |
| 5.2.1 数据准备和预处理 | 第57页 |
| 5.2.2 RNA-seq数据的短序列映射 | 第57页 |
| 5.2.3 转录单元的预测 | 第57-60页 |
| 5.3 总结 | 第60-62页 |
| 第6章 其它研究工作 | 第62-76页 |
| 6.1 从能量最优化角度分析近源细菌的基因组组成的共性和差异性 | 第62-71页 |
| 6.1.1 研究背景 | 第62-64页 |
| 6.1.2 数据来源和方法 | 第64-66页 |
| 6.1.3 结果和讨论 | 第66-70页 |
| 6.1.4 结论与展望 | 第70-71页 |
| 6.2 交互式生物通路重构平台 | 第71-76页 |
| 6.2.1 研究背景 | 第71-72页 |
| 6.2.2 操作步骤 | 第72-74页 |
| 6.2.3 总结和展望 | 第74-76页 |
| 第7章 总结与展望 | 第76-79页 |
| 7.1 总结 | 第76-77页 |
| 7.2 展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-90页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第90-92页 |
| 致谢 | 第92页 |
