| 摘要 | 第5-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 英文缩略词表 | 第17-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-26页 |
| 1.1 病毒宏基因组学概念 | 第19-20页 |
| 1.2 病毒宏基因组学的应用 | 第20页 |
| 1.3 病毒宏基因组学的研究方法 | 第20-23页 |
| 1.3.1 样品处理 | 第20-21页 |
| 1.3.2 DNA文库的构建 | 第21-22页 |
| 1.3.3 DNA文库的测序 | 第22页 |
| 1.3.4 文库测序结果分析 | 第22-23页 |
| 1.4 病毒宏基因组学的研究现状及发展趋势 | 第23-25页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第25页 |
| 1.6 本研究的总体技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 孕期妇女阴道炎微环境内病毒群落的组成 | 第26-55页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-35页 |
| 2.1.1 阴道炎孕期妇女阴道分泌物样品的采集 | 第26页 |
| 2.1.2 主要实验试剂及耗材 | 第26-27页 |
| 2.1.3 阴道炎孕期妇女阴道分泌物的前处理 | 第27页 |
| 2.1.4 样品组合设计 | 第27-28页 |
| 2.1.5 阴道炎孕期妇女阴道分泌物样品的核酸酶消化 | 第28页 |
| 2.1.6 病毒核酸的提取 | 第28-29页 |
| 2.1.7 逆转录及合成双链DNA | 第29-30页 |
| 2.1.8 高通量测序文库的构建 | 第30-31页 |
| 2.1.9 文库的扩增 | 第31-32页 |
| 2.1.10 文库的纯化 | 第32-33页 |
| 2.1.10.1 引物二聚体去除 | 第32-33页 |
| 2.1.10.2 文库DNA片段大小筛选 | 第33页 |
| 2.1.11 病毒文库质量的检测 | 第33页 |
| 2.1.12 文库的Miseq深度测序 | 第33-34页 |
| 2.1.13 文库测序结果的生物信息学分析 | 第34-35页 |
| 2.2 文库质量检测与结果分析 | 第35-51页 |
| 2.2.1 病毒宏基因组DNA文库的质量检测 | 第35-36页 |
| 2.2.1.1 文库中DNA片段分布检测 | 第35页 |
| 2.2.1.2 病毒文库的Bioanalyzer检测 | 第35-36页 |
| 2.2.2 Miseq测序质量 | 第36页 |
| 2.2.3 孕期妇女阴道分泌物病毒宏基因组学分析结果 | 第36-51页 |
| 2.2.3.1 孕期妇女阴道炎微环境内病毒群落组成 | 第37-43页 |
| 2.2.3.2 孕期妇女阴道炎微环境内病毒群落按宿主分类 | 第43-44页 |
| 2.2.3.3 孕期妇女阴道炎微环境内病毒群落中几种潜在致病性病毒比较 | 第44-45页 |
| 2.2.3.4 乳头瘤病毒群落组成详细分析 | 第45-50页 |
| 2.2.3.5 指环病毒科分析 | 第50-51页 |
| 2.3 讨论 | 第51-55页 |
| 第三章 新型Human papillomavirus的研究 | 第55-72页 |
| 3.1 材料和方法 | 第55-64页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第55-56页 |
| 3.1.2 病毒核酸的提取 | 第56页 |
| 3.1.3 引物设计及全基因组扩增 | 第56-59页 |
| 3.1.3.1 PCR检测阳性标本 | 第57-58页 |
| 3.1.3.2 HPV-ZJ01全基因组扩增 | 第58-59页 |
| 3.1.4 PCR产物的电泳检测 | 第59页 |
| 3.1.5 PCR产物目的条带的胶回收 | 第59-60页 |
| 3.1.6 病毒目的基因的T/A连接 | 第60-61页 |
| 3.1.7 感受态细胞的制备 | 第61页 |
| 3.1.8 连接产物转化感受态细菌及培养 | 第61-62页 |
| 3.1.9 序列拼接 | 第62页 |
| 3.1.10 新型HPV基因结构分析 | 第62页 |
| 3.1.11 基于病毒L1蛋白和全基因组的系统进化分析 | 第62-63页 |
| 3.1.12 HPV-ZJ01的PCR筛查 | 第63-64页 |
| 3.2 实验结果 | 第64-69页 |
| 3.2.1 阳性样品检测结果 | 第64页 |
| 3.2.2 HPV-ZJ01全基因组扩增 | 第64-65页 |
| 3.2.3 病毒基因组结构分析 | 第65-66页 |
| 3.2.4 HPV-ZJ01的序列及系统进化分析 | 第66-69页 |
| 3.2.5 HPV-ZJ01的PCR筛查 | 第69页 |
| 3.3 讨论 | 第69-72页 |
| 第四章 主要结论及展望 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文、参与课题及参加会议 | 第84页 |
| 一. 发表论文 | 第84页 |
| 二．参与课题 | 第84页 |
| 三．参加学术会议 | 第84页 |
