| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一部分 基于SELEX技术构建响应小分子的RNA调控开关的体外筛选体系 | 第13-43页 |
| 第一章 绪论 | 第15-29页 |
| 1.1 引言 | 第15-17页 |
| 1.2 适配体---核糖开关组装模块Ⅰ | 第17-22页 |
| 1.2.1 基于SELEX技术获取的适配体 | 第17-21页 |
| 1.2.2 自然界获取的适配体 | 第21-22页 |
| 1.3 表达平台---核糖开关组装模块Ⅱ | 第22-27页 |
| 1.3.1 多轮筛选法 | 第23-26页 |
| 1.3.2 计算机辅助设计 | 第26-27页 |
| 1.4 总结 | 第27-29页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第29-34页 |
| 2.1 实验材料、仪器和试剂 | 第29-30页 |
| 2.2 实验方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 基于茶碱适配体设计RNA寡核苷酸库 | 第30页 |
| 2.2.2 合成dsDNA (double-strand DNA)库 | 第30-32页 |
| 2.2.3 体外转录合成RNA库 | 第32页 |
| 2.2.4 体外筛选流程 | 第32-33页 |
| 2.2.5 RT-PCR合成cDNA子库 | 第33-34页 |
| 第三章 实验结果分析 | 第34-43页 |
| 3.1 RNA库的体外转录/反转录及优化 | 第34-35页 |
| 3.2 RNA库的特异性鉴定 | 第35-36页 |
| 3.3 SELEX筛选体系优化 | 第36-40页 |
| 3.3.1 互补DNA片段亲和筛选效率鉴定 | 第36-38页 |
| 3.3.2 RNase H优化筛选效率 | 第38-40页 |
| 3.4 总结 | 第40-43页 |
| 第二部分 基于噬菌体T7 RNA聚合酶构建光激活的基因开关 | 第43-77页 |
| 第一章 绪论 | 第45-55页 |
| 1.1 引言 | 第45页 |
| 1.2 T7 RNA聚合酶的结构特征和功能特性 | 第45-49页 |
| 1.3 光敏结构域的结构特征和功能特性 | 第49-53页 |
| 1.3.1 光诱导的别构效应 | 第49-51页 |
| 1.3.2 光诱导的蛋白-蛋白相互作用(PPI) | 第51-53页 |
| 1.4 总结 | 第53-55页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第55-63页 |
| 2.1 实验材料、仪器和试剂 | 第55页 |
| 2.2 实验方法 | 第55-63页 |
| 2.2.1 质粒构建和分子克隆 | 第55-61页 |
| 2.2.2 光诱导实验 | 第61-62页 |
| 2.2.3 分析基因表达随时间的变化 | 第62-63页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第63-77页 |
| 3.1 不同拆分体系光诱导活性测定 | 第63-65页 |
| 3.2 光诱导蛋白-蛋白相互作用模式 | 第65-68页 |
| 3.3 光诱导别构效应调控聚合酶功能 | 第68-71页 |
| 3.4 时间维度上鉴定光诱导系统调控功能 | 第71-74页 |
| 3.5 T7 RNA聚合酶拆分体系和调控结构域的模块化组合 | 第74-75页 |
| 3.6 总结 | 第75-77页 |
| 第三部分 CRISPR-dCas9系统与反义RNA系统组合调控基因表达 | 第77-95页 |
| 第一章 绪论 | 第79-85页 |
| 1.1 引言 | 第79-80页 |
| 1.2 CRISPR-dCas9系统---基因表达调控的模块化元件 | 第80-82页 |
| 1.3 Toehold switch---新颖的反义RNA调控系统 | 第82-84页 |
| 1.4 总结 | 第84-85页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第85-89页 |
| 2.1 实验材料、仪器和试剂 | 第85页 |
| 2.2 实验方法 | 第85-89页 |
| 2.2.1 质粒构建和RNA序列的从头设计 | 第85-86页 |
| 2.2.2 荧光检测基因表达调控效果 | 第86-89页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第89-95页 |
| 3.1 CRISPR-dCas9阻抑效果检测 | 第89-90页 |
| 3.2 sgRNA-asRNA相互作用调控CRISPRi | 第90-92页 |
| 3.3 总结 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-107页 |
| 附录 | 第107-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第113页 |
