| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第10-17页 |
| 1.1 研究的背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-15页 |
| 1.3 研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 理论模拟基础及计算方法 | 第17-28页 |
| 2.1 全原子分子动力学模拟的基本原理 | 第17-18页 |
| 2.2 全原子分子动力学模拟的力场 | 第18-21页 |
| 2.2.1 力场一般形式 | 第18-20页 |
| 2.2.2 常见的力场 | 第20-21页 |
| 2.3 全原子分子动力学模拟的算法 | 第21-25页 |
| 2.3.1 初始化模拟条件 | 第21-22页 |
| 2.3.2 牛顿运动方程的积分算法 | 第22-23页 |
| 2.3.3 周期性边界条件 | 第23-24页 |
| 2.3.4 非键相互作用的截断半径 | 第24页 |
| 2.3.5 温度和压强耦合 | 第24-25页 |
| 2.4 宏观参量的计算方法 | 第25-28页 |
| 2.4.1 DNA螺旋的弹性理论 | 第25-26页 |
| 2.4.2 DNA持久长度的计算方法 | 第26-28页 |
| 第三章 DNA柔性的分子动力学模拟:Amber bscl和bsc0力场的对比研究 | 第28-39页 |
| 3.1 模型和方法 | 第28-31页 |
| 3.1.1 全原子分子动力学模拟 | 第28-29页 |
| 3.1.2 DNA的宏观柔性参量 | 第29-30页 |
| 3.1.3 DNA的微观结构参量 | 第30-31页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第31-37页 |
| 3.2.1 两种力场下DNA的宏观结构柔性 | 第32-34页 |
| 3.2.2 两种力场下的DNA微观结构及其涨落 | 第34-37页 |
| 3.3 本章小结 | 第37-39页 |
| 第四章 DNA的柔性与其稳定性的耦合关系 | 第39-50页 |
| 4.1 模型与方法 | 第39-41页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第41-48页 |
| 4.2.1 DNA的弯曲柔性 | 第41-43页 |
| 4.2.2 DNA的伸缩柔性 | 第43-46页 |
| 4.2.3 DNA的扭转柔性 | 第46-48页 |
| 4.3 本章小结 | 第48-50页 |
| 第五章 总结和展望 | 第50-53页 |
| 5.1 总结 | 第50-52页 |
| 5.2 展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-62页 |
| 附录 | 第62-69页 |
| 攻硕期间完成的科研成果 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |