| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-38页 |
| 第一节 蝙蝠的起源与系统发育 | 第13-18页 |
| 1.1.1 蝙蝠的起源 | 第13-14页 |
| 1.1.2 蝙蝠的分类与系统发育 | 第14-18页 |
| 第二节 蝙蝠的回声定位能力 | 第18-20页 |
| 第三节 蝙蝠的冬眠能力 | 第20-25页 |
| 1.3.1 哺乳动物的冬眠 | 第20-23页 |
| 1.3.2 蝙蝠的冬眠及研究进展 | 第23-25页 |
| 第四节 转录组深度测序与蝙蝠转录组研究 | 第25-35页 |
| 1.4.1 新一代测序技术在非模式生物转录组研究中的应用 | 第25-32页 |
| 1.4.1.1 新一代高通量测序技术 | 第26-30页 |
| 1.4.1.2 转录组深度测序在非模式生物研究中的应用 | 第30-32页 |
| 1.4.2 蝙蝠转录组研究 | 第32-35页 |
| 第五节 本论文的主要目的及研究方法 | 第35-38页 |
| 第二章 种系基因组分析研究蝙蝠内部系统发育关系 | 第38-55页 |
| 第一节 研究背景 | 第38-40页 |
| 第二节 材料与方法 | 第40-44页 |
| 2.2.1 组织样本准备、RNA提取与深度测序 | 第40-41页 |
| 2.2.2 数据预处理与转录组从头拼接 | 第41页 |
| 2.2.3 转录组功能注释 | 第41-42页 |
| 2.2.4 同源基因鉴定与多序列比对 | 第42页 |
| 2.2.5 种系基因组分析 | 第42-44页 |
| 第三节 结果 | 第44-53页 |
| 2.3.1 转录组拼接与功能注释 | 第44-45页 |
| 2.3.2 种系基因组分析 | 第45-53页 |
| 第四节 讨论 | 第53-55页 |
| 第三章 转录组分析研究蝙蝠回声定位能力的分子机制 | 第55-74页 |
| 第一节 研究背景 | 第55-57页 |
| 第二节 材料与方法 | 第57-61页 |
| 3.2.1 组织样本准备、RNA提取与深度测序 | 第57页 |
| 3.2.2 数据预处理与转录组从头拼接 | 第57-58页 |
| 3.2.3 转录组功能注释与同源基因鉴定 | 第58页 |
| 3.2.4 基因差异表达分析与GO功能富集分析 | 第58-59页 |
| 3.2.5 基因序列替换速率的估计 | 第59-60页 |
| 3.2.6 实时定量RT-PCR检测 | 第60-61页 |
| 第三节 结果 | 第61-71页 |
| 3.3.1 转录组从头拼接与功能注释 | 第61-65页 |
| 3.3.2 大足鼠耳蝠与犬蝠内耳转录组比较分析 | 第65-68页 |
| 3.3.3 TMC1基因的实时定量PCR分析 | 第68-71页 |
| 第四节 讨论 | 第71-74页 |
| 第四章 转录组分析研究蝙蝠冬眠能力的分子机制 | 第74-91页 |
| 第一节 研究背景 | 第74-76页 |
| 第二节 材料与方法 | 第76-78页 |
| 4.2.1 脑组织样本准备与深度测序 | 第76-77页 |
| 4.2.2 数据预处理与转录组序列从头拼接 | 第77页 |
| 4.2.3 功能注释与转录组分析 | 第77-78页 |
| 第三节 结果 | 第78-87页 |
| 4.3.1 转录组从头拼接与功能注释 | 第78-80页 |
| 4.3.2 差异表达分析 | 第80-81页 |
| 4.3.3 功能富集分析 | 第81-87页 |
| 第四节 讨论 | 第87-91页 |
| 第五章 结论与展望 | 第91-95页 |
| 第一节 结论 | 第91-93页 |
| 第二节 展望 | 第93-95页 |
| 附录一 | 第95-105页 |
| 附录二 在学期间所发表的学术论文 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-134页 |
| 致谢 | 第134页 |