| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-35页 |
| ·口蹄疫病毒流行病学简介 | 第15-21页 |
| ·口蹄疫的历史及其影响 | 第15-16页 |
| ·口蹄疫病毒 | 第16页 |
| ·临床状况 | 第16-17页 |
| ·持续感染和亚临床感染 | 第17-18页 |
| ·口蹄疫病毒的进化和分子流行病学 | 第18-21页 |
| ·口蹄疫病毒持续感染的研究进展 | 第21-25页 |
| ·持续感染细胞的建立及机制的初步研究 | 第21-22页 |
| ·持续感染中病毒方面的研究进展 | 第22-24页 |
| ·持续感染中宿主细胞方面的研究进展 | 第24-25页 |
| ·交叉物种杂交(Cross-species hybridization,CSH)芯片技术 | 第25-35页 |
| ·简介 | 第25-26页 |
| ·目标物种和芯片平台之间的适用性 | 第26-27页 |
| ·CSH可以得到与SSH(种内特异杂交)似的结果吗? | 第27页 |
| ·探针和转录物的匹配程度影响了CSH结果的质量 | 第27-30页 |
| ·CSH之中的信号降低 | 第28-29页 |
| ·CSH之中多余的交叉杂交 | 第29页 |
| ·CSH结果的重复性 | 第29-30页 |
| ·怎样从CSH中得到准确的生物学结果? | 第30-34页 |
| ·选择芯片平台,评价候选芯片平台 | 第30页 |
| ·选择芯片探针类型 | 第30-31页 |
| ·实验设计 | 第31-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第二章 运用交叉物种杂交(CSH)芯片技术对FMDV持感细胞和急感细胞全基因组表达进行检测 | 第35-58页 |
| ·引言 | 第35-36页 |
| ·材料和方法 | 第36-47页 |
| ·材料 | 第36-37页 |
| ·方法 | 第37-47页 |
| ·细胞培养及病毒感染、滴度测定 | 第37-39页 |
| ·急感、持感和正常BHK-21细胞的总RNA提取 | 第39-40页 |
| ·病毒RNA的提取及其RT-PCR实时荧光定量 | 第40-42页 |
| ·总RNA质量检测及cDNA合成 | 第42-45页 |
| ·荧光标记cRNA合成 | 第45-46页 |
| ·芯片杂交、洗涤及扫描 | 第46-47页 |
| ·结果与分析 | 第47-56页 |
| ·野生FMDV滴度测定 | 第47-50页 |
| ·蚀斑法测定FMDV滴度 | 第47-49页 |
| ·TCID_(50)法测定FMDV滴度 | 第49-50页 |
| ·持感病毒与持感细胞的特性研究 | 第50-53页 |
| ·持感病毒形成CPE的能力 | 第50-51页 |
| ·持感细胞的抗病毒能力 | 第51-53页 |
| ·总RNA质量检测 | 第53-55页 |
| ·表达谱芯片扫描图片 | 第55-56页 |
| ·全基因组表达谱芯片数据 | 第56页 |
| ·讨论 | 第56-58页 |
| 第三章 表达谱芯片结果的深入分析及荧光定量验证 | 第58-79页 |
| ·引言 | 第58页 |
| ·材料和方法 | 第58-64页 |
| ·材料 | 第59-60页 |
| ·方法 | 第60-64页 |
| ·基因芯片数据分析 | 第60页 |
| ·急感、持感和正常BHK-21劝胞的样品收集与RNA提取 | 第60-61页 |
| ·RT-PCR实时荧光定量 | 第61-62页 |
| ·基因克隆及其测序 | 第62-64页 |
| ·结果与分析 | 第64-77页 |
| ·芯片结果的初步分析(所有信号点表达值的整体分析) | 第64-69页 |
| ·Box Plot(箱线图分析基因表达的总体分布) | 第64-65页 |
| ·MA Plot(双通道信号整体强度和差值) | 第65-67页 |
| ·Heat Map and Unsupervised Hierarchical Clustering(层次聚类分析) | 第67-68页 |
| ·总结 | 第68-69页 |
| ·急感和持感的显著差异表达基因的分析(相对于正常BHK-21细胞) | 第69-70页 |
| ·Pathway分析 | 第70-72页 |
| ·找出共同变化的基因 | 第72-74页 |
| ·挑取基因进行荧光定量验证 | 第74-76页 |
| ·定量基因的克隆测序结果 | 第76-77页 |
| ·讨论 | 第77-79页 |
| 第四章 跨平台杂交(cross-platform hybridization)芯片技术对持续感染细胞的进一步研究 | 第79-102页 |
| ·引言 | 第79页 |
| ·材料和方法 | 第79-87页 |
| ·材料 | 第79-80页 |
| ·方法 | 第80-87页 |
| ·急感、持感和正常BHK-21细胞的总RNA提取 | 第80-81页 |
| ·总RNA质量检测及cDNA合成 | 第81-84页 |
| ·荧光标记cRNA合成 | 第84-86页 |
| ·芯片杂交、洗涤及扫描 | 第86-87页 |
| ·结果与分析 | 第87-99页 |
| ·收样细胞以及总RNA质量检测 | 第87-89页 |
| ·表达谱芯片扫描图片 | 第89-90页 |
| ·全基因组表达谱芯片数据 | 第90页 |
| ·小鼠芯片检测结果的初步分析 | 第90-95页 |
| ·Box Plot(箱线图分析基因表达总体分布) | 第90-92页 |
| ·MA Plot(双通道信号整体强度和差值) | 第92-94页 |
| ·Heat Map and Unsupervised Hierarchical Clustering(层次聚类分析) | 第94-95页 |
| ·总结 | 第95页 |
| ·小鼠芯片和人类芯片全基因组表达谱结果的比较 | 第95-97页 |
| ·找出小鼠和人类芯片结果中共有的基因 | 第97-99页 |
| ·讨论 | 第99-102页 |
| 全文总结 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-121页 |
| 博士在读期间发表和待发表的论文 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122页 |
