| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·研究背景 | 第7-8页 |
| ·转录因子结合位点研究意义和现状 | 第8-9页 |
| ·论文主要工作 | 第9-10页 |
| ·论文结构 | 第10-11页 |
| 第二章 理论基础 | 第11-21页 |
| ·转录因子结合位点概念 | 第11-12页 |
| ·转录因子结合位点的数学描述 | 第12-14页 |
| ·转录因子及其结合位点数据库 | 第14-15页 |
| ·基于串构造共有序列 | 第15-16页 |
| ·P 值的定义 | 第16-17页 |
| ·假设检验 | 第17-18页 |
| ·ROC 曲线介绍 | 第18-19页 |
| ·算术平均和几何平均 | 第19-20页 |
| ·本章小结 | 第20-21页 |
| 第三章 模体的相似性度量函数方法研究 | 第21-31页 |
| ·模体的概念 | 第21-22页 |
| ·相似性度量函数 | 第22-25页 |
| ·相似性比较的理论基础 | 第22-23页 |
| ·相似性度量函数 | 第23-25页 |
| ·基于改进 Euclidean 距离相似性函数 | 第25-26页 |
| ·相似性度量函数评测 | 第26-30页 |
| ·构造噪声矩阵 | 第26-27页 |
| ·构造相似度矩阵 | 第27-29页 |
| ·生成 ROC 曲线 | 第29页 |
| ·相似性度量函数识别能力的评测步骤 | 第29-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第四章 一种基于改进 UPGMA 的模体聚类方法研究 | 第31-41页 |
| ·聚类算法概述 | 第31-32页 |
| ·UPGMA 聚类算法 | 第32-33页 |
| ·基于改进 UPGMA 的模体聚类算法 | 第33-38页 |
| ·类之间的邻近性 | 第34页 |
| ·MUPGMA 聚类算法 | 第34-35页 |
| ·MUPGMA 算法实现和流程图 | 第35-36页 |
| ·MUPGMA 聚类算法示例 | 第36-38页 |
| ·MUPGMA 算法分析 | 第38页 |
| ·基于矩阵构造共有序列算法 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-41页 |
| 第五章 实验结果与分析 | 第41-53页 |
| ·实验一模体相似性度量函数实验结果及分析 | 第41-43页 |
| ·实验二模体聚类实验结果及分析 | 第43-51页 |
| ·JASPAR 数据库实验 | 第43-48页 |
| ·TRANSFAC 数据库实验 | 第48-51页 |
| ·本章小结 | 第51-53页 |
| 第六章 结论与展望 | 第53-55页 |
| ·本文的工作总结 | 第53页 |
| ·下一步工作展望 | 第53-55页 |
| 致谢 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 作者在读期间的研究成果 | 第61-62页 |
| 附录 A | 第62-65页 |