| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-38页 |
| 第一节 近海附着细菌多样性研究进展 | 第12-20页 |
| ·附着细菌多样性研究简史 | 第12-13页 |
| ·细菌附着的分子生物学研究方法 | 第13页 |
| ·附着细菌的主要类群 | 第13页 |
| ·附着细菌与浮游细菌的关系 | 第13-14页 |
| ·重要的附着类群 Rhodobacterales | 第14页 |
| ·附着细菌的演替规律 | 第14-15页 |
| ·国内概况 | 第15页 |
| ·附着细菌的研究建议 | 第15-16页 |
| 参考文献 | 第16-20页 |
| 第二节 养殖环境反硝化细菌的生态学研究进展 | 第20-31页 |
| ·反硝化细菌的种类 | 第21页 |
| ·反硝化细菌分子生物学研究方法 | 第21-22页 |
| ·反硝化细菌分子生态学研究概况 | 第22-25页 |
| ·水产养殖环境反硝化细菌的研究建议 | 第25-26页 |
| 参考文献 | 第26-31页 |
| 第三节 微生物生态学研究的主要方法 | 第31-37页 |
| ·传统的微生物生态学研究方法 | 第31-32页 |
| ·常用的分子微生物生态学研究方法 | 第32-35页 |
| ·传统的生物生态学和分子生态学方法的比较 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-37页 |
| 第四节 本论文的思路、研究目的及意义 | 第37-38页 |
| ·学术构想与思路 | 第37页 |
| ·主要研究的内容 | 第37页 |
| ·主要研究的意义 | 第37-38页 |
| 第二章 海水附着细菌多样性和群落演替的分子生物学研究 | 第38-51页 |
| 1 材料与方法 | 第38-41页 |
| ·实验材料的采集 | 第38页 |
| ·环境微生物总基因组DNA的提取 | 第38-39页 |
| ·16S rDNA 的扩增 | 第39页 |
| ·16S rDNA 基因文库的建立 | 第39页 |
| ·扩增核糖体DNA限制性分析（ARDRA） | 第39-40页 |
| ·数据分析 | 第40页 |
| ·16S rDNA 序列分析 | 第40页 |
| ·16S rDNA序列注册登录号 | 第40-41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-48页 |
| ·16S rDNA文库OTU分析 | 第41-42页 |
| ·16S rDNA序列分析 | 第42-44页 |
| ·α-变形菌亚群的序列特点 | 第44页 |
| ·γ-变形菌亚群的序列特点 | 第44-47页 |
| ·拟杆菌门的序列特点 | 第47页 |
| ·附着微生物群落动态演替特征分析 | 第47-48页 |
| 3 讨论 | 第48-49页 |
| 4 小结 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-51页 |
| 第三章 养殖环境亚硝酸盐还原酶基因的分子多样性研究 | 第51-71页 |
| 1 材料与方法 | 第52-55页 |
| ·养殖环境沉积物样品的采集 | 第52页 |
| ·样品总DNA提取 | 第52-53页 |
| ·池底沉积物样品理化性状测定 | 第53-54页 |
| ·NirS 基因片段PCR扩增 | 第54页 |
| ·NirS 基因文库的建立 | 第54页 |
| ·NirS 基因限制性内切片段长度多态性(RFLP)分析 | 第54页 |
| ·基因测序与系统发育分析 | 第54-55页 |
| ·数据分析 | 第55页 |
| ·序列Unifrac分析 | 第55页 |
| ·核酸序列注册登录号 | 第55页 |
| 2 结果与分析 | 第55-65页 |
| ·养殖池底生物地理化学性状 | 第55-58页 |
| ·克隆文库分析 | 第58-59页 |
| ·NirS基因的测序结果和系统发育分析 | 第59-65页 |
| ·序列Unifrac分析结果 | 第65页 |
| 3 讨论 | 第65-68页 |
| 参考文献 | 第68-71页 |
| 第四章 总结 | 第71-72页 |
| 附录 1 使用试剂的配制 | 第72-73页 |
| 附录 2 使用的仪器设备 | 第73-74页 |
| 附录 3 关键实验步骤补充 | 第74-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第79页 |
