| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第14-43页 |
| 1.1 核糖核酸(RNA)分子 | 第14-18页 |
| 1.1.1 RNA分子的分类 | 第14-15页 |
| 1.1.2 RNA分子的结构 | 第15-16页 |
| 1.1.3 RNA分子的电性 | 第16-18页 |
| 1.1.4 细胞环境中的RNA分子 | 第18页 |
| 1.2 RNA折叠研究(FOLDING) | 第18-22页 |
| 1.2.1 RNA折叠的几种类型 | 第19页 |
| 1.2.2 影响RNA折叠的主要外界因素 | 第19-22页 |
| 1.3 离子环境下RNA分子折叠稳定性研究的主要实验方法 | 第22-32页 |
| 1.3.1 实验方法可探测RNA变化的时间范围 | 第23-24页 |
| 1.3.2 离子环境下RNA折叠稳定性研究的主要实验方法 | 第24-25页 |
| 1.3.3 荧光共振能量转移(FRET) | 第25-26页 |
| 1.3.4 小角度X散射(SAXS) | 第26-27页 |
| 1.3.5 紫外吸收光谱(UV) | 第27-28页 |
| 1.3.6 离子环境下RNA分子折叠稳定性研究的实验发现 | 第28-32页 |
| 1.4 离子环境下RNA折叠稳定性的理论研究 | 第32-35页 |
| 1.4.1 离子促进RNA折叠稳定性的机理分析 | 第32页 |
| 1.4.2 离子与RNA相互作用的理论模型 | 第32-35页 |
| 1.5 紧束缚离子模型(TBI) | 第35-41页 |
| 1.5.1 TBI模型 | 第35-36页 |
| 1.5.2 系统静电自由能的计算 | 第36-37页 |
| 1.5.3 配分函数的计算 | 第37-38页 |
| 1.5.4 离子绑定属性的计算 | 第38-39页 |
| 1.5.5 TBI模型的应用 | 第39-40页 |
| 1.5.6 TBI模型与PB理论的比较 | 第40-41页 |
| 1.6 本课题研究的意义 | 第41-43页 |
| 2 离子环境下的TETRALOOP-RECEPTOR对接研究 | 第43-62页 |
| 2.1 TETRALOOP-RECEPTOR的研究现状 | 第43-46页 |
| 2.1.1 离子作用下TETRALOOP-RECEPTOR对接的实验研究 | 第43-45页 |
| 2.1.2 TETRALOOP-RECEPTOR对接理论研究的基础 | 第45-46页 |
| 2.2 研究方法与理论 | 第46-50页 |
| 2.2.1 GAAA TETRALOOP-RECEPTOR的构象建立 | 第46-49页 |
| 2.2.2 GAAA TETRALOOP-RECEPTOR的静电自由能计算 | 第49-50页 |
| 2.3 计算结果 | 第50-57页 |
| 2.3.1 自由能的组成成分 | 第51-53页 |
| 2.3.2 熵的效应 | 第53-54页 |
| 2.3.3 束缚离子增量 | 第54-55页 |
| 2.3.4 束缚离子的分布 | 第55-57页 |
| 2.4 讨论 | 第57-61页 |
| 2.4.1 对接自由能 | 第57-58页 |
| 2.4.2 离子熵的影响 | 第58-59页 |
| 2.4.3 构象熵的影响 | 第59-60页 |
| 2.4.4 库伦相互作用的影响 | 第60-61页 |
| 2.5 本章结论 | 第61-62页 |
| 3 多体效应对RNA束缚离子的影响 | 第62-85页 |
| 3.1 背景介绍 | 第62-65页 |
| 3.2 研究方法 | 第65-73页 |
| 3.2.1 结构模型 | 第65-68页 |
| 3.2.2 构象系统 | 第68-70页 |
| 3.2.3 多体效应 | 第70-72页 |
| 3.2.4 多体效应区域的确定 | 第72-73页 |
| 3.2.5 依赖离子的RNA三级折叠稳定性 | 第73页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第73-83页 |
| 3.3.1 多体效应对RNA折叠稳定性的影响 | 第74-77页 |
| 3.3.2 多体效应对束缚离子分布的影响 | 第77-80页 |
| 3.3.3 RNA的结构与多体效应 | 第80-82页 |
| 3.3.4 单价阳离子对多体效应的影响 | 第82-83页 |
| 3.4 本章结论 | 第83-85页 |
| 4 结论与展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-104页 |
| 博士期间发表（录用）的论文 | 第104-105页 |
| 博士期间参与的项目 | 第105页 |
