| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-34页 |
| ·本文所采用的分子模拟方法简介 | 第12-20页 |
| ·蛋白质高级结构预测——同源建模法 | 第12-15页 |
| ·底物与酶结合机制的研究工具——分子对接 | 第15-17页 |
| ·底物与酶结合稳定性的研究工具——分子动力学模拟 | 第17-19页 |
| ·底物与酶结合自由能的计算——MM/PBSA | 第19-20页 |
| ·脂肪酶结构与功能的研究概况 | 第20-26页 |
| ·微生物来源脂肪酶的特点和用途 | 第20-21页 |
| ·脂肪酶的结构特征和催化机理 | 第21-25页 |
| ·脂肪酶催化手性仲醇的对映体选择性 | 第25-26页 |
| ·脂肪酶理性设计 | 第26-29页 |
| ·理性设计 | 第27页 |
| ·脂肪酶理性设计——对映体选择性 | 第27-29页 |
| ·分子模拟技术在脂肪酶结构与功能关系中的应用 | 第29-32页 |
| ·利用同源建模预测脂肪酶的三维结构 | 第29页 |
| ·利用分子对接/分子动力学研究底物与脂肪酶的结合机制 | 第29-30页 |
| ·利用分子对接/分子动力学研究脂肪酶对映体选择性 | 第30页 |
| ·利用分子动力学研究脂肪酶的构象变化过程 | 第30-32页 |
| ·研究的目标、内容及意义 | 第32-34页 |
| ·研究目标 | 第32页 |
| ·研究内容 | 第32页 |
| ·创新点 | 第32-33页 |
| ·研究意义 | 第33-34页 |
| 第2章 LipK107三维结构的构建及分析 | 第34-48页 |
| ·引言 | 第34页 |
| ·材料与方法 | 第34-37页 |
| ·硬件配置 | 第34-35页 |
| ·软件配置(概述) | 第35页 |
| ·实验流程简介 | 第35-36页 |
| ·分子动力学模拟 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-46页 |
| ·模板识别结果 | 第37页 |
| ·序列比对结果 | 第37-38页 |
| ·模型评估结果 | 第38-39页 |
| ·LipK107结构特点 | 第39-42页 |
| ·LipK107构象变化的分子机理 | 第42-43页 |
| ·盖子结构存在性的验证——LipK107的"界面活化"现象 | 第43-44页 |
| ·LipK107构象变化——分子动力学研究 | 第44-46页 |
| ·小结 | 第46-48页 |
| 第3章 脂肪酶与底物结合机理研究——脂肪酶底物虚拟筛选系统的构建及其在LipK107底物筛选中的应用 | 第48-68页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·材料与方法 | 第49-58页 |
| ·硬件配置 | 第49页 |
| ·软件配置 | 第49页 |
| ·底物虚拟筛选系统(CASS)的基本流程 | 第49-56页 |
| ·使用CASS对LipK107进行底物的虚拟筛选 | 第56-58页 |
| ·结果与讨论 | 第58-67页 |
| ·构象筛选标准的验证结果 | 第58-60页 |
| ·虚拟筛选结果及CASS系统准确性评估 | 第60-66页 |
| ·LipK107底物筛选结果 | 第66-67页 |
| ·小结 | 第67-68页 |
| 第4章 脂肪酶与底物结合机理研究——"M/H转换"有效结合模式的发现 | 第68-80页 |
| ·引言 | 第68-70页 |
| ·材料与方法 | 第70-74页 |
| ·背景介绍 | 第70-71页 |
| ·硬件配置 | 第71页 |
| ·软件配置 | 第71页 |
| ·实验流程概述 | 第71-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-79页 |
| ·分子力学优化后所确定的PBM | 第74-77页 |
| ·分子动力学模拟所确定的PBM | 第77-79页 |
| ·小结 | 第79-80页 |
| 第5章 LipK107与底物结合机理研究——酶对映体选择性预测 | 第80-88页 |
| ·引言 | 第80页 |
| ·材料与方法 | 第80-85页 |
| ·本章研究思路简介 | 第80页 |
| ·硬件配置 | 第80-81页 |
| ·软件配置 | 第81页 |
| ·基于分子动力学的LipK107转酯反应对映体选择性预测 | 第81-84页 |
| ·LipK107转酯反应对映体选择性预测的实验验证 | 第84-85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-86页 |
| ·酶与底物的有效结合模式 | 第85页 |
| ·LipK107转酯反应对映体选择性预测结果 | 第85-86页 |
| ·LipK107转酯反应对映体选择性实验结果 | 第86页 |
| ·小结 | 第86-88页 |
| 第6章 基于分子模拟的LipK107盖子结构的构效关系研究及理性设计 | 第88-99页 |
| ·引言 | 第88页 |
| ·材料与方法 | 第88-91页 |
| ·硬件配置 | 第88页 |
| ·软件配置 | 第88页 |
| ·本文中酶分子设计流程及关键步骤介绍 | 第88-91页 |
| ·定点突变实验和生物催化实验简介 | 第91页 |
| ·结果与讨论 | 第91-98页 |
| ·基于LipK107盖子的疏水性分布选择突变位点 | 第91-92页 |
| ·基于LipK107盖子的电荷分布选择突变位点 | 第92-93页 |
| ·酶与底物的结合模式 | 第93-95页 |
| ·酶与底物结合的分子动力学结果 | 第95-96页 |
| ·酶与底物的结合自由能 | 第96-97页 |
| ·预测结果的验证——LipK107突变蛋白的构建和生物催化实验结果 | 第97-98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 第7章 基于LipK107活性中心的理性设计及构效关系研究 | 第99-108页 |
| ·引言 | 第99-100页 |
| ·材料与方法 | 第100-101页 |
| ·硬件配置 | 第100页 |
| ·软件配置 | 第100页 |
| ·LipK107新催化三联体的设计思路 | 第100页 |
| ·突变蛋白失活的分子动力学分析 | 第100-101页 |
| ·结果与讨论 | 第101-107页 |
| ·突变位点选择 | 第101-102页 |
| ·突变蛋白失活的分子动力学分析 | 第102-107页 |
| ·小结 | 第107-108页 |
| 第8章 结论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-118页 |
| 论文发表情况 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
