| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第9-15页 |
| 1.1 马铃薯简介 | 第9-10页 |
| 1.1.1 马铃薯晚疫病简介 | 第9页 |
| 1.1.2 马铃薯晚疫病发现以及防治 | 第9页 |
| 1.1.3 马铃薯晚疫病抗性 | 第9-10页 |
| 1.2 马铃薯晚疫病抗性研究背景 | 第10-11页 |
| 1.3 马铃薯晚疫病代谢组学的相关研究 | 第11-12页 |
| 1.4 KEGG简介 | 第12-13页 |
| 1.5 生物信息学语言与工具的完善 | 第13-14页 |
| 1.5.1 Linux系统与服务器 | 第13-14页 |
| 1.5.2 Perl语言以及各种开源分析软件的开发 | 第14页 |
| 1.6 本研究的研究目的及意义 | 第14-15页 |
| 第二章 实验数据收集与分析方法 | 第15-23页 |
| 2.1 本实验的技术路线 | 第15-16页 |
| 2.2 本实验使用的数据库及分析数据搜集 | 第16页 |
| 2.2.1 PGSC已公布的马铃薯DM1-3 的基因组测序数据以及注释信息 | 第16页 |
| 2.2.2 与马铃薯晚疫病抗性相关基因的数据搜集 | 第16页 |
| 2.3 使用Perl编程对文献的基因序列文件格式进行整理 | 第16-17页 |
| 2.4 将文件格式整理成可运行和操作的格式 | 第17页 |
| 2.5 下载基因序列 | 第17-18页 |
| 2.6 编写Linux脚本整合并两个基因数据的文件 | 第18-19页 |
| 2.7 提取非冗余的基因 | 第19页 |
| 2.8 目标基因的K number的获得 | 第19-20页 |
| 2.9 绘制每个基因所在的代谢通路的图谱 | 第20页 |
| 2.10 与马铃薯晚疫病抗性相关的基因所在的代谢通路的统计分析 | 第20页 |
| 2.11 KEGG中对代谢通路的分级 | 第20页 |
| 2.12 马铃薯晚疫病抗性相关基因的代谢航路图的绘制 | 第20-21页 |
| 2.13 使用iTAK数据库进行激酶和转录因子分析 | 第21页 |
| 2.14 GO数据库对马铃薯晚疫病抗性相关基因的整理与分析 | 第21-23页 |
| 第三章 实验结果 | 第23-54页 |
| 3.1 参与晚疫病抗性相关基因的总体情况分析 | 第23-39页 |
| 3.1.1 抗性相关基因参与的代谢通路概况 | 第23-25页 |
| 3.1.2 各个代谢通路的分类及其网络关系图 | 第25-27页 |
| 3.1.3 从代谢总图到独立代谢通路图进行分层展示 | 第27-33页 |
| 3.1.4 代谢总图中各代谢通路概况和代表性的代谢通路图 | 第33-39页 |
| 3.2 iTAK数据库对抗性相关基因中激酶的分类分析 | 第39-41页 |
| 3.3 使用iTAK数据库对转录因子的分类分析 | 第41-44页 |
| 3.4 基因本体论（Gene Ontology）分析 | 第44-54页 |
| 第四章 讨论 | 第54-56页 |
| 4.1 进行全面完整的抗性基因参与的生物学途径分析的意义 | 第54-55页 |
| 4.2 构建的通路图与前人研究报道通路作用的相互验证 | 第55页 |
| 4.3 研究展望 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 附录 | 第61-73页 |
| 致谢 | 第73页 |
