| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一部分 基于高通量测序的发热伴血小板减少综合征病毒分子进化研究 | 第13-101页 |
| 前言 | 第13-33页 |
| 1. 发热伴血小板减少综合征病毒 | 第13-19页 |
| 2. 高通量测序技术介绍 | 第19-27页 |
| 3. RNA病毒进化分析及其常用研究方法和工具 | 第27-33页 |
| 实验材料 | 第33-35页 |
| 1. 临床标本来源 | 第33页 |
| 2. 主要试剂与耗材 | 第33页 |
| 3. 仪器 | 第33-35页 |
| 实验方法 | 第35-48页 |
| 1. 样品预处理 | 第35-37页 |
| 2. PGM测序文库构建 | 第37-39页 |
| 3. PGM测序模板的制备 | 第39-41页 |
| 4. PGM测序 | 第41-42页 |
| 5. Illumina Hiseq4000平台测序 | 第42页 |
| 6. 测序数据处理 | 第42-43页 |
| 7. SFTSV分子进化分析 | 第43-48页 |
| 实验结果 | 第48-86页 |
| 1. 标本信息 | 第48-51页 |
| 2. 高通量测序数据分析 | 第51-52页 |
| 3. SFTSV的基因型分析 | 第52-60页 |
| 4. 重组与重配 | 第60-72页 |
| 5. 进化压力分析 | 第72-74页 |
| 6. 基因突变分析 | 第74-82页 |
| 7. SFTSV的时空溯源 | 第82-86页 |
| 讨论 | 第86-94页 |
| 1. 测序平台的选择 | 第86-88页 |
| 2. SFTSV基因型的划分及各基因型的地理分布 | 第88-89页 |
| 3. SFTSV进化的主要驱动力分析 | 第89-92页 |
| 4. SFTSV的时空溯源 | 第92页 |
| 5. SFTSV各基因型毒株的交叉保护效力差异 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-100页 |
| 小结 | 第100-101页 |
| 第二部分 中国输入性寨卡病例的病毒全基因组测定及分子进化研究 | 第101-120页 |
| 前言 | 第101-103页 |
| 实验材料 | 第103-105页 |
| 1. 病例信息和标本采集 | 第103页 |
| 2. 细胞株 | 第103页 |
| 3. 细胞培养用试剂 | 第103页 |
| 4. 分子生物学试剂 | 第103-104页 |
| 5. 仪器 | 第104-105页 |
| 实验方法 | 第105-107页 |
| 1. 病毒分离 | 第105页 |
| 2. 实时荧光定量PCR检测寨卡病毒 | 第105页 |
| 3. 电镜观察 | 第105页 |
| 4. 基因组测序 | 第105-106页 |
| 5. 数据分析 | 第106页 |
| 6. RACE PCR | 第106-107页 |
| 实验结果 | 第107-115页 |
| 1. 寨卡病毒的分离与鉴定 | 第107-108页 |
| 2. ZKC2/2016株的基因组特征 | 第108-109页 |
| 3. E蛋白和NS5蛋白的系统发生分析 | 第109-111页 |
| 4. 新获得的寨卡基因组中的特异性突变 | 第111-114页 |
| 5. ZIKV基因组长度的分析 | 第114-115页 |
| 讨论 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-119页 |
| 小结 | 第119-120页 |
| 全文总结 | 第120-122页 |
| 攻读博士期间发表文章情况 | 第122-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
