| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 0 文献综述 | 第12-41页 |
| ·国内外贝类育种工作现状 | 第12-16页 |
| ·我国贝类的养殖情况 | 第12页 |
| ·国内外贝类育种研究现状 | 第12-16页 |
| ·现代育种技术的发展 | 第16-20页 |
| ·最佳线性无偏估计(BLUP) | 第16-19页 |
| ·数量性状基因座位的定位 | 第19-20页 |
| ·分子标记辅助选择育种 | 第20页 |
| ·全基因组选择育种简介 | 第20-29页 |
| ·全基因组选择的概念和原理 | 第21页 |
| ·全基因组选择的实施方法 | 第21-28页 |
| ·全基因组选择的优势 | 第28-29页 |
| ·全基因组选择研究进展 | 第29页 |
| ·基于JSP动态页面技术的网页服务器 | 第29-34页 |
| ·编程语言Java | 第29-30页 |
| ·动态网页技术JSP | 第30-31页 |
| ·提供网页服务的JSP容器Tomcat | 第31页 |
| ·实现结构化开发的技术：Struts2.0 | 第31-32页 |
| ·数据库服务MySQL Server | 第32-33页 |
| ·集成开发环境系统Eclipse for Java EE | 第33页 |
| ·图形图像处理软件GIMP | 第33-34页 |
| ·统计分析软件R | 第34页 |
| ·计算机数据模拟 | 第34-39页 |
| ·数据模拟 | 第34页 |
| ·随机数的发生 | 第34-35页 |
| ·伪随机数发生器 | 第35-36页 |
| ·计算机模拟 | 第36-39页 |
| ·交叉检验 | 第39页 |
| ·本论文完成的主要工作及其意义 | 第39-41页 |
| 1 基因组亲缘关系G矩阵的构建与真实亲缘关系的计算 | 第41-52页 |
| ·引言 | 第41页 |
| ·材料与方法 | 第41-45页 |
| ·模拟数据 | 第41-44页 |
| ·分析方法 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-49页 |
| ·讨论 | 第49-51页 |
| ·亲缘关系相近的个体的相关系数 | 第49-50页 |
| ·非亲缘相关个体的基因组相关系数 | 第50-51页 |
| ·估计育种值的准确度 | 第51页 |
| ·结论 | 第51-52页 |
| 2 全基因组选择软件MixP与gsbay | 第52-59页 |
| ·引言 | 第52页 |
| ·数据与分析方法 | 第52-55页 |
| ·模拟数据 | 第53-54页 |
| ·分析方法及其模型 | 第54-55页 |
| ·结果统计工具 | 第55页 |
| ·结果与分析 | 第55-57页 |
| ·基因组估计育种值的准确性 | 第55-56页 |
| ·计算量与耗时 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-58页 |
| ·基因组估计育种值的准确性 | 第57-58页 |
| ·结论 | 第58-59页 |
| 3 贝类全基因组选择遗传育种评估与分析平台的构建 | 第59-76页 |
| ·引言 | 第59页 |
| ·贝类遗传育种分析评估系统的升级 | 第59-64页 |
| ·系统构建策略 | 第59-61页 |
| ·结果 | 第61-62页 |
| ·讨论 | 第62-63页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| ·贝类全基因组选择遗传育种分析评估系统的开发 | 第64-76页 |
| ·系统简介 | 第64页 |
| ·系统构建策略 | 第64-66页 |
| ·系统功能 | 第66-72页 |
| ·讨论 | 第72-75页 |
| ·结论 | 第75-76页 |
| 4 全基因组选择在扇贝育种中的应用 | 第76-81页 |
| ·引言 | 第76页 |
| ·材料与方法 | 第76-77页 |
| ·数据与来源 | 第76-77页 |
| ·GBLUP | 第77页 |
| ·应用帕里特原理的MixP | 第77页 |
| ·基于贝叶斯算法的gsbay | 第77页 |
| ·结果与分析 | 第77-80页 |
| ·讨论 | 第80页 |
| ·结论 | 第80-81页 |
| 5 结语 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-99页 |
| 附录 | 第99-132页 |
| 附录1 英文缩略词 | 第99-100页 |
| 附录2 实现从系谱资料中构建A和A~(-1)矩阵的Java程序 | 第100-107页 |
| 附录3 实现从标记基因型数据构建G矩阵的R语言命令 | 第107-109页 |
| 附录4 在[1]中模拟数据的程序包 | 第109-122页 |
| 4.a) 模拟参数类Bean_Parameters.java | 第109-110页 |
| 4.b) 个体类Individual.java | 第110-112页 |
| 4.c) 世代类Generation.java | 第112-116页 |
| 4.d) 矩阵信息存储类MatrixIO.java | 第116-119页 |
| 4.e) 主程序类Mainjava | 第119-122页 |
| 附录5 使用Henderson的混合线性方程组求多元似然率对数 | 第122-123页 |
| 附录6 实现[2]试验流程的bash脚本 | 第123-125页 |
| 附录7 实现MixP与gsbay输入数据格式转换的Java程序 | 第125-127页 |
| 附录8 在[2.2.3 ]中实现准确率统计的R语言脚本 | 第127-128页 |
| 附录9 由MixP,GBLUP和gsbay估计GEBV准确性的统计 | 第128-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 个人简介 | 第134页 |
| 在国际和国内学术刊物上发表的学术成果 | 第134-136页 |
