麒麟鸡（卷羽鸡）胚胎毛囊组织转录组测序分析
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第9-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-17页 |
| 1.1 麒麟鸡简介 | 第10页 |
| 1.2 羽毛的类型和结构 | 第10-11页 |
| 1.3 毛囊的结构和形态发生 | 第11-12页 |
| 1.3.1 毛囊的结构 | 第11页 |
| 1.3.2 毛囊的形态发生 | 第11-12页 |
| 1.4 参与动物毛囊发育的主要分子 | 第12-13页 |
| 1.5 差异表达基因的研究方法 | 第13-16页 |
| 1.5.1 mRNA差异显示技术 | 第13-14页 |
| 1.5.2 抑制性消减杂交技术 | 第14页 |
| 1.5.3 基因芯片 | 第14-15页 |
| 1.5.4 高通量测序技术 | 第15-16页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-23页 |
| 2.1 材料 | 第17-18页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第17页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第17页 |
| 2.1.3 主要数据库和分析软件 | 第17页 |
| 2.1.4 实验动物及样本的采集 | 第17-18页 |
| 2.2 总RNA提取 | 第18页 |
| 2.3 高通量测序 | 第18-21页 |
| 2.3.1 cDNA文库制备与测序 | 第18-19页 |
| 2.3.2 转录组测序原始数据质控 | 第19页 |
| 2.3.3 测序reads比对与拼接 | 第19-20页 |
| 2.3.4 转录本表达量的分析 | 第20页 |
| 2.3.5 eggNOG分析 | 第20页 |
| 2.3.6 差异表达转录本筛选 | 第20页 |
| 2.3.7 差异转录本GO和KEGG的富集分析 | 第20-21页 |
| 2.4 转录组测序结果的定量验证 | 第21-23页 |
| 3 结果与分析 | 第23-36页 |
| 3.1 总RNA的提取与检测 | 第23-24页 |
| 3.2 转录组测序分析 | 第24-36页 |
| 3.2.1 数据库的建立 | 第24页 |
| 3.2.2 数据过滤 | 第24-25页 |
| 3.2.3 比对到基因组 | 第25-26页 |
| 3.2.4 转录本表达水平分析 | 第26-27页 |
| 3.2.5 基因的功能注释 | 第27-28页 |
| 3.2.6 差异表达基因分析 | 第28-29页 |
| 3.2.7 角蛋白相关基因 | 第29-30页 |
| 3.2.8 差异表达基因GO分析 | 第30-32页 |
| 3.2.9 差异表达基因KEGG富集分析 | 第32-34页 |
| 3.2.10 差异表达Pathway功能富集分析 | 第34-35页 |
| 3.2.11 转录组测序结果的定量验证 | 第35-36页 |
| 4 讨论 | 第36-39页 |
| 4.1 原始数据的质控与reads分析 | 第36页 |
| 4.2 转录本表达水平分析 | 第36页 |
| 4.3 基因功能注释 | 第36-37页 |
| 4.4 角蛋白相关基因 | 第37页 |
| 4.5 差异表达基因GO分析 | 第37-38页 |
| 4.6 差异表达基因KEGG富集分析 | 第38页 |
| 4.7 差异表达基因Pathway功能富集分析 | 第38-39页 |
| 5 结论 | 第39-40页 |
| 6 实验创新处和后续工作建议 | 第40-41页 |
| 6.1 实验创新处 | 第40页 |
| 6.2 后续工作建议 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-48页 |
| 附录：麒麟鸡和怀乡鸡毛囊组织中差异表达基因注释 | 第48-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 作者简介 | 第58-59页 |
| 导师简介 | 第59页 |
