| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 前言 | 第12页 |
| 1 文献综述 | 第12-26页 |
| ·法氏囊 | 第12-18页 |
| ·组织结构 | 第13页 |
| ·发育特点 | 第13-15页 |
| ·法氏囊的免疫功能 | 第15-18页 |
| ·与法氏囊免疫功能相关的重要基因及miRNA | 第18-22页 |
| ·影响法氏囊发育、功能的主要基因 | 第18-20页 |
| ·参与免疫调控的miRNA | 第20-22页 |
| ·高通量技术在禽类免疫基因富集中的应用 | 第22-24页 |
| ·遗传背景不同与免疫功能差异 | 第24-25页 |
| ·研究目的和意义 | 第25-26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-35页 |
| ·试验材料 | 第26-27页 |
| ·试验动物 | 第26页 |
| ·试剂与设备 | 第26-27页 |
| ·试验方法 | 第27-35页 |
| ·样品的制备 | 第27-28页 |
| ·数字基因表达谱的构建 | 第28-30页 |
| ·DEG差异表达基因的验证 | 第30-31页 |
| ·Small RNA测序 | 第31-33页 |
| ·差异miRNA的验证 | 第33-34页 |
| ·差异miRNA与差异DGE的联合分析 | 第34-35页 |
| ·数据处理 | 第35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-57页 |
| ·RNA提取效果 | 第35-36页 |
| ·差异表达基因富集及验证 | 第36-44页 |
| ·测序质量及序列比对统计结果 | 第36页 |
| ·Reads与参考基因组比对情况统计 | 第36-37页 |
| ·RNA-seq整体质量评估 | 第37-39页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第39-40页 |
| ·差异基因GO分析 | 第40-41页 |
| ·差异基因KEGG分析 | 第41-42页 |
| ·差异表达基因验证 | 第42-44页 |
| ·差异表达miRNA富集及验证 | 第44-54页 |
| ·测序质量的评估及小RNA长度分布 | 第44页 |
| ·miRNA公共及特有序列分析 | 第44-45页 |
| ·碱基偏好性分布 | 第45-46页 |
| ·小RNA分类注释统计 | 第46-47页 |
| ·样品间相关性检查 | 第47-48页 |
| ·miRNA差异表达分析结果 | 第48-50页 |
| ·差异miRNA靶基因功能富集分析 | 第50-52页 |
| ·差异表达miRNA验证 | 第52-54页 |
| ·差异miRNA与差异DGE的联合分析 | 第54-57页 |
| ·miRNA-mRNA的关联分析 | 第54-55页 |
| ·miRNA靶基因与差异表达基因的联合GO分析 | 第55-56页 |
| ·miRNA靶基因与差异表达基因的联合KEGG富集分析 | 第56-57页 |
| 4 讨论 | 第57-64页 |
| ·两品种鸭法氏囊功能差异的基因和miRNA | 第57-59页 |
| ·两品种鸭法氏囊功能差异的分子过程 | 第59-60页 |
| ·基于差异表达基因和差异miRNA的主要信号通路 | 第60-62页 |
| ·本研究的不足和后续改进 | 第62-64页 |
| 5 结论 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第75页 |