| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 1 引言 | 第13-32页 |
| ·研究目的和意义 | 第13-14页 |
| ·文献综述 | 第14-29页 |
| ·小麦抗寒机理研究进展 | 第14-18页 |
| ·植物抗逆miRNA的研究进展 | 第18-26页 |
| ·高通量测序技术对miRNA研究的推动 | 第26-28页 |
| ·生物信息学技术在miRNA研究中的应用 | 第28-29页 |
| ·研究内容和技术路线 | 第29-31页 |
| ·本研究的创新点 | 第31-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-42页 |
| ·材料 | 第32-33页 |
| ·植物材料 | 第32页 |
| ·数据库与生物软件 | 第32-33页 |
| ·试剂 | 第33页 |
| ·仪器 | 第33页 |
| ·方法 | 第33-42页 |
| ·植物材料处理 | 第33-36页 |
| ·HiSeq测序及生物信息分析流程 | 第36-38页 |
| ·鉴定已知miRNA,进行表达分析 | 第38-39页 |
| ·预测新的miRNA | 第39-42页 |
| 3 结果与分析 | 第42-106页 |
| ·小麦Small RNA测序数据处理及统计分析 | 第42-55页 |
| ·小麦分蘖节总RNA的获得 | 第42-43页 |
| ·小麦分蘖节总RNA的提取质量检测 | 第43-44页 |
| ·Small RNA的HiSeq测序分析 | 第44页 |
| ·小麦Small RNA片段长度分布统计 | 第44-46页 |
| ·各温度下公共和特有序列统计分析 | 第46-48页 |
| ·Genebank比对 | 第48-50页 |
| ·Rfam比对 | 第50-51页 |
| ·重复序列比对 | 第51-52页 |
| ·sRNA分类注释 | 第52-55页 |
| ·已知miRNA鉴定及表达分析 | 第55-88页 |
| ·miRNA碱基特性分析 | 第55-58页 |
| ·与已知miRNA数据库比对,构建小麦表达谱 | 第58-60页 |
| ·小麦中已知miRNA表达及功能分析 | 第60-64页 |
| ·东农冬麦1号分蘖节中部分已知miRNA差异显著分析 | 第64-73页 |
| ·东农冬麦1号分蘖节中部分已知miRNA表达及功能分析 | 第73-86页 |
| ·已知miRNA家族分析 | 第86-88页 |
| ·预测新的miRNA | 第88-106页 |
| ·新miRNA预测原理及前体统计 | 第88页 |
| ·各温度下候选miRNA首位碱基偏向性分析 | 第88-91页 |
| ·新预测miRNA的表达谱 | 第91-94页 |
| ·预测的miRNA二级结构 | 第94-97页 |
| ·候选miRNA靶基因预测 | 第97-100页 |
| ·预测靶基因的GO富集分析 | 第100页 |
| ·候选miRNA的靶基因分析 | 第100-106页 |
| 4 讨论 | 第106-111页 |
| ·高通量高通量测序挖掘低温相关miRNAs的实验可靠性 | 第106页 |
| ·低温诱导下的miRNA介导的抗寒防御机制 | 第106-107页 |
| ·花发育和低温诱导下的已知miRNA调控网络重叠 | 第107-110页 |
| ·下一步工作展望 | 第110-111页 |
| 5 结论 | 第111-113页 |
| ·小麦Small RNA测序数据处理及统计分析 | 第111页 |
| ·在冷诱导下小麦中已知miRNA鉴定及差异表达分析 | 第111页 |
| ·东农冬麦1号中的部分已知miRNA鉴定及差异表达分析 | 第111-112页 |
| ·预测新的miRNA | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 附录 | 第114-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第130页 |
| 发明专利 | 第130页 |
