| 中文摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-17页 |
| 1．1 计算机分子模拟和生物大分子的计算 | 第9-11页 |
| 1．2 研究受体与配体相互作用与识别的背景和意义 | 第11-12页 |
| 1．3 放射性核素脑显像剂及其计算模拟 | 第12-13页 |
| 1．4 研究HIV-1整合酶与抑制剂相互作用的意义 | 第13-16页 |
| 1．5 本论文的主要内容 | 第16-17页 |
| 第二章 理论计算和方法 | 第17-37页 |
| 2．1 量子化学从头算方法 | 第17-23页 |
| 2．1．1 量子化学从头算和Hartree-Fock理论 | 第17-18页 |
| 2．1．2 密度泛函理论 | 第18-19页 |
| 2．1．3 势能面及几何构型优化 | 第19页 |
| 2．1．4 Mulliken布居分析 | 第19-21页 |
| 2．1．5 溶剂效应和自洽反应场模型 | 第21-23页 |
| 2．2 分子动力学模拟 | 第23-34页 |
| 2．2．1 基本原理 | 第23-24页 |
| 2．2．2 分子力场 | 第24-27页 |
| 2．2．3 主要算法 | 第27-29页 |
| 2．2．4 MD模拟计算自由能的方法 | 第29-34页 |
| 2．3 QM/MM方法ONIOM | 第34-37页 |
| 第三章 ~99mTc-N_2S_2类脑显像剂药物的水化自由能研究 | 第37-52页 |
| 3．1 ~99 mTc-N_2S_2类脑显像剂药物的研究进展 | 第37-38页 |
| 3．2 ~99 mTc-N_2S_2类脑显像剂药物的结构 | 第38-39页 |
| 3．3 ~99 mTc-N_2S_2类脑显像剂药物的相对水化自由能计算 | 第39-45页 |
| 3．3．1 计算方法 | 第39-41页 |
| 3．3．2 相对水化自由能与脑吸收的关系 | 第41-45页 |
| 3．4 ~99 mTc-N_2S_2类脑显像剂药物的绝对水化自由能计算 | 第45-51页 |
| 3．4．1 几何构型优化 | 第45-47页 |
| 3．4．2 水化自由能计算 | 第47-48页 |
| 3．4．3 QM-MM方法计算水化自由能 | 第48-51页 |
| 3．5 本章小结 | 第51-52页 |
| 第四章 HIV-1整合酶及其抑制剂5CLTEP的分子动力学模拟 | 第52-75页 |
| 4．1 HIV-1整合酶的结构和功能 | 第52-57页 |
| 4．1．1 HIV-1整合酶的结构 | 第52-53页 |
| 4．1．2 HIV-1整合酶的功能 | 第53-54页 |
| 4．1．3 HIV-1整合酶抑制剂的研究 | 第54-55页 |
| 4．1．4 HIV-1整合酶抑制剂5ClTEP | 第55-57页 |
| 4．2 MD模拟方案 | 第57-59页 |
| 4．3 整合酶与抑制剂间的氢键作用分析 | 第59-61页 |
| 4．4 整合酶核心区域-5ClTEP-Mg~(2+)复合体系的MD模拟 | 第61-74页 |
| 4．4．1 蛋白质构象柔性研究 | 第62-71页 |
| 4．4．2 包含5ClTEP不同官能团体系的MD模拟研究 | 第71-74页 |
| 4．5 本章小结 | 第74-75页 |
| 结论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 附录 | 第83-84页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
