| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-7页 |
| 1 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 柑橘溃疡病 | 第11-12页 |
| 1.2.1 柑橘溃疡病的起源 | 第11-12页 |
| 1.2.2 柑橘溃疡病菌及其危害 | 第12页 |
| 1.3 柑橘溃疡病的检测方法 | 第12-16页 |
| 1.3.1 常规检测方法 | 第12-13页 |
| 1.3.2 免疫学检测方法 | 第13-14页 |
| 1.3.3 DNA杂交检测法 | 第14页 |
| 1.3.4 PCR检测方法 | 第14-16页 |
| 1.4 数字PCR技术 | 第16-17页 |
| 1.4.1 芯片式数字PCR（Chip Digital PCR） | 第16-17页 |
| 1.4.2 微流控芯片式数字PCR（Microfluidic-chip Digital PCR） | 第17页 |
| 1.4.3 微滴式数字PCR（Droplet Digital PCR） | 第17页 |
| 1.5 微滴数字PCR | 第17-19页 |
| 1.5.1 微滴数字PCR的原理 | 第17-19页 |
| 1.5.2 微滴数字PCR的应用 | 第19页 |
| 1.6 研究目的、内容及技术路线 | 第19-20页 |
| 1.6.1 研究目的 | 第19页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第19-20页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第20页 |
| 1.7 本研究的创新点 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-31页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第21-22页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第21页 |
| 2.1.2 柑橘样品 | 第21页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第21-22页 |
| 2.1.4 主要试剂及耗材 | 第22页 |
| 2.1.5 培养基 | 第22页 |
| 2.1.6 使用的主要生物学软件 | 第22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-31页 |
| 2.2.1 细菌菌悬液制备 | 第22-23页 |
| 2.2.2 引物探针的设计 | 第23页 |
| 2.2.3 qPCR扩增条件优化 | 第23页 |
| 2.2.4 引物探针的特异性 | 第23页 |
| 2.2.5 PCR扩增并回收目的片段 | 第23-25页 |
| 2.2.6 连接与转化 | 第25页 |
| 2.2.7 筛选阳性克隆并测通 | 第25-26页 |
| 2.2.8 质粒标准品制备 | 第26页 |
| 2.2.9 建立Xcc质粒标准曲线 | 第26-27页 |
| 2.2.10 ddPCR | 第27-28页 |
| 2.2.11 质粒的酶切和标准曲线的建立 | 第28页 |
| 2.2.12 ddPCR扩增条件的优化 | 第28页 |
| 2.2.13 柑橘样品的制备 | 第28页 |
| 2.2.14 抑制剂的制备 | 第28-29页 |
| 2.2.15 qPCR与ddPCR的灵敏度 | 第29页 |
| 2.2.16 qPCR与ddPCR的重复性 | 第29页 |
| 2.2.17 qPCR与ddPCR的耐受性 | 第29-30页 |
| 2.2.18 qPCR与ddPCR的ROC曲线 | 第30-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-48页 |
| 3.1 qPCR与ddPCR的优化 | 第31-37页 |
| 3.1.1 Xcc菌悬液CFU浓度的确定 | 第31页 |
| 3.1.2 qPCR扩增条件的优化 | 第31-32页 |
| 3.1.3 引物探针特异性检测 | 第32-33页 |
| 3.1.4 阳性克隆的筛选 | 第33-34页 |
| 3.1.5 重组质粒的酶切结果 | 第34页 |
| 3.1.6 ddPCR扩增条件优化结果 | 第34-35页 |
| 3.1.7 环状质粒与线性质粒对qPCR扩增的影响 | 第35-36页 |
| 3.1.8 环状质粒与线性质粒对ddPCR扩增的影响 | 第36-37页 |
| 3.2 qPCR与ddPCR检测性能的比较 | 第37-48页 |
| 3.2.1 qPCR与ddPCR检测灵敏度的比较 | 第37-41页 |
| 3.2.2 评估qPCR与ddPCR的重复性 | 第41-43页 |
| 3.2.3 qPCR与ddPCR对柑橘组织液的耐受性结果 | 第43-44页 |
| 3.2.4 qPCR与ddPCR对王铜试剂的耐受性结果 | 第44-45页 |
| 3.2.5 qPCR与ddPCR对铜离子的耐受性结果 | 第45-46页 |
| 3.2.6 对柑橘田间样品实际检测的诊断性能评估 | 第46-48页 |
| 4 讨论 | 第48-52页 |
| 4.1 qPCR的局限 | 第48页 |
| 4.2 ddPCR的可靠性 | 第48-49页 |
| 4.3 ddPCR的重复性 | 第49页 |
| 4.4 ddPCR的耐受性 | 第49-50页 |
| 4.5 ddPCR的ROC曲线 | 第50页 |
| 4.6 检测成本比较 | 第50-52页 |
| 5 结论与展望 | 第52-53页 |
| 5.1 研究结论 | 第52页 |
| 5.2 研究展望 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
| 附录 | 第62-63页 |
| A. NCBI比对结果 | 第62-63页 |
| B. 重组质粒测序结果 | 第63页 |
| C. 发表的文章 | 第63页 |
