四种山雀线粒体基因组测序与雀形目线粒体谱系基因组学分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一部分 前言 | 第10-18页 |
| 1 线粒体基因组 | 第10-12页 |
| ·线粒体与线粒体基因组 | 第10页 |
| ·线粒体基因组的遗传与进化特点 | 第10-12页 |
| 2 鸟类线粒体基因组 | 第12-13页 |
| ·鸟类线粒体基因组的特点 | 第12页 |
| ·鸟类线粒体基因组的研究进展 | 第12-13页 |
| ·雀形目分类及分子系统学研究 | 第13页 |
| 3 线粒体基因功效与性能 | 第13-15页 |
| 4 本研究的目的及意义 | 第15-18页 |
| ·研究的物种 | 第15-16页 |
| ·研究的目的和意义 | 第16-18页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第18-30页 |
| 1 实验材料 | 第18-20页 |
| ·标本采集、鉴定与保存 | 第18页 |
| ·实验所用仪器及试剂 | 第18-20页 |
| 2 实验方法 | 第20-25页 |
| ·物种总DNA提取 | 第20-21页 |
| ·物种总DNA检测 | 第21页 |
| ·PCR所需引物设计及扩增 | 第21-25页 |
| ·扩增产物测序 | 第25页 |
| 3 数据处理及结果分析 | 第25-26页 |
| ·测序结果的拼接 | 第25页 |
| ·线粒体基因组全序列所含基因定位及注释 | 第25-26页 |
| ·线粒体全基因组结构与组成情况的分析 | 第26页 |
| 4 雀形目鸟类系统发育分析 | 第26-30页 |
| ·序列数据来源 | 第26-27页 |
| ·序列比对 | 第27-28页 |
| ·序列各组成分析 | 第28页 |
| ·所选数据集系统发育信号检测 | 第28页 |
| ·系统发育树构建方法 | 第28-30页 |
| 第三部分 实验结果与分析 | 第30-68页 |
| 1 总DNA的提取结果 | 第30页 |
| 2 PCR扩增结果 | 第30-32页 |
| ·L-PCR扩增结果 | 第30-31页 |
| ·Sub-PCR扩增结果 | 第31-32页 |
| 3 序列拼接与数据处理结果 | 第32页 |
| 4 灰蓝山雀线粒体基因组 | 第32-42页 |
| ·基因组注释与基因顺序 | 第32-35页 |
| ·基因组特征 | 第35-37页 |
| ·RNA及其二级结构 | 第37-41页 |
| ·控制区 | 第41-42页 |
| 5 大山雀线粒体基因组 | 第42-50页 |
| ·基因组注释与基因顺序 | 第42-44页 |
| ·基因组特征 | 第44-46页 |
| ·RNA及其二级结构 | 第46页 |
| ·控制区 | 第46-50页 |
| 6 绿背山雀线粒体基因组 | 第50-59页 |
| ·基因组注释与基因顺序 | 第50-52页 |
| ·基因组特征 | 第52-54页 |
| ·RNA及其二级结构 | 第54-57页 |
| ·控制区 | 第57-59页 |
| 7 沼泽山雀线粒体基因组 | 第59-68页 |
| ·基因组注释与基因顺序 | 第59-61页 |
| ·基因组特征 | 第61-63页 |
| ·RNA及其二级结构 | 第63-66页 |
| ·控制区 | 第66-68页 |
| 第四部分 雀形目鸟类线粒体基因组比较 | 第68-76页 |
| 1 四种山雀科鸟类线粒体基因组比较 | 第68-69页 |
| 2 ND3中胞嘧啶插入现象 | 第69-70页 |
| 3 超级保守序列 | 第70-72页 |
| 4 部分雀形目鸟类的双控制区 | 第72-73页 |
| 5 鸟类控制区保守序列 | 第73-76页 |
| 第五部分 雀形目系统发育关系分析与讨论 | 第76-86页 |
| 1 数据处理及数据集划分 | 第76页 |
| 2 简约法构建系统发育树 | 第76-79页 |
| 3 似然法构建系统发育树 | 第79-82页 |
| 4 贝叶斯法构建系统发育树 | 第82-85页 |
| 5 结果讨论 | 第85-86页 |
| 第六部分 线粒体基因功效与性能 | 第86-93页 |
| 1 系统发育信号评估 | 第86-88页 |
| 2 发现真树的能力的评价 | 第88-89页 |
| 3 对不同构建系统树方法的敏感性 | 第89-90页 |
| 4 不同基因之间的相合性分析 | 第90-92页 |
| 5 对不同深度分支的解析能力 | 第92-93页 |
| 结论 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第103页 |
