| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-24页 |
| 1.1 糜子概述 | 第11-14页 |
| 1.1.1 糜子栽培历史及其分布 | 第11-12页 |
| 1.1.2 糜子糯性以及丰富营养含量 | 第12-13页 |
| 1.1.3 糜子遗传多样性研究 | 第13-14页 |
| 1.1.4 糜子抗逆性研究进展 | 第14页 |
| 1.2 转录组研究进展 | 第14-19页 |
| 1.2.1 研究转录组基因方法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 RNA-seq基本原理及其优势 | 第15页 |
| 1.2.3 RNA-seq测序平台 | 第15-16页 |
| 1.2.4 RNA-Seq主要用途 | 第16页 |
| 1.2.5 RNA-seq生物信息学分析过程（无参考基因组） | 第16-17页 |
| 1.2.6 RNA-Seq面临的挑战与展望 | 第17-18页 |
| 1.2.7 研究意义和目的 | 第18-19页 |
| 1.3 叶绿体基因组密码子使用偏好型研究 | 第19-24页 |
| 1.3.1 密码子偏好性概述 | 第19页 |
| 1.3.2 密码子偏好性理论基础 | 第19-22页 |
| 1.3.3 研究密码子偏好性的参数 | 第22-23页 |
| 1.3.4 研究意义 | 第23-24页 |
| 第二章 基于RNA-seq测序的糜子转录组学研究 | 第24-45页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第24-28页 |
| 2.1.1 实验材料准备 | 第24页 |
| 2.1.2 组织样品总RNA提取 | 第24-25页 |
| 2.1.3 文库构建及Illumina测序 | 第25-26页 |
| 2.1.4 序列数据分析及从头组装 | 第26页 |
| 2.1.5 功能注释 | 第26-27页 |
| 2.1.6 SSRs和SNPs标记筛选 | 第27页 |
| 2.1.7 差异表达基因注释及分析 | 第27页 |
| 2.1.8 qRT-PCR分析 | 第27-28页 |
| 2.2 结果 | 第28-44页 |
| 2.2.1 转录组数据测序和组装 | 第28-30页 |
| 2.2.2 糜子转录组注释和功能特征 | 第30-34页 |
| 2.2.3 SSRs和SNPs位点鉴定 | 第34-37页 |
| 2.2.4 差异表达基因鉴定与发现(DEGs) | 第37-40页 |
| 2.2.5 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第40-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-45页 |
| 第三章 糜子叶绿体基因组密码子使用偏好性分析 | 第45-55页 |
| 3.1 实验材料和方法 | 第45-46页 |
| 3.1.1 编码序列的获得 | 第45页 |
| 3.1.2 密码子使用偏好性参数 | 第45-46页 |
| 3.1.3 统计分析工具 | 第46页 |
| 3.2 结果 | 第46-53页 |
| 3.2.1 糜子叶绿体基因核苷酸含量分布 | 第46-49页 |
| 3.2.2 糜子叶绿体基因组相对同义密码子使用度分析 | 第49-50页 |
| 3.2.3 基于ENC值密码子偏好性分析 | 第50-51页 |
| 3.2.4 PR2绘图分析 | 第51-52页 |
| 3.2.5 对应性分析 | 第52页 |
| 3.2.6 最优密码子 | 第52-53页 |
| 3.3 讨论 | 第53-55页 |
| 第四章 结论与展望 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-65页 |
| 附录 | 第65-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |