| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-18页 |
| ·RNA 的转录后加工 | 第10-11页 |
| ·RNA 编辑 | 第10页 |
| ·可变剪接 | 第10-11页 |
| ·RNA 编辑与可变剪接的相互作用 | 第11页 |
| ·测序技术研究进展概述 | 第11-13页 |
| ·Sanger 测序技术 | 第11-12页 |
| ·第二代测序技术 | 第12-13页 |
| ·第三代测序技术 | 第13页 |
| ·研究背景与意义 | 第13-14页 |
| ·研究背景 | 第13-14页 |
| ·研究意义 | 第14页 |
| ·RNA 编辑位点识别的研究进展 | 第14-15页 |
| ·可变剪接事件识别的研究进展 | 第15-16页 |
| ·本文主要工作 | 第16-17页 |
| ·论文结构安排 | 第17-18页 |
| 第二章 计算识别黑猩猩 RNA 编辑位点 | 第18-38页 |
| ·底层数据处理 | 第18-20页 |
| ·数据来源 | 第18页 |
| ·序列比对及软件参数设置 | 第18-19页 |
| ·RNA-Seq 序列比对结果 | 第19-20页 |
| ·RNA 编辑位点候选集的构建 | 第20-21页 |
| ·RNA 编辑位点的筛选策略 | 第21-27页 |
| ·滤除基因组测序错误 | 第22-23页 |
| ·滤除已知 SNP 位点 | 第23-24页 |
| ·滤除落在 RNA-Seq 序列 3’末端位点 | 第24页 |
| ·滤除比对到内含子区域的 RNA-Seq 序列 | 第24页 |
| ·滤除 RNA-Seq 测序错误位点 | 第24-25页 |
| ·滤除可信度不高的位点 | 第25页 |
| ·滤除替换类型不定的编辑位点 | 第25-27页 |
| ·RNA 编辑位点的潜在功能分析 | 第27-36页 |
| ·RNA 编辑位点的编辑类型及分布情况 | 第27-28页 |
| ·RNA 编辑位点在 RefSeq 基因中的分布情况 | 第28页 |
| ·RNA 编辑位点对氨基酸的潜在影响 | 第28-30页 |
| ·RNA 编辑位点对 miRNA 的潜在影响 | 第30-31页 |
| ·RNA 编辑位点的组织差异性和性别差异性分析 | 第31-33页 |
| ·RNA 编辑位点的序列特征分析 | 第33-36页 |
| ·结果讨论 | 第36-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| 第三章 计算识别果蝇剪接位点和可变剪接事件 | 第38-47页 |
| ·底层数据处理 | 第38-39页 |
| ·数据来源 | 第38页 |
| ·序列比对及软件参数设置 | 第38页 |
| ·RNA-Seq 序列比对结果 | 第38-39页 |
| ·果蝇剪接位点的识别 | 第39-40页 |
| ·重标注已知剪接位点 | 第40页 |
| ·识别新的剪接位点 | 第40页 |
| ·果蝇可变剪接事件的识别 | 第40-43页 |
| ·识别可变供体位点 | 第41页 |
| ·识别可变受体位点 | 第41页 |
| ·识别内含子保留 | 第41-42页 |
| ·识别外显子丢失 | 第42页 |
| ·识别结果 | 第42-43页 |
| ·新剪接位点和可变剪接事件的实验验证 | 第43-45页 |
| ·实验方法和步骤 | 第43-44页 |
| ·实验结果分析 | 第44-45页 |
| ·结果讨论 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第四章 总结与展望 | 第47-49页 |
| ·总结 | 第47-48页 |
| ·展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 攻读硕士学位期间发表的文章 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |