| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 前言 | 第14-16页 |
| 第一章 基因组拷贝变异研究进展 | 第16-27页 |
| 1.1 CNV 的定义 | 第16页 |
| 1.2 CNV 常见的变异形式 | 第16-17页 |
| 1.3 CNV 的产生机理 | 第17-19页 |
| 1.3.1 非同源重组可以造成基因组的重复，缺失和易位 | 第17页 |
| 1.3.2 非同源末端连接可以产生简单 CNV | 第17-18页 |
| 1.3.3 复制叉停滞与模板交换可以产生复杂 CNV | 第18页 |
| 1.3.4 L1 介导的反转录转座子对 CNV 的形成有重要贡献 | 第18-19页 |
| 1.4 CNV 的作用机制 | 第19-21页 |
| 1.4.1 CNV 对功能基因及表型的影响 | 第19-20页 |
| 1.4.2 CNV 在进化中的作用 | 第20-21页 |
| 1.5 CNV 的检测方法 | 第21-22页 |
| 1.5.1 基因组未知 CNV 的检测方法 | 第21页 |
| 1.5.2 基因组已知 CNV 的检测方法 | 第21-22页 |
| 1.6 CNV 在大家畜中的研究进展 | 第22-25页 |
| 1.6.1 牛基因组拷贝数研究进展 | 第22-23页 |
| 1.6.2 绵羊和山羊基因组拷贝数研究进展 | 第23-24页 |
| 1.6.3 猪基因组拷贝数研究进展 | 第24-25页 |
| 1.6.4 马基因组拷贝数研究进展 | 第25页 |
| 1.7 CNV 对家畜性状的影响 | 第25-26页 |
| 1.8 展望 | 第26-27页 |
| 第二章 候选基因的研究进展 | 第27-31页 |
| 2.1 PLA2G2D 基因研究进展 | 第27-28页 |
| 2.2 MYH3 基因的研究进展 | 第28-29页 |
| 2.3 ADIPOQ 基因研究进展 | 第29页 |
| 2.4 NPM1 基因研究进展 | 第29-31页 |
| 第三章 黄牛，牦牛和水牛全基因组 CNV 的检测 | 第31-44页 |
| 3.1 材料与方法 | 第31-33页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第31-32页 |
| 3.1.2 基因组 DNA 提取 | 第32页 |
| 3.1.3 实验材料 | 第32页 |
| 3.1.4 实验芯片 | 第32页 |
| 3.1.5 DNA 标记 | 第32页 |
| 3.1.6 杂交与清洗 | 第32页 |
| 3.1.7 芯片扫描 | 第32页 |
| 3.1.8 芯片图像的采集与数据分析 | 第32页 |
| 3.1.9 数据分析 | 第32-33页 |
| 3.1.10 使用数据库 | 第33页 |
| 3.2 结果与分析 | 第33-42页 |
| 3.2.1 样品 DNA 提取检测 | 第33-35页 |
| 3.2.2 黄牛，水牛和牦牛基因组 CNVR 检测结果 | 第35-36页 |
| 3.2.3 黄牛，水牛和牦牛重叠 CNVR 分析 | 第36-37页 |
| 3.2.4 CNVR 在染色体上的分布 | 第37-39页 |
| 3.2.5 黄牛，水牛和牦牛线粒体 CNVR 分析 | 第39-40页 |
| 3.2.6 黄牛，水牛和牦牛基因组 CNVR 聚类分析 | 第40-41页 |
| 3.2.7 CNVR 中包含的功能基因及数量性状位点分析 | 第41-42页 |
| 3.3 讨论 | 第42-43页 |
| 3.4 小结 | 第43-44页 |
| 第四章 候选 CNVR 的功能验证 | 第44-58页 |
| 4.1 材料与方法 | 第44-46页 |
| 4.1.1 实验动物和实验样品 | 第44页 |
| 4.1.2 DNA 和 RNA 提取和检测 | 第44页 |
| 4.1.3 试验试剂 | 第44-45页 |
| 4.1.4 引物设计 | 第45-46页 |
| 4.1.5 荧光定量 PCR | 第46页 |
| 4.1.6 试验数据统计与分析 | 第46页 |
| 4.2 结果与分析 | 第46-56页 |
| 4.2.1 定量引物检测结果 | 第46-47页 |
| 4.2.2 候选 CNVR 位点定量 PCR 检测结果 | 第47-53页 |
| 4.2.3 PLA2G2D 基因和 MYH3 基因表达谱分析 | 第53-54页 |
| 4.2.4 CNVR14 对 PLA2G2D 基因表达的影响 | 第54-55页 |
| 4.2.5 CNVR237 对 MYH3 基因表达的影响 | 第55页 |
| 4.2.6 CNVR14 与 CNVR237 与中国地方黄牛体尺性状的关联分析 | 第55-56页 |
| 4.3 讨论 | 第56-57页 |
| 4.4 小结 | 第57-58页 |
| 第五章 黄牛父系和母系起源群体特异 CNVR 的研究 | 第58-73页 |
| 5.1 材料与方法 | 第58-59页 |
| 5.1.1 实验动物 | 第58页 |
| 5.1.2 引物设计 | 第58页 |
| 5.1.3 芯片实验 | 第58-59页 |
| 5.1.4 实验数据分析 | 第59页 |
| 5.2 结果与分析 | 第59-71页 |
| 5.2.1 个体父系，母系起源分析 | 第59-61页 |
| 5.2.2 不同起源群体的 CNVR 分析 | 第61-62页 |
| 5.2.3 CNVR 的聚类分析 | 第62-65页 |
| 5.2.4 不同群体特异 CNVR 的分析 | 第65-68页 |
| 5.2.5 CNV117 与 Y 染色体单倍型的分析 | 第68-69页 |
| 5.2.6 不同 CNVR 之间的连锁分析 | 第69-71页 |
| 5.3 讨论 | 第71-72页 |
| 5.4 小结 | 第72-73页 |
| 第六章 黄牛 ADIPOQ 基因启动子区可变拷贝的功能研究 | 第73-85页 |
| 6.1 材料与方法 | 第73-76页 |
| 6.1.1 实验动物 | 第73页 |
| 6.1.2 组织样品采取 | 第73页 |
| 6.1.3 DNA，RNA 提取和 cDNA 合成 | 第73页 |
| 6.1.4 试验材料与试剂 | 第73-74页 |
| 6.1.5 细胞培养 | 第74页 |
| 6.1.6 引物设计 | 第74-75页 |
| 6.1.7 ADIPOQ 基因启动子区可变拷贝检测 | 第75页 |
| 6.1.8 ADIPOQ 基因启动子及不同截短片段的克隆 | 第75页 |
| 6.1.9 ADIPOQ 基因启动子区报告基因载体构建 | 第75页 |
| 6.1.10 不同拷贝数报告基因载体构建 | 第75页 |
| 6.1.11 细胞培养及转染 | 第75页 |
| 6.1.12 报告基因活性测定 | 第75页 |
| 6.1.13 不同拷贝数个体 ADPOQ 基因 mRNA 表达分析 | 第75页 |
| 6.1.14 不同基因型与中国地方黄牛体尺性状的关联分析 | 第75-76页 |
| 6.1.15 试验数据统计与分析 | 第76页 |
| 6.2 结果与分析 | 第76-83页 |
| 6.2.1 组织样 DNA 和总 RNA 提取 | 第76页 |
| 6.2.2 不同拷贝数判断及序列分析 | 第76-77页 |
| 6.2.3 ADIPOQ 基因启动子克隆和不同缺失片段的扩增 | 第77-78页 |
| 6.2.4 ADIPOQ 基因启动子 PGL3-Basic 载体构建 | 第78-79页 |
| 6.2.5 ADIPOQ 基因启动子活性鉴定及启动子核心区确定 | 第79-80页 |
| 6.2.6 不同单倍型 PGL3-Basic 载体构建 | 第80-81页 |
| 6.2.7 不同单倍型 pGL3-Apd-1D/2D 活性检测 | 第81页 |
| 6.2.8 不同基因型个体 ADPOQ 基因 mRNA 表达分析 | 第81-82页 |
| 6.2.9 不同基因型与中国地方黄牛体尺性状的关联分析 | 第82-83页 |
| 6.3 讨论 | 第83-84页 |
| 6.4 小结 | 第84-85页 |
| 第七章 黄牛 NPM1 基因编码区重复元件的功能研究 | 第85-97页 |
| 7.1 材料与方法 | 第85-87页 |
| 7.1.1 实验样品 | 第85页 |
| 7.1.2 试验材料与试剂 | 第85页 |
| 7.1.3 细胞培养 | 第85页 |
| 7.1.4 引物设计 | 第85-86页 |
| 7.1.5 牛 NPM1 基因的克隆 | 第86页 |
| 7.1.6 NPM1-10R/14R 的 pEGFP-C1 载体构建 | 第86页 |
| 7.1.7 细胞转染 | 第86页 |
| 7.1.8 细胞 RNA 提取和 cDNA 合成 | 第86-87页 |
| 7.1.9 荧光定量 PCR 检测 | 第87页 |
| 7.1.10 Western blot 检测 | 第87页 |
| 7.1.11 免疫荧光检测 | 第87页 |
| 7.1.12 试验数据统计与分析 | 第87页 |
| 7.2 结果与分析 | 第87-95页 |
| 7.2.1 NPM1 基因克隆 | 第87页 |
| 7.2.2 NPM1-10R 的扩增和 NPM1-14R 的重组 | 第87-88页 |
| 7.2.3 pEGFP-C1-NPM1-10R/14R 载体构建 | 第88-89页 |
| 7.2.4 pEGFP-C1-NPM1-10R/14R 在细胞中的表达 | 第89-92页 |
| 7.2.5 候选基因的定量 PCR 检测 | 第92-94页 |
| 7.2.6 C2C12 细胞中 MyoG 的 Western blot 检测 | 第94-95页 |
| 7.2.7 293A 细胞中 Ki67 基因的免疫荧光检测 | 第95页 |
| 7.3 讨论 | 第95-96页 |
| 7.4 小结 | 第96-97页 |
| 结论与创新点 | 第97-98页 |
| 结论 | 第97页 |
| 创新点 | 第97页 |
| 下一步研究计划 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-109页 |
| 附录 | 第109-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 作者简介 | 第139页 |
