| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-34页 |
| 1.1 环境微生物的重要性 | 第16-18页 |
| 1.1.1 微生物与元素的生物地球化学循环 | 第16-17页 |
| 1.1.2 微生物与生物修复 | 第17-18页 |
| 1.1.3 微生物与植物的生长 | 第18页 |
| 1.2 氮磷输入对微生物群落的影响 | 第18-22页 |
| 1.2.1 富营养化的影响 | 第18-20页 |
| 1.2.2 施肥的影响 | 第20-21页 |
| 1 2.3 植物种植的影响 | 第21-22页 |
| 1.3 研究微生物群落的主要技术 | 第22-30页 |
| 1.3.1 特异性引物的设计 | 第22-25页 |
| 1.3.2 克隆文库分析 | 第25-27页 |
| 1.3.3 高通量扩增子测序 | 第27-28页 |
| 1.3.4 鸟枪宏基因组测序 | 第28-30页 |
| 1.4 研究内容、目的和意义 | 第30-34页 |
| 1.4.1 研究目的和意义 | 第30-31页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第31-34页 |
| 第二章 Shewanella特异性引物的设计和应用 | 第34-52页 |
| 2.1 概述 | 第34-35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-39页 |
| 2.2.1 引物设计和在线评估平台 | 第35页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第35-36页 |
| 2.2.3 样品理化性质分析 | 第36页 |
| 2.2.4 样品DNA提取和PCR反应 | 第36-38页 |
| 2.2.5 定量PCR分析 | 第38页 |
| 2.2.6 克隆文库构建和系统发育分析 | 第38-39页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第39-50页 |
| 2.3.1 定量PCR引物的验证 | 第39-43页 |
| 2.3.2 Shewanella在各种环境中的丰度分布 | 第43-46页 |
| 2.3.3 系统发育分析引物的验证 | 第46-48页 |
| 2.3.4 Shewanella在各种水体环境中的系统发育分析 | 第48-50页 |
| 2.4 小结 | 第50-52页 |
| 第三章 铁还原细菌在富营养化湖泊沉积物中的丰度和多样性分析 | 第52-72页 |
| 3.1 概述 | 第52-53页 |
| 3.2 材料与方法 | 第53-58页 |
| 3.2.1 沉积物样品采集 | 第53-54页 |
| 3.2.2 沉积物样品理化性质测定 | 第54-55页 |
| 3.2.3 沉积物样品DNA提取 | 第55页 |
| 3.2.4 定量PCR分析 | 第55页 |
| 3.2.5 克隆文库和系统发育树分析 | 第55-57页 |
| 3.2.6 高通量测序和序列处理 | 第57-58页 |
| 3.2.7 统计分析 | 第58页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第58-70页 |
| 3.3.1 样品的理化性质分析 | 第58页 |
| 3.3.2 Geobacter和Shewanella的丰度分布 | 第58-60页 |
| 3.3.3 Geobacter和Shewanella的多样性分布 | 第60-63页 |
| 3.3.4 铁还原细菌群落组成和结构 | 第63-66页 |
| 3.3.5 环境因子对铁还原细菌的影响 | 第66-70页 |
| 3.4 小结 | 第70-72页 |
| 第四章 柳枝稷试验田土壤微生物群落对无机氮肥的响应研究 | 第72-96页 |
| 4.1 概述 | 第72-73页 |
| 4.2 材料与方法 | 第73-77页 |
| 4.2.1 试验设计 | 第73-74页 |
| 4.2.2 样品采集和土壤DNA提取 | 第74-75页 |
| 4.2.3 土壤理化性质测定 | 第75页 |
| 4.2.4 细菌和真菌的丰度测定 | 第75-76页 |
| 4.2.5 高通量扩增子测序 | 第76页 |
| 4.2.6 序列处理与分析 | 第76-77页 |
| 4.2.7 统计分析 | 第77页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第77-95页 |
| 4.3.1 无机氮肥对土壤理化性质的影响 | 第77-78页 |
| 4.3.2 无机氮肥对细菌和真菌丰度的影响 | 第78-79页 |
| 4.3.3 无机氮肥对微生物群落alpha多样性的影响 | 第79-81页 |
| 4.3.4 无机氮肥对微生物群落beta多样性的影响 | 第81-84页 |
| 4.3.5 无机氮肥对微生物群落组成的影响 | 第84-93页 |
| 4.3.6 影响微生物群落变化的主要因素 | 第93-95页 |
| 4.4 小结 | 第95-96页 |
| 第五章 无机氮肥对微生物相互作用网络和微生物功能基因组的影响 | 第96-128页 |
| 5.1 概述 | 第96-97页 |
| 5.2 材料与方法 | 第97-100页 |
| 5 2.1 样品采集和土壤DNA提取 | 第97-98页 |
| 5.2.2 土壤理化性质测定 | 第98页 |
| 5.2.3 细菌和真菌的丰度测定 | 第98页 |
| 5.2.4 高通量扩增子测序 | 第98页 |
| 5.2.5 鸟枪宏基因组测序 | 第98页 |
| 5.2.6 扩增子序列处理与分析 | 第98-99页 |
| 5.2.7 宏基因组数据处理与分析 | 第99页 |
| 5.2.8 分子生态网络构建和分析 | 第99-100页 |
| 5.2.9 统计分析 | 第100页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第100-126页 |
| 5.3.1 土壤的理化性质 | 第100-102页 |
| 5.3.2 细菌和真菌丰度 | 第102-103页 |
| 5.3.3 细菌群落随柳枝稷生长的连续变化 | 第103-108页 |
| 5.3.4 真菌群落随柳枝稷生长的连续变化 | 第108-113页 |
| 5.3.5 微生物系统发育分子生态网络 | 第113-117页 |
| 5.3.6 网络拓扑结构中的关键微生物类群 | 第117-121页 |
| 5.3.7 无机氮肥对微生物功能基因组的影响 | 第121-124页 |
| 5.3.8 无机氮肥对氮循环基因的影响 | 第124-126页 |
| 5.4 小结 | 第126-128页 |
| 结论 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-158页 |
| 致谢 | 第158-160页 |
| 在读期间已发表和正在准备的学术论文 | 第160-161页 |
