| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-17页 |
| 缩略语表 | 第17-19页 |
| 第一章 前言 | 第19-42页 |
| ·病毒进化及其对细胞进化的影响 | 第19-24页 |
| ·病毒是有生命的有机体 | 第19-20页 |
| ·病毒粒体是生物圈中最多的生物实体 | 第20页 |
| ·病毒起源 | 第20-21页 |
| ·病毒在细胞起源中发挥了关键作用 | 第21-22页 |
| ·病毒对早期细胞进化的重要作用 | 第22页 |
| ·病毒对近期细胞进化的重要作用 | 第22-24页 |
| ·病毒对微生物进化的重要作用 | 第22页 |
| ·病毒对复杂的真核生物进化的重要作用 | 第22-24页 |
| ·病毒整合和内生化 | 第24-35页 |
| ·病毒整合 | 第24-25页 |
| ·病毒内生化和内源病毒序列 | 第25-30页 |
| ·内源逆转录病毒 | 第25-27页 |
| ·非逆转录病毒整合和内生化 | 第27-30页 |
| ·副逆转录病毒整合和内生化 | 第27页 |
| ·ss(+)RNA病毒整合和内生化 | 第27-28页 |
| ·ss(-)RNA病毒整合和内生化 | 第28页 |
| ·dsRNA病毒整合和内生化 | 第28-29页 |
| ·ssDNA病毒整合和内生化 | 第29-30页 |
| ·线粒体病毒整合和内生化 | 第30页 |
| ·整合机制 | 第30-31页 |
| ·内源病毒序列的重要价值 | 第31-32页 |
| ·新的内源病毒序列亟待发掘 | 第32-35页 |
| ·基因组时代的病毒进化研究 | 第35-40页 |
| ·研究病毒进化的目的 | 第35页 |
| ·研究病毒进化的途径 | 第35-36页 |
| ·基因组序列数据对病毒进化研究的重要意义 | 第36页 |
| ·真菌病毒对病毒进化研究的重要意义 | 第36-40页 |
| ·论文研究目的和思路 | 第40-42页 |
| 第二章 核盘菌Ep-1PN菌株病毒克隆及相关ss(+)RNA病毒进化基因组学分析 | 第42-69页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·材料和方法 | 第43-47页 |
| ·真菌菌株 | 第43页 |
| ·dsRNA提取 | 第43-44页 |
| ·全基因组cDNA克隆和测序分析 | 第44-46页 |
| ·长dsRNA片段克隆方法 | 第44-46页 |
| ·短dsRNA片段克隆方法 | 第46页 |
| ·Northern杂交 | 第46页 |
| ·菌丝生长速度和致病力测定 | 第46页 |
| ·序列比较和系统发育分析 | 第46-47页 |
| ·结果与分析 | 第47-52页 |
| ·L-和S-dsRNA全基因组cDNA克隆和测序 | 第47页 |
| ·S-dsRNA全基因组序列分析 | 第47页 |
| ·L-dsRNA全基因组序列分析 | 第47-48页 |
| ·ss(+)RNA类甲病毒超组系统进化分析 | 第48-51页 |
| ·基因组结构和复制酶保守结构域比较 | 第51-52页 |
| ·SsRV-L对宿主真菌的影响 | 第52页 |
| ·Ep-1PN菌株病毒自主复制证据 | 第52页 |
| ·结论与讨论 | 第52-69页 |
| 第三章 核盘菌Sunf-M菌株病毒克隆及相关dsRNA病毒进化基因组学分析 | 第69-95页 |
| ·引言 | 第69-70页 |
| ·材料和方法 | 第70-71页 |
| ·真菌菌株 | 第70页 |
| ·dsRNA提取 | 第70页 |
| ·全基因组cDNA克隆和测序分析 | 第70页 |
| ·Northern杂交 | 第70页 |
| ·序列比较和系统发育分析 | 第70-71页 |
| ·结果与分析 | 第71-81页 |
| ·dsRNA检测及全基因组测序 | 第71页 |
| ·L-dsRNA病毒全基因组序列分析 | 第71-72页 |
| ·S-dsRNA病毒全基因组序列分析 | 第72页 |
| ·SsMV-L与相关病毒RdRp系统进化分析和基因组结构比较 | 第72-79页 |
| ·SsPV-S与其它双分病毒科病毒系统进化分析 | 第79-80页 |
| ·S7蛋白结构域序列比较与系统进化分析 | 第80-81页 |
| ·结论与讨论 | 第81-95页 |
| 第四章 RNA病毒电子克隆及相关病毒与宿主互作进化研究 | 第95-113页 |
| ·引言 | 第95页 |
| ·材料和方法 | 第95-97页 |
| ·种子病毒序列收集 | 第95-96页 |
| ·病毒电子克隆 | 第96-97页 |
| ·病毒序列分析 | 第97页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第97页 |
| ·结果与分析 | 第97-101页 |
| ·电子克隆双分病毒科病毒 | 第97-98页 |
| ·电子克隆产黄青霉病毒科病毒 | 第98页 |
| ·电子克隆单分病毒科病毒 | 第98-99页 |
| ·电子克隆内源RNA病毒科病毒 | 第99页 |
| ·双分病毒与宿主的互作进化 | 第99-100页 |
| ·单分病毒和产黄青霉病毒与宿主的互作进化 | 第100页 |
| ·内源RNA病毒与宿主的互作进化 | 第100-101页 |
| ·结论与讨论 | 第101-113页 |
| ·电子克隆在病毒学研究中的应用前景 | 第101页 |
| ·双分病毒跨界水平传播 | 第101-102页 |
| ·RNA病毒-宿主互作与进化 | 第102-113页 |
| 第五章 dsRNA病毒内生化及其机制研究 | 第113-136页 |
| ·引言 | 第113页 |
| ·材料和方法 | 第113-115页 |
| ·真核基因组中病毒类似序列鉴定 | 第113-114页 |
| ·序列覆盖度分析 | 第114页 |
| ·转座子序列鉴定 | 第114页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第114页 |
| ·选择检测 | 第114页 |
| ·基因组DNA和总RNA提取 | 第114页 |
| ·PCR,RT-PCR和DNA测序 | 第114-115页 |
| ·结果与分析 | 第115-118页 |
| ·双分病毒外壳蛋白与拟南芥功能蛋白同源 | 第115页 |
| ·dsRNA病毒内源序列鉴定 | 第115-116页 |
| ·排除污染的可能性 | 第116页 |
| ·内源病毒及其相关外生病毒系统发育分析 | 第116-117页 |
| ·内源病毒基因表达和功能 | 第117-118页 |
| ·讨论与结论 | 第118-136页 |
| ·水平基因转移方向 | 第118-119页 |
| ·整合机制和整合偏好性 | 第119页 |
| ·病毒整合可能的诱发因子 | 第119-120页 |
| ·内源病毒基因在抗病毒免疫中的作用 | 第120-136页 |
| 第六章 线性ssDNA病毒内生化及病毒-宿主互作研究 | 第136-173页 |
| ·引言 | 第136-137页 |
| ·材料和方法 | 第137页 |
| ·内源细小病毒类似序列鉴定 | 第137页 |
| ·序列覆盖度分析 | 第137页 |
| ·转座子序列鉴定 | 第137页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第137页 |
| ·检测动物基因组中内源细小病毒基因表达 | 第137页 |
| ·PCR扩增和DNA测序 | 第137页 |
| ·结果与分析 | 第137-140页 |
| ·动物核基因组中的内源细小病毒序列 | 第137-138页 |
| ·内源细小病毒序列特征 | 第138页 |
| ·内源细小病毒序列存在的真实性 | 第138-139页 |
| ·内源细小病毒与外源细小病毒系统发育分析 | 第139-140页 |
| ·内源细小病毒基因在动物基因组内表达 | 第140页 |
| ·结论与讨论 | 第140-173页 |
| 第七章 环状ssDNA病毒内生化及病毒-宿主进化研究 | 第173-229页 |
| ·引言 | 第173-174页 |
| ·材料和方法 | 第174页 |
| ·内源病毒类似序列鉴定 | 第174页 |
| ·序列覆盖度分析 | 第174页 |
| ·转座子序列鉴定 | 第174页 |
| ·多序列比对和系统发育分析 | 第174页 |
| ·检测内源病毒基因表达 | 第174页 |
| ·PCR扩增和DNA测序 | 第174页 |
| ·结果与讨论 | 第174-181页 |
| ·真核环状ssDNA病毒Rep类似蛋白鉴定 | 第174-176页 |
| ·内源环状ssDNA病毒类似序列在真核生物中的分布 | 第176页 |
| ·内源圆环病毒科或矮缩病毒科病毒类似序列 | 第176-178页 |
| ·圆环病毒和矮缩病毒起源与进化 | 第178页 |
| ·双生病毒类似序列 | 第178-179页 |
| ·双生病毒起源与进化 | 第179-180页 |
| ·细小病毒类似转座子 | 第180-181页 |
| ·内源病毒序列保守和表达 | 第181页 |
| ·结论 | 第181-229页 |
| 第八章 结论与讨论 | 第229-233页 |
| ·全文结论与主要创新点 | 第229页 |
| ·病毒-宿主互作与进化模型 | 第229-231页 |
| ·非逆转录病毒整合对病毒-细胞互作的影响 | 第231-232页 |
| ·内源非逆转录病毒与宿主互作进化模型 | 第232-233页 |
| 参考文献 | 第233-256页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第256-258页 |
| 致谢 | 第258页 |
