| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-22页 |
| ·论文研究背景 | 第14-17页 |
| ·泛素化降解通路及泛素连接酶 | 第14-16页 |
| ·Nedd4 E3 酶的结构域 | 第16页 |
| ·Nedd4 E3 酶的生物学功能及相关的人类疾病 | 第16-17页 |
| ·研究进展 | 第17-19页 |
| ·Nedd4 家族 E3 酶的进化研究进展 | 第17-18页 |
| ·Nedd4 E3 酶底物识别研究进展 | 第18-19页 |
| ·论文研究的关键问题及方案 | 第19-21页 |
| ·论文研究方案 | 第19-20页 |
| ·研究关键问题 | 第20-21页 |
| ·论文的结构安排 | 第21-22页 |
| 第二章 Nedd4 家族泛素连接酶的进化分析 | 第22-45页 |
| ·引言 | 第22页 |
| ·实验数据的获取 | 第22-23页 |
| ·密码子偏性分析 | 第23-33页 |
| ·研究背景 | 第23-24页 |
| ·密码子偏性衡量指标 | 第24-27页 |
| ·密码子使用模式影响因素的分析 | 第27-29页 |
| ·对应性分析 | 第29-31页 |
| ·最优密码子 | 第31页 |
| ·结论 | 第31-33页 |
| ·适应性进化分析 | 第33-44页 |
| ·研究背景 | 第33-35页 |
| ·Nedd4 家族 E3 酶序列比对结果 | 第35-37页 |
| ·Nedd4 家族 E3 酶进化树的构建 | 第37-38页 |
| ·Nedd4 E3 酶家族所有成员序列阳性位点检测 | 第38-39页 |
| ·Nedd4 E3 酶家族部分成员序列阳性位点检测 | 第39-44页 |
| ·结论 | 第44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第三章 酵母 Rsp5 泛素连接酶底物样本集构建及特征挖掘 | 第45-58页 |
| ·引言 | 第45页 |
| ·数据集的构建 | 第45-48页 |
| ·正样本 | 第45页 |
| ·负样本 | 第45-47页 |
| ·预测集 | 第47-48页 |
| ·Rsp5 底物特征的挖掘 | 第48-57页 |
| ·PY motif | 第49-51页 |
| ·氨基酸含量 | 第51-52页 |
| ·与酵母蛋白稳定性相关的特征 | 第52-55页 |
| ·与功能相关的重要基序 | 第55页 |
| ·翻译后修饰 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 泛素连接酶 Rsp5 底物的预测 | 第58-74页 |
| ·引言 | 第58页 |
| ·特征筛选 | 第58-62页 |
| ·筛选指标 | 第58-59页 |
| ·模型评估指标 | 第59页 |
| ·特征筛选过程 | 第59-61页 |
| ·构建最优模型所用特征分析 | 第61-62页 |
| ·SVM 算法简介 | 第62-63页 |
| ·LibSVM 两分类工具集成网页开发 | 第63-68页 |
| ·LibSVM 两分类工具介绍 | 第63-64页 |
| ·集成网络平台 | 第64-68页 |
| ·工具的网络实现 | 第68页 |
| ·模型构建及预测结果 | 第68-70页 |
| ·预测结果讨论与分析 | 第70-73页 |
| ·本文模型与 PY motif 方法比较 | 第70-71页 |
| ·半衰期分布 | 第71-72页 |
| ·亚细胞定位 | 第72页 |
| ·功能统计 | 第72-73页 |
| ·结论 | 第73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第五章 全文总结及展望 | 第74-76页 |
| ·本文论文主要工作 | 第74页 |
| ·后续工作及展望 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 在学期间的研究成果及学术论文情况 | 第83-84页 |
| 附录 | 第84-85页 |
