| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第13-28页 |
| 1.1 食蟹猴生物学研究现状 | 第13-14页 |
| 1.2 大片段文库发展 | 第14-18页 |
| 1.2.1 噬菌体文库 | 第14-15页 |
| 1.2.2. cosmid文库 | 第15页 |
| 1.2.3 Fosmid文库 | 第15-16页 |
| 1.2.4 BAC文库 | 第16-17页 |
| 1.2.5 YAC文库 | 第17页 |
| 1.2.6 人工染色体HAC | 第17页 |
| 1.2.7 BIBAC和TAC | 第17-18页 |
| 1.3 大片段文库应用概述 | 第18-20页 |
| 1.3.1 测序 | 第18页 |
| 1.3.2 遗传和物理图谱构建 | 第18-19页 |
| 1.3.3 图位克隆 | 第19-20页 |
| 1.3.4 染色体定位 | 第20页 |
| 1.4 MHC研究概况 | 第20-25页 |
| 1.4.1 MHC结构及功能 | 第21页 |
| 1.4.2 MHC及其适应性进化 | 第21-23页 |
| 1.4.2.1 MHC的保守和分化 | 第21-22页 |
| 1.4.2.2 MHC多态性与维持机制 | 第22-23页 |
| 1.4.3 MHC目前研究进展 | 第23页 |
| 1.4.4 灵长类动物MHC研究概况 | 第23-25页 |
| 1.5 技术路线，研究内容以及意义，创新点 | 第25-28页 |
| 1.5.1 技术路线 | 第25-26页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第26-27页 |
| 1.5.3 创新点 | 第27-28页 |
| 第二章 食蟹猴基因组Fosmid文库构建 | 第28-39页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料 | 第29-32页 |
| 2.2.1 样品来源 | 第29页 |
| 2.2.2 Fosmid载体和E.coli菌株 | 第29页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第29-30页 |
| 2.2.4 主要试剂及耗材 | 第30-32页 |
| 2.2.4.1 试剂 | 第30-31页 |
| 2.2.4.2 耗材 | 第31-32页 |
| 2.3 方法与步骤 | 第32-36页 |
| 2.3.1 基因组DNA制备 | 第32-33页 |
| 2.3.2 DNA样品检测 | 第33页 |
| 2.3.3 DNA样品处理 | 第33-34页 |
| 2.3.3.1 DNA片段化 | 第33-34页 |
| 2.3.3.2 末端补平 | 第34页 |
| 2.3.4 连接 | 第34-35页 |
| 2.3.5 包装Fosmid克隆 | 第35页 |
| 2.3.6 转入感受态 | 第35-36页 |
| 2.3.7 克隆的pooling | 第36页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第36-38页 |
| 2.4.1 高质量DNA的获取 | 第36-37页 |
| 2.4.2 打断后回收片段胶图 | 第37页 |
| 2.4.4 酶切电泳结果 | 第37-38页 |
| 2.5 本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 食蟹猴MHC Fosmid克隆重叠群的筛选 | 第39-51页 |
| 3.1 引言 | 第39页 |
| 3.2 材料 | 第39-40页 |
| 3.2.1 材料 | 第39-40页 |
| 3.2.2 重组引物和筛选引物设计 | 第40页 |
| 3.2.3 主要实验仪器设备 | 第40页 |
| 3.2.4 主要实验试剂及耗材 | 第40页 |
| 3.3 方法与步骤 | 第40-45页 |
| 3.3.1 食蟹猴MHC特异性引物获得 | 第40-41页 |
| 3.3.2 对pooling进行低深度测序 | 第41页 |
| 3.3.3 重组片段的获取 | 第41-42页 |
| 3.3.4 目标克隆同源重组 | 第42-43页 |
| 3.3.5 食蟹猴MHC阳性Fosmid克隆的筛选 | 第43-44页 |
| 3.3.6 测序 | 第44-45页 |
| 3.4 结果 | 第45-49页 |
| 3.4.1 引物 | 第45页 |
| 3.4.2 重组片段胶图 | 第45-46页 |
| 3.4.3 阳性Fosmid克隆胶图 | 第46-47页 |
| 3.4.4 测序结果分析 | 第47-49页 |
| 3.5 本章小结 | 第49-51页 |
| 第四章 食蟹猴MHC-I区域contig分布密集基因组组装 | 第51-64页 |
| 4.1 引言 | 第51-52页 |
| 4.2 方法与步骤 | 第52-53页 |
| 4.2.1 材料 | 第52页 |
| 4.2.2 克隆定位 | 第52-53页 |
| 4.2.3 组装方法步骤 | 第53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-62页 |
| 4.3.1 大片段测序克隆 | 第54-55页 |
| 4.3.2 过滤结果 | 第55页 |
| 4.3.3 组装 | 第55-57页 |
| 4.3.4 重叠群分析 | 第57-62页 |
| 4.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 结论与展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 附录 | 第72-92页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 附件 | 第94页 |
