| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 缩略词表 | 第16-18页 |
| 第一章 课题提出与研究进展 | 第18-34页 |
| 1 课题的提出 | 第18-19页 |
| 2 柑橘芽变的发掘与应用 | 第19-20页 |
| ·芽变的概念与特点 | 第19页 |
| ·芽变的应用 | 第19页 |
| ·芽变的研究进展 | 第19-20页 |
| 3 柑橘红肉突变体的研究进展 | 第20-23页 |
| ·柑橘红色突变的类型 | 第20页 |
| ·柑橘红色突变的研究进展 | 第20-23页 |
| ·生理水平 | 第21页 |
| ·分子标记水平 | 第21页 |
| ·转录水平 | 第21-22页 |
| ·转录后水平 | 第22页 |
| ·蛋白水平 | 第22-23页 |
| 4 柑橘果实发育研究进展 | 第23-25页 |
| ·柑橘果实发育的特点 | 第23-24页 |
| ·柑橘果实发育的分子调节机制 | 第24-25页 |
| 5 转录组测序技术的发展与应用 | 第25-29页 |
| ·转录组测序技术的发展 | 第25-26页 |
| ·转录组测序技术在植物研究中的应用 | 第26-29页 |
| ·发现新基因 | 第26-27页 |
| ·挖掘分子标记和SNP | 第27页 |
| ·研究生物学问题 | 第27-28页 |
| ·sRNA的鉴定及功能研究 | 第28-29页 |
| 6 ASR(Abscisic acid,stress and ripening)基因的研究进展 | 第29-32页 |
| ·ASR基因在植物中的分离 | 第29-30页 |
| ·ASR基因的结构 | 第30页 |
| ·ASR基因在植物响应逆境应答方面的研究进展 | 第30-31页 |
| ·ASR基因调节植物果实成熟及品质形成的研究进展 | 第31-32页 |
| 7 本研究的目的和内容 | 第32-34页 |
| 第二章 甜橙果实转录组分析 | 第34-70页 |
| 1 引言 | 第34-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-42页 |
| ·实验材料 | 第36页 |
| ·植物材料 | 第36页 |
| ·主要生化试剂及仪器设备 | 第36页 |
| ·实验方法 | 第36-42页 |
| ·样品制备 | 第36-37页 |
| ·转录组测序 | 第37页 |
| ·转录组测序分析 | 第37-38页 |
| ·去除杂质数据 | 第37页 |
| ·表达量分布、测序饱和度及实验重复性分析 | 第37页 |
| ·标签的基因注释、标准化 | 第37-38页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第38页 |
| ·差异表达基因表达模式聚类及GO、Pathway显著性富集分析 | 第38页 |
| ·可溶性糖、有机酸及H_2O_2含量的测定 | 第38-40页 |
| ·可溶性糖和有机酸的提取和测定 | 第38-39页 |
| ·H_2O_2的提取和测定 | 第39-40页 |
| ·Real-Time PCR分析基因表达 | 第40-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-66页 |
| ·测序产量统计 | 第42-45页 |
| ·比对统计 | 第45页 |
| ·果实发育与成熟过程中转录组变化 | 第45-51页 |
| ·果实发育与成熟过程中差异表达基因 | 第51-55页 |
| ·‘暗柳’‘红暗柳’果实发育过程中转录组差异 | 第55-62页 |
| ·Real-Time PCR验证基因表达 | 第62页 |
| ·‘暗柳’‘红暗柳’果实发育过程中糖酸,类胡萝卜素及H_2O_2含量变化 | 第62-66页 |
| 4 讨论 | 第66-70页 |
| ·甜橙果实发育的转录组动力学变化 | 第66-67页 |
| ·‘红暗柳’甜橙突变性状形成的可能分子机制 | 第67-70页 |
| 第三章 候选基因CsASR的功能分析 | 第70-126页 |
| 1 引言 | 第70-71页 |
| 2 材料与方法 | 第71-92页 |
| ·实验材料 | 第71-72页 |
| ·植物材料 | 第71-72页 |
| ·菌株、质粒和载体 | 第72页 |
| ·主要生化试剂及仪器设备 | 第72页 |
| ·实验方法 | 第72-92页 |
| ·CsASR基因的克隆 | 第72-77页 |
| ·CsASR基因功能特性研究 | 第77-84页 |
| ·CsASR基因生物信息学分析 | 第77页 |
| ·CsASR基因拷贝数分析 | 第77-79页 |
| ·CsASR亚细胞定位分析 | 第79-81页 |
| ·CsASR基因表达分析 | 第81-82页 |
| ·ABA处理转色前果实 | 第82页 |
| ·原核表达载体pET-CsASR的构建 | 第82-83页 |
| ·pET-CsASR诱导表达及SDS-PAGE检测 | 第83页 |
| ·植物表达载体pBI-CsASR的构建 | 第83-84页 |
| ·CsASR基因对番茄的遗传转化 | 第84-89页 |
| ·农杆菌介导CsASR基因转化番茄 | 第84-85页 |
| ·CsASR转基因番茄植株的分子检测 | 第85-86页 |
| ·CsASR基因在转化番茄再生植株中的表达分析 | 第86页 |
| ·CsASR转基因番茄果实的显微观察 | 第86-87页 |
| ·CsASR转基因番茄果实主要代谢物含量分析 | 第87页 |
| ·CsASR转基因番茄果实类胡萝卜素含量分析 | 第87-88页 |
| ·CsASR转基因番茄果实ABA含量分析 | 第88-89页 |
| ·CsASR转基因番茄果实主要代谢相关基因的表达分析 | 第89页 |
| ·CsASR转基因番茄果实类胡萝卜素生物合成基因的表达分析 | 第89页 |
| ·CsASR转基因番茄果实的转录组测序分析 | 第89-92页 |
| ·标签的注释及标准化 | 第89-91页 |
| ·差异表达基因的筛选及功能注释 | 第91-92页 |
| 3 结果与分析 | 第92-120页 |
| ·CsASR基因序列及进化分析 | 第92-95页 |
| ·CsASR基因编码蛋白的结构分析与功能预测 | 第95-96页 |
| ·CsASR基因拷贝数分析 | 第96-97页 |
| ·CsASR亚细胞定位 | 第97-98页 |
| ·CsASR基因表达分析 | 第98-100页 |
| ·时空表达分析 | 第98-99页 |
| ·逆境诱导表达分析 | 第99-100页 |
| ·ABA处理转色前甜橙果实中糖酸及类胡萝卜素含量分析 | 第100-103页 |
| ·CsASR基因重组蛋白表达分析 | 第103-104页 |
| ·CsASR基因植物遗传转化载体的构建 | 第104-106页 |
| ·CsASR基因对番茄遗传转化 | 第106-120页 |
| ·CsASR转基因番茄植株的获得 | 第106-107页 |
| ·CsASR转基因番茄植株的分子鉴定 | 第107-109页 |
| ·CsASR转基因番茄果实显微观察 | 第109-111页 |
| ·CsASR转基因番茄果实类胡萝卜素含量及代谢相关基因表达分析 | 第111-113页 |
| ·CsASR转基因番茄果实主要代谢物含量分析 | 第113-114页 |
| ·CsASR转基因番茄果实主要代谢相关基因表达的变化 | 第114-117页 |
| ·CsASR转基因番茄果实转录组的变化 | 第117-120页 |
| 4 讨论 | 第120-123页 |
| ·CsASR基因的基本特征 | 第120-121页 |
| ·CsASR基因能被ABA、逆境和成熟诱导 | 第121-122页 |
| ·CsASR基因可能影响果实中的主要代谢 | 第122页 |
| ·CsASR基因可能作为转录调节复合体的一部分调节果实中类胡萝卜素的积累 | 第122-123页 |
| 5 后续研究的设想 | 第123-126页 |
| 参考文献 | 第126-141页 |
| 附录 攻读博士期间发表的论文 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142页 |
