| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-29页 |
| 1.1 胸膜肺炎放线杆菌 | 第13-17页 |
| 1.1.1 概述 | 第13-14页 |
| 1.1.2 胸膜肺炎放线杆菌的毒力因子 | 第14-17页 |
| 1.2 胸膜肺炎放线杆菌的基因组学研究概述 | 第17-21页 |
| 1.2.1 已发表的胸膜肺炎放线杆菌基因组 | 第17-18页 |
| 1.2.2 胸膜肺炎放线杆菌SXT/R391的发现 | 第18-21页 |
| 1.3 基于RNA-seq方法研究细菌的毒力相关基因及其表达调控 | 第21-23页 |
| 1.3.1 转录组学 | 第21页 |
| 1.3.2 RNA-seq技术 | 第21-23页 |
| 1.3.3 体内RNA-seq | 第23页 |
| 1.4 革兰阴性菌的分泌系统 | 第23-28页 |
| 1.4.1 I型～VI型分泌系统概述 | 第24-25页 |
| 1.4.2 一般分泌途径 | 第25-26页 |
| 1.4.3 双精氨酸分泌途径 | 第26-27页 |
| 1.4.4 总转位复合体SecYEG–SecDF–YajC–YidC | 第27-28页 |
| 1.4.5 分泌蛋白与信号肽 | 第28页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第28-29页 |
| 第二章 胸膜肺炎放线杆菌App6株的基因组完成图及ICEAp/Chn1的鉴定与分析 | 第29-49页 |
| 2.1 前言 | 第29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-37页 |
| 2.2.1 材料 | 第29-30页 |
| 2.2.2 方法 | 第30-37页 |
| 2.3 实验结果 | 第37-47页 |
| 2.3.1 生长特性和血清型鉴定 | 第37-38页 |
| 2.3.2 耐药性测定 | 第38-39页 |
| 2.3.3 基因组DNA的质量分析 | 第39页 |
| 2.3.4 基因组完成图测序结果 | 第39-42页 |
| 2.3.5 SXT/R391元件的提取和结构分析 | 第42-44页 |
| 2.3.6 SXT/R391元件的系统进化分析 | 第44-46页 |
| 2.3.7 SXT/R391元件的环状中间体鉴定 | 第46页 |
| 2.3.8 SXT/R391元件的接合转移试验 | 第46-47页 |
| 2.4 讨论 | 第47-49页 |
| 第三章 胸膜肺炎放线杆菌App6株的体内转录组学研究 | 第49-68页 |
| 3.1 前言 | 第49页 |
| 3.2 材料与方法 | 第49-56页 |
| 3.2.1 材料 | 第49-50页 |
| 3.2.2 方法 | 第50-56页 |
| 3.3 实验结果 | 第56-67页 |
| 3.3.1 猪传染性胸膜肺炎小鼠模型的建立 | 第56-58页 |
| 3.3.2 RNA的质量控制 | 第58-59页 |
| 3.3.3 测序评估、差异基因筛选及功能分析 | 第59-63页 |
| 3.3.4 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第63-64页 |
| 3.3.5 差异表达基因的分泌蛋白预测 | 第64-67页 |
| 3.4 讨论 | 第67-68页 |
| 第四章 yajC基因缺失株的构建及生物学特性研究 | 第68-87页 |
| 4.1 前言 | 第68页 |
| 4.2 材料与方法 | 第68-78页 |
| 4.2.1 材料 | 第68-70页 |
| 4.2.2 方法 | 第70-78页 |
| 4.3 结果 | 第78-85页 |
| 4.3.1 缺失株的构建结果 | 第78-80页 |
| 4.3.2 缺失株的遗传稳定性、生长特性 | 第80-81页 |
| 4.3.3 缺失株侧翼基因表达水平鉴定 | 第81-82页 |
| 4.3.4 缺失株的生物被膜形成能力测定 | 第82-83页 |
| 4.3.5 缺失株的小鼠生存曲线 | 第83页 |
| 4.3.6 肺脏清除能力测定 | 第83-84页 |
| 4.3.7 小鼠细胞因子转录水平测定 | 第84-85页 |
| 4.3.8 细胞黏附和入侵的测定 | 第85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-87页 |
| 第五章 全文结论 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-100页 |
| 附录 | 第100-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 作者简介 | 第114页 |
