| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 差异甲基化分析和肿瘤细胞纯度估计概述 | 第8-10页 |
| 1.1.1 差异甲基化分析和肿瘤细胞纯度估计的意义 | 第9页 |
| 1.1.2 差异甲基化分析和肿瘤细胞纯度估计研究现状 | 第9-10页 |
| 1.2 肿瘤异质性概述 | 第10-14页 |
| 1.2.1 肿瘤异质性的研究意义 | 第10-11页 |
| 1.2.2 肿瘤异质性的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2.3 利用DNA甲基化研究肿瘤异质性的必要性和可行性 | 第12-14页 |
| 1.3 本文结构安排 | 第14-15页 |
| 第二章 差异甲基化分析和肿瘤细胞纯度估计 | 第15-26页 |
| 2.1 | 第15-21页 |
| 2.1.1 DNA甲基化的实验方法 | 第15-17页 |
| 2.1.2 差异甲基化分析的方法和工具 | 第17-21页 |
| 2.2 基于DNA甲基化数据的肿瘤纯度估计 | 第21-24页 |
| 2.3 本章小结 | 第24-26页 |
| 第三章 基于二次规划迭代的非负矩阵分解 | 第26-33页 |
| 3.1 矩阵迹的定义、性质 | 第26-27页 |
| 3.2 非负矩阵分解 | 第27-32页 |
| 3.2.1 NMF实现原理 | 第28-30页 |
| 3.2.2 基于二次规划的非负矩阵分解 | 第30-32页 |
| 3.3 本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 基于TCGA的DNA甲基化和基因表达数据的肿瘤异质性模型 | 第33-58页 |
| 4.1 研究背景和数据材料 | 第33-34页 |
| 4.2 基于甲基化肿瘤异质性研究模型与结果 | 第34-49页 |
| 4.2.1 基于甲基化肿瘤异质性研究模型 | 第34-38页 |
| 4.2.2 基于甲基化肿瘤异质性模型结果 | 第38-49页 |
| 4.3 基于基因表达肿瘤异质性研究模型与结果 | 第49-54页 |
| 4.3.1 基于基因表达肿瘤异质性研究模型 | 第49-52页 |
| 4.3.2 基于基因表达肿瘤异质性模型结果 | 第52-54页 |
| 4.4 基于甲基化-基因表达肿瘤异质性研究模型与结果 | 第54-57页 |
| 4.4.1 基于甲基化-基因表达肿瘤异质性研究模型 | 第54-56页 |
| 4.4.2 基于甲基化-基因表达肿瘤异质性模型结果 | 第56-57页 |
| 4.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 结论与展望 | 第58-59页 |
| 5.1 本文结论 | 第58页 |
| 5.2 课题展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-71页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
