基于基因突变频率的癌症驱动基因筛选
| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3页 |
| 1 绪论 | 第6-15页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第6-7页 |
| 1.2 驱动基因筛选研究现状 | 第7-13页 |
| 1.2.1 驱动基因筛选发展历程 | 第7-8页 |
| 1.2.2 驱动基因筛选方法 | 第8-12页 |
| 1.2.3 本文筛选方法选择 | 第12-13页 |
| 1.3 本文主要工作及论文结构安排 | 第13-15页 |
| 2 基因突变 | 第15-25页 |
| 2.1 基因简介 | 第15-19页 |
| 2.1.1 DNA及基因表达 | 第15-18页 |
| 2.1.2 基因突变 | 第18-19页 |
| 2.2 基因突变外部影响因素 | 第19-20页 |
| 2.2.1 紫外线诱发的基因突变 | 第19-20页 |
| 2.2.2 化学物质诱发基因突变 | 第20页 |
| 2.3 基因突变异质性 | 第20-23页 |
| 2.3.1 基因表达水平 | 第20-21页 |
| 2.3.2 基因复制时间 | 第21-22页 |
| 2.3.3 染色体状态 | 第22-23页 |
| 2.3.4 CpG岛和DNA甲基化 | 第23页 |
| 2.4 本章小结 | 第23-25页 |
| 3 MutSigCV算法 | 第25-38页 |
| 3.1 MutSigCV算法 | 第25-34页 |
| 3.1.1 MutSigCV算法简介 | 第25-27页 |
| 3.1.2 MutSigCV算法具体步骤 | 第27-34页 |
| 3.2 MutSigCV算法在R上的实现 | 第34-37页 |
| 3.3 本章小结 | 第37-38页 |
| 4 MutSigCV算法改进 | 第38-47页 |
| 4.1 Ward聚类法 | 第38-41页 |
| 4.1.1 聚类方法分析 | 第38-39页 |
| 4.1.2 Ward聚类法 | 第39-40页 |
| 4.1.3 Ward聚类法类别数选取 | 第40-41页 |
| 4.2 基于Ward聚类法的MutSigCV算法 | 第41-43页 |
| 4.3 基于肺癌突变数据的实验验证 | 第43-46页 |
| 4.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 5 癌症驱动基因筛选 | 第47-54页 |
| 5.1 数据来源 | 第47页 |
| 5.2 突变数据提取 | 第47-50页 |
| 5.3 癌驱动基因筛选及分析 | 第50-52页 |
| 5.4 本章小结 | 第52-54页 |
| 结论与展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
