基于基因组和转录组分析金针菇的交配型
| 目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 引言 | 第10-12页 |
| 第一章 综述 | 第12-22页 |
| 1 金针菇概述 | 第12-14页 |
| ·金针菇的食药用价值 | 第12-13页 |
| ·金针菇的形态特征 | 第13页 |
| ·金针菇的遗传特性 | 第13-14页 |
| 2 金针菇的遗传育种 | 第14-16页 |
| ·驯化育种 | 第14页 |
| ·杂交育种 | 第14-15页 |
| ·诱变育种 | 第15页 |
| ·太空育种 | 第15页 |
| ·细胞原生质融合育种 | 第15-16页 |
| ·基因工程和分子辅助育种 | 第16页 |
| 3 食用菌的交配型系统 | 第16-18页 |
| ·同宗结合 | 第16-17页 |
| ·异宗结合 | 第17-18页 |
| 4 测序技术的发展 | 第18-20页 |
| ·第一代测序技术 | 第19页 |
| ·第二代测序技术 | 第19页 |
| ·第三代测序技术 | 第19-20页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第20-22页 |
| 第二章 金针菇转录组测序与分析 | 第22-45页 |
| 1 材料与方法 | 第22-28页 |
| ·供试菌株 | 第22页 |
| ·培养基 | 第22页 |
| ·生化试剂 | 第22-23页 |
| ·实验菌株构建 | 第23-25页 |
| ·样品培养与鉴定 | 第25-26页 |
| ·RNA 提取与转录组测序 | 第26-27页 |
| ·生物信息学分析流程 | 第27-28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-35页 |
| ·双核菌丝鉴定结果 | 第28-29页 |
| ·样品鉴定结果 | 第29-30页 |
| ·RNA 提取结果 | 第30-32页 |
| ·测序评估 | 第32-35页 |
| 3 转录组生物信息学分析 | 第35-44页 |
| ·分割 SOAP 结果 | 第35页 |
| ·基因结构优化 | 第35-36页 |
| ·基因表达注释 | 第36-38页 |
| ·基因差异表达分析 | 第38-42页 |
| ·新转录本预测 | 第42-43页 |
| ·可变剪接分析 | 第43-44页 |
| 4 小结与讨论 | 第44-45页 |
| 第三章 金针菇交配型 A 因子研究 | 第45-52页 |
| 1 材料与方法 | 第45-46页 |
| ·金针菇数据 | 第45页 |
| ·A 因子相关基因鉴定 | 第45-46页 |
| ·交配型 A 位点的分子结构分析 | 第46页 |
| ·HD 基因表达量分析 | 第46页 |
| 2 结果与分析 | 第46-50页 |
| ·HD 基因鉴定结果 | 第46-47页 |
| ·交配型 A 位点分子结构分析结果 | 第47-49页 |
| ·HD 基因表达量分析结果 | 第49-50页 |
| 3 小结与讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 金针菇交配型 B 因子研究 | 第52-66页 |
| 1 材料与方法 | 第52-54页 |
| ·金针菇数据 | 第52页 |
| ·B 因子相关基因鉴定 | 第52-53页 |
| ·信息素受体基因系统进化分析 | 第53页 |
| ·信息素前体基因结构分析 | 第53页 |
| ·信息素受体基因表达量分析 | 第53-54页 |
| ·信息素前体基因表达量分析 | 第54页 |
| ·信息素-受体信号应答通路构建 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-63页 |
| ·B 因子相关基因鉴定结果 | 第54-58页 |
| ·信息素受体系统进化分析结果 | 第58-59页 |
| ·信息素受体表达量分析结果 | 第59-61页 |
| ·信息素前体表达量分析结果 | 第61-62页 |
| ·信息素-受体下游信号应答通路构建结果 | 第62-63页 |
| 3 小结与讨论 | 第63-66页 |
| 总结与展望 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-72页 |
| 附录 | 第72-82页 |
| 附录一 reads 比对统计表 | 第72-74页 |
| 附录二 可变剪接统计图 | 第74-76页 |
| 附录三 补全交配型因子基因 Gap 引物 | 第76-78页 |
| 附录四 A 因子 HD 基因编码序列 | 第78-80页 |
| 附录五 MAPK 信号通路基因 | 第80-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
