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真菌Tramete versicolor F21a 降解蓝藻过程中蛋白质组与转录组差异比较

摘要第3-4页
Abstract第4页
1 文献综述第9-19页
    1.1 蓝藻水华及形成原因第9-10页
    1.2 蓝藻水华的危害及治理第10-12页
    1.3 分子机理研究方法第12-15页
        1.3.1 基于差异基因的方法第12-13页
        1.3.2 芯片技术第13页
        1.3.3 转录组技术第13页
        1.3.4 蛋白组学研究第13-15页
    1.4 荧光定量PCR技术第15-17页
    1.5 本研究的目的及意义第17-19页
2 材料与方法第19-27页
    2.1 材料及仪器第19-21页
        2.1.1 试验材料第19页
        2.1.2 主要仪器和试剂第19-20页
        2.1.3 主要培养基配方第20-21页
        2.1.4 主要试剂配制第21页
    2.2 研究方法第21页
        2.2.1 真菌菌丝膜的培养第21页
        2.2.2 蓝藻细胞的培养第21页
    2.3 Real Time-PCR验证云芝-F21a除藻关键差异基因第21-23页
        2.3.1 真菌菌膜总RNA的提取第21-22页
        2.3.2 Real Time-PCR验证第22-23页
    2.4 真菌蛋白质表达量高通量分析第23-24页
        2.4.1 蛋白质抽提第23页
        2.4.2 胰蛋白酶消化第23页
        2.4.3 TMT标记第23-24页
        2.4.4 HPLC分馏第24页
    2.5 LC-MS/MS定量蛋白组学分析第24-25页
        2.5.1 LC-MS/MS分析第24-25页
        2.5.2 数据库检索第25页
        2.5.3 质谱分析数据质量控制确认第25页
    2.6 生物信息学方法第25-26页
        2.6.1 注释方法第25-26页
    2.7 定量蛋白组学与转录组关联分析第26页
    2.8 纤维素酶降解蓝藻细胞及藻浓度的测定第26-27页
3 结果与分析第27-55页
    3.1 Real Time-PCR验证第27-34页
        3.1.1 总RNA提取第27-28页
        3.1.2 定量PCR验证第28-34页
    3.2 云芝T. versicolor-F21a菌膜降解蓝藻蛋白组分析第34-44页
        3.2.1 样品的采取第34页
        3.2.2 质谱分析(MS)数据的质量控制确认第34-35页
        3.2.3 原始数据的处理和统计第35页
        3.2.4 蛋白注释分析第35-37页
        3.2.5 GO富集分析第37-40页
        3.2.6 KEGG Pathway富集分析第40-41页
        3.2.7 结构域(Doman)富集分析第41-42页
        3.2.8 亚细胞定位预测分析第42-44页
    3.3 转录组测序结果与蛋白组定量结果关联分析第44-52页
        3.3.1 蛋白组与转录组比较第44-46页
        3.3.2 Go富集分析第46-49页
        3.3.3 KEGG富集分析第49-50页
        3.3.4 蛋白结构域分析第50-52页
    3.4 转录组分析结果中分解酶基因表达与蛋白质含量关联分析第52-53页
    3.5 不同浓度纤维酶与蓝藻细胞作用第53-55页
4 讨论第55-58页
5 结论第58-59页
参考文献第59-65页
附录第65-66页
致谢第66-67页
作者简介第67页

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