| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 疾病与致病基因 | 第12-13页 |
| 1.1.1 疾病的分类与疾病的网络 | 第12页 |
| 1.1.2 探索致病基因的方法 | 第12-13页 |
| 1.2 基因芯片技术 | 第13-14页 |
| 1.3 基因排序方法 | 第14-18页 |
| 1.3.1 基于生物网络的基因排序算法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 基于生物网络和基因芯片数据整合的基因排序方法 | 第17-18页 |
| 1.4 论文研究内容 | 第18-19页 |
| 1.5 本章总结 | 第19-20页 |
| 第二章 利用疾病特异性与非特异性表达谱的基因排序比较 | 第20-24页 |
| 2.1 材料与方法 | 第20-22页 |
| 2.1.1 致病基因 | 第20-21页 |
| 2.1.2 芯片数据下载和处理 | 第21页 |
| 2.1.3 基因排序方法的选择 | 第21页 |
| 2.1.4 交叉验证 | 第21-22页 |
| 2.1.5 ROC曲线 | 第22页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第22-23页 |
| 2.3 本章总结 | 第23-24页 |
| 第三章 不同蛋白质互作网络在疾病基因排序中效果评估 | 第24-28页 |
| 3.1 材料与方法 | 第24-26页 |
| 3.1.1 致病基因列表 | 第24页 |
| 3.1.2 蛋白质互作网络 | 第24-25页 |
| 3.1.3 Heat Kernel Ranking | 第25页 |
| 3.1.4 效果评估方法 | 第25-26页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第26页 |
| 3.3 本章总结 | 第26-28页 |
| 第四章 基于基因共表达信息的排序算法研究 | 第28-33页 |
| 4.1 材料与方法 | 第28-30页 |
| 4.1.1 训练集与验证 | 第28页 |
| 4.1.2 癌症表达芯片数据集 | 第28-29页 |
| 4.1.3 基于共表达网络的基因排序方法 | 第29页 |
| 4.1.4 整合基因共表达和蛋白质互作网络的排序方法 | 第29-30页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第30-32页 |
| 4.2.1 基于共表达网络的基因排序 | 第30页 |
| 4.2.2 整合共表达信息和蛋白质互作网络的基因排序 | 第30-32页 |
| 4.3 本章小结 | 第32-33页 |
| 第五章 基于生物网络与共表达簇的基因排序（GROUPRANK） | 第33-47页 |
| 5.1 研究方法和材料 | 第33-35页 |
| 5.1.1 致病基因和芯片表达数据 | 第33页 |
| 5.1.2 蛋白质互作网络 | 第33页 |
| 5.1.3 差异化表达基因聚类 | 第33页 |
| 5.1.4 GroupRank概览 | 第33-34页 |
| 5.1.5 效果评估 | 第34-35页 |
| 5.2 结果和讨论 | 第35-45页 |
| 5.2.1 GroupRank排序效果评估 | 第35-37页 |
| 5.2.2 与单基因排序方法的比较 | 第37-39页 |
| 5.2.3 共表达基因簇的效果评估 | 第39-41页 |
| 5.2.4 关键共表达基因簇的分析 | 第41-45页 |
| 5.3 本章总结 | 第45-47页 |
| 第六章 结论与展望 | 第47-50页 |
| 6.1 主要结论 | 第47-48页 |
| 6.2 未来展望 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 附录 | 第53-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第66页 |
