| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 miRNA 调控蛋白质相互作用“双色网络”及疫病系统生物学分子机制研究 | 第14-28页 |
| 1.1 蛋白质相互作用研究现状 | 第14-19页 |
| 1.1.1 蛋白质相互作用预测的相关研究 | 第14-17页 |
| 1.1.2 蛋白质相互作用对功能及关键蛋白的预测 | 第17-19页 |
| 1.1.3 蛋白质相互作用研究所面临的挑战 | 第19页 |
| 1.2 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络 | 第19-23页 |
| 1.2.1 miRNA 的靶标预测 | 第19-22页 |
| 1.2.2 双色网路 | 第22-23页 |
| 1.3 HP‐PRRSV 与甲型 H1N1 猪流感病毒感染仔猪的系统生物学研究 | 第23-26页 |
| 1.4 论文的研究内容 | 第26-27页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 猪蛋白质相互作用网络的预测及特征 | 第28-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第28-29页 |
| 2.1.2 设备和软件 | 第29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-30页 |
| 2.2.1 基于同源比对方法预测猪的蛋白质相互作用网络 | 第29页 |
| 2.2.2 基于 D-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络 | 第29页 |
| 2.2.3 基于 M-MIST 方法预测猪的蛋白质相互作用网络 | 第29-30页 |
| 2.3 验证方法 | 第30-31页 |
| 2.3.1 Pfam 数据库方法 | 第30页 |
| 2.3.2 GO 注释方法 | 第30-31页 |
| 2.4 准确性和精确性 | 第31页 |
| 2.5 结果与分析 | 第31-39页 |
| 2.5.1 同源比对方法预测的结果 | 第33-36页 |
| 2.5.2 D-MIST 方法预测的结果 | 第36-37页 |
| 2.5.3 M-MIST 方法预测的结果 | 第37页 |
| 2.5.4 合并的结果 | 第37-38页 |
| 2.5.5 分析 | 第38-39页 |
| 2.6 猪蛋白质相互作用网络的应用 | 第39-48页 |
| 2.6.1 差异蛋白质在猪蛋白质相互作用网路中的应用 | 第39-44页 |
| 2.6.2 差异磷酸化蛋白质在猪蛋白质相互作用网络中的应用 | 第44-48页 |
| 2.7 讨论 | 第48-51页 |
| 2.8 本章小结 | 第51-52页 |
| 第三章 猪的 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的研究 | 第52-77页 |
| 3.1 实验材料 | 第52-53页 |
| 3.2 实验方法 | 第53-55页 |
| 3.3 结果与分析 | 第55-65页 |
| 3.3.1 miRNA 调控蛋白互作双色网络通路分析 | 第55-59页 |
| 3.3.2 miRNA 靶标的疾病蛋白 GO 功能富集分析 | 第59-62页 |
| 3.3.3 miRNA 调控疾病蛋白质相互作用网络 | 第62-64页 |
| 3.3.4 miRNA 调控疾病蛋白相互作用网络的聚类 | 第64-65页 |
| 3.4 miRNA 调控蛋白质相互作用双色网络的应用 | 第65-67页 |
| 3.5 讨论 | 第67-76页 |
| 3.6 本章小结 | 第76-77页 |
| 第四章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程蛋白质与磷酸化蛋白质演化网络的系统生物学分析64 | 第77-87页 |
| 4.1 实验材料 | 第77页 |
| 4.2 实验方法 | 第77-78页 |
| 4.2.1 差异蛋白 | 第77页 |
| 4.2.2 差异磷酸化蛋白 | 第77-78页 |
| 4.3 结果 | 第78-84页 |
| 4.3.1 差异蛋白 | 第78-82页 |
| 4.3.2 差异磷酸化蛋白 | 第82-84页 |
| 4.4 讨论 | 第84-86页 |
| 4.5 本章小结 | 第86-87页 |
| 第五章 HP‐PRRSV 感染猪发病过程 miRNA 调控蛋白质分子演化网络的系统生物学分析74 | 第87-95页 |
| 5.1 实验材料 | 第87页 |
| 5.2 实验方法 | 第87页 |
| 5.3 结果 | 第87-93页 |
| 5.4 讨论 | 第93-94页 |
| 5.5 本章小结 | 第94-95页 |
| 第六章 HP‐PRRSV 感染猪 PAM 病变过程 miRNA 调控磷酸化蛋白网络的系统生物学分析82 | 第95-100页 |
| 6.1 实验材料 | 第95页 |
| 6.2 实验方法 | 第95页 |
| 6.3 实验结果 | 第95-98页 |
| 6.4 讨论 | 第98-99页 |
| 6.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 第七章 猪流感病毒（SIV）感染 PAM 差异 miRNA 调控网络的系统生物学分析 | 第100-104页 |
| 7.1 实验材料 | 第100页 |
| 7.2 实验方法 | 第100-101页 |
| 7.2.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建 | 第100页 |
| 7.2.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较 | 第100-101页 |
| 7.3 实验结果 | 第101-102页 |
| 7.3.1 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的构建 | 第101页 |
| 7.3.2 差异 miRNA 介导的蛋白质相互作用网络的比较 | 第101-102页 |
| 7.4 讨论 | 第102-103页 |
| 7.5 本章小结 | 第103-104页 |
| 第八章 总结与展望 | 第104-107页 |
| 8.1 创新点 | 第104-105页 |
| 8.2 展望 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-118页 |
| 附录 | 第118-123页 |
| 附录 1 蛋白质度的统计学分析 | 第118-123页 |
| 主要缩略词和中英文对照表 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 作者简历 | 第125页 |
