| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第16-26页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第18-23页 |
| 1.2.1 基于聚类的蛋白质复合物发现方法 | 第18-21页 |
| 1.2.2 以启发式为代表的智能优化算法 | 第21-22页 |
| 1.2.3 以矩阵分解为代表的计算方法 | 第22-23页 |
| 1.3 本文的主要工作及贡献 | 第23-24页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第24-26页 |
| 第2章 蛋白质相互作用网络特征分析及复合物算法评价指标 | 第26-36页 |
| 2.1 蛋白质相互作用网络特征分析 | 第26-31页 |
| 2.1.1 蛋白质相互作用网络拓扑特征评价指标 | 第26-28页 |
| 2.1.2 蛋白质相互作用网络拓扑特征分析 | 第28-31页 |
| 2.2 蛋白质复合物算法评价指标 | 第31-35页 |
| 2.3 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 基于多目标进化规划遗传的复合物识别算法MOEPGA | 第36-52页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 相关工作 | 第37-38页 |
| 3.3 基于多目标进化规划遗传的复合物识别算法MOEPGA | 第38-41页 |
| 3.3.1 相关术语 | 第38-39页 |
| 3.3.2 问题描述 | 第39-40页 |
| 3.3.3 MOEPGA算法 | 第40-41页 |
| 3.4 实验及结果分析 | 第41-50页 |
| 3.4.1 实验数据 | 第42-44页 |
| 3.4.2 已知蛋白质复合物的网络特征分析 | 第44-45页 |
| 3.4.3 参数mP,sP对MOEPGA算法性能的影响 | 第45-46页 |
| 3.4.4 F(S)的分析 | 第46-48页 |
| 3.4.5 与其它算法的比较 | 第48-50页 |
| 3.5 本章小结 | 第50-52页 |
| 第4章 基于模糊关系的重叠复合物识别算法FK-Medoids | 第52-67页 |
| 4.1 引言 | 第52-53页 |
| 4.2 相关工作 | 第53-54页 |
| 4.3 基于模糊关系的复合物识别算法FK-Medoids | 第54-60页 |
| 4.3.1 模糊集理论 | 第55页 |
| 4.3.2 伪团产生 | 第55-57页 |
| 4.3.3 FK-Medoids算法步骤 | 第57-60页 |
| 4.4 实验及结果分析 | 第60-65页 |
| 4.4.1 实验数据 | 第60页 |
| 4.4.2 参数λ的设定对算法结果的影响 | 第60-62页 |
| 4.4.3 参数β的设置对算法结果的影响 | 第62页 |
| 4.4.4 与其它算法比较 | 第62-65页 |
| 4.5 本章小结 | 第65-67页 |
| 第5章 基于重叠邻居结点和模糊关系的伪团扩展算法PCE-ONNFR | 第67-86页 |
| 5.1 引言 | 第67页 |
| 5.2 相关工作 | 第67-68页 |
| 5.3 基于重叠邻居结点和模糊关系的伪团扩展算法PCE-ONNFR | 第68-71页 |
| 5.3.1 利用模糊关系产生伪团 | 第68-69页 |
| 5.3.2 通过重叠的邻居结点扩展伪团 | 第69-71页 |
| 5.4 实验及结果分析 | 第71-85页 |
| 5.4.1 实验数据 | 第71-72页 |
| 5.4.2 GO语义相似性 | 第72-74页 |
| 5.4.3 参数λ对PCE-ONNFR算法性能的影响 | 第74-75页 |
| 5.4.4 参数γ对PCE-ONNFR算法性能的影响 | 第75-76页 |
| 5.4.5 聚合分数(CS)的分析 | 第76-77页 |
| 5.4.6 与FK-Medoids算法的比较 | 第77-78页 |
| 5.4.7 不同权重的比较 | 第78页 |
| 5.4.8 与其它算法比较 | 第78-81页 |
| 5.4.9 功能富集分析 | 第81-82页 |
| 5.4.10 在人类PPI网络中验证算法的性能 | 第82-85页 |
| 5.5 本章小结 | 第85-86页 |
| 第6章 基于组合权重的复合物识别算法cwMINE | 第86-106页 |
| 6.1 引言 | 第86-87页 |
| 6.2 相关工作 | 第87页 |
| 6.3 基于组合权重的复合物识别算法cwMINE | 第87-91页 |
| 6.3.1 相关术语 | 第88-90页 |
| 6.3.2 cwMINE算法 | 第90-91页 |
| 6.4 实验及结果分析 | 第91-104页 |
| 6.4.1 实验数据 | 第92页 |
| 6.4.2 不同加权策略的分析 | 第92-93页 |
| 6.4.3 扩展系数对cwMINE算法的影响 | 第93-96页 |
| 6.4.4 与PCE-ONNFR算法的比较 | 第96-97页 |
| 6.4.5 与其它算法比较 | 第97-98页 |
| 6.4.6 蛋白质复合物实例(Collins) | 第98-104页 |
| 6.4.7 cwMINE算法发现疾病相关的复合物 | 第104页 |
| 6.5 本章小结 | 第104-106页 |
| 结论 | 第106-109页 |
| 参考文献 | 第109-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第124-126页 |
| 附录B 攻读学位期间所参加的科研项目 | 第126页 |
