| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩略词索引 | 第9-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-20页 |
| ·基因水平的药物靶标发现 | 第11-12页 |
| ·基因芯片技术 | 第11-12页 |
| ·基因敲除技术 | 第12页 |
| ·全基因组遗传筛选技术 | 第12页 |
| ·蛋白水平的药物靶标发现 | 第12-13页 |
| ·蛋白质芯片技术 | 第12-13页 |
| ·亲和色谱技术 | 第13页 |
| ·化学蛋白组学技术 | 第13页 |
| ·生物信息学方法的药物靶标发现 | 第13-15页 |
| ·蛋白互作网络特征分析 | 第14页 |
| ·代谢网络特征分析 | 第14页 |
| ·机器学习法 | 第14-15页 |
| ·药物副作用相似性分析 | 第15页 |
| ·进化启发的药物及药物靶标发现 | 第15-18页 |
| ·运用进化的概念解释天然产物的高成药率 | 第15-16页 |
| ·运用进化的概念辅助药物靶标发现 | 第16-17页 |
| ·运用进化的概念解释抗氧化剂悖论 | 第17-18页 |
| ·药物研发中存在的问题 | 第18-19页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 第二章 进化启发的药物靶标发现 | 第20-33页 |
| ·前言 | 第20页 |
| ·材料与方法 | 第20-23页 |
| ·数据来源 | 第20-23页 |
| ·人类成药靶标和在研靶标数据 | 第20-21页 |
| ·遗传疾病基因数据 | 第21页 |
| ·人类所有基因进化起源分类数据 | 第21-22页 |
| ·蛋白折叠类型数据 | 第22页 |
| ·斑马鱼所有蛋白序列 | 第22-23页 |
| ·研究方法 | 第23页 |
| ·分析成药靶标的进化特征 | 第23页 |
| ·评估在研靶标的成药潜力 | 第23页 |
| ·硬件与软件 | 第23-25页 |
| ·主要硬件 | 第23-24页 |
| ·主要软件 | 第24-25页 |
| ·结果与分析 | 第25-32页 |
| ·人类成药靶标的医学遗传学性质 | 第25页 |
| ·人类成药靶标的进化特征 | 第25-28页 |
| ·人类成药靶标对应药物的理化性质 | 第28-29页 |
| ·人类在研靶标的进化特征 | 第29-31页 |
| ·在研靶标折叠类型 | 第31页 |
| ·斑马鱼在人药筛选中的潜在应用 | 第31-32页 |
| ·小结 | 第32-33页 |
| 第三章 抗生素抗性的进化机制及抑制剂发现 | 第33-43页 |
| ·前言 | 第33-34页 |
| ·材料与方法 | 第34-37页 |
| ·数据来源 | 第34-36页 |
| ·弱选择条件下人、大肠杆菌和结核分枝杆菌的自发突变数据 | 第34页 |
| ·基于外显子测序的卵巢癌细胞突变数据 | 第34页 |
| ·大肠杆菌抗生素耐药性突变数据 | 第34-35页 |
| ·结核分枝杆菌抗生素耐药性突变数据 | 第35页 |
| ·金黄色葡萄球菌经杀菌剂处理后的全基因组转录数据 | 第35页 |
| ·金黄色葡萄球菌的COG功能分类数据 | 第35-36页 |
| ·研究方法 | 第36-37页 |
| ·比较自发突变与抗生素耐药性突变的偏好性 | 第36-37页 |
| ·分析细菌经杀菌剂处理后的基因表达谱 | 第37页 |
| ·硬件与软件 | 第37页 |
| ·主要硬件 | 第37页 |
| ·主要软件 | 第37页 |
| ·结果与分析 | 第37-42页 |
| ·氧化性DNA损伤对抗生素耐药性突变的重要性 | 第37-40页 |
| ·天然药物延缓抗生素耐药性产生的潜在机制 | 第40-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第四章 总结与展望 | 第43-44页 |
| ·工作总结 | 第43页 |
| ·工作展望 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-52页 |
| 附录 | 第52-53页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |