| 中文摘要 | 第3-4页 |
| 英文摘要 | 第4页 |
| 第一章 引言 | 第8-14页 |
| 1.1 翻译：蛋白质的合成过程 | 第8-9页 |
| 1.2 翻译调控决定蛋白质组 | 第9页 |
| 1.3 翻译比率TR（Translation Ratio）反映翻译起始效率 | 第9-10页 |
| 1.4 测定翻译延伸速率是研究翻译调控中的一大难题 | 第10页 |
| 1.5 翻译速率的研究具有重要的生物学意义 | 第10-11页 |
| 1.6 传统的用于预测翻译速率的指标并不能有效的反映翻译延伸速率 | 第11-12页 |
| 1.7 翻译延伸速率调控的复杂性 | 第12页 |
| 1.8 利用高通量测序的方法来测量翻译延伸速率 | 第12-13页 |
| 1.9 新策略测定人细胞生理条件下全基因范围内单基因水平的相对翻译延伸速率 | 第13-14页 |
| 第二章 材料与方法 | 第14-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第14页 |
| 2.2 实验试剂 | 第14-15页 |
| 2.3 实验仪器 | 第15页 |
| 2.4 细胞培养 | 第15-16页 |
| 2.5 总RNA提取 | 第16-17页 |
| 2.6 核糖体新生肽链复合物的提取及正在翻译的mRNA提取 | 第17-18页 |
| 2.7 总mRNA与正在翻译的mRNA（RNC-mRNA）提取 | 第18-19页 |
| 2.8 总mRNA及正在翻译的mRNA（RNC-mRNA）的二代测序文库构建 | 第19-23页 |
| 2.9 通过多核糖体图谱分析（ Polysome Profiling ）实验摸索核糖体印记技术（Ribosome Profiling, Ribo-seq）的RNase酶切条件 | 第23页 |
| 2.10 核糖体足迹（Ribosome footprints, RFPs）的制备 | 第23-24页 |
| 2.11 RFP样品中的rRNA去除 | 第24-26页 |
| 2.12 RFP二代测序文库的构建 | 第26-28页 |
| 2.13 RNA测序 | 第28-29页 |
| 2.14 序列分析 | 第29-30页 |
| 2.15 Hotelling's T~2置信椭圆分析 | 第30页 |
| 2.16 密码子偏好性分析 | 第30-31页 |
| 2.17 基因的基因本体（Gene ontology, GO）富集分析 | 第31页 |
| 2.18 IPA分析 | 第31-32页 |
| 第三章 结果 | 第32-65页 |
| 3.1 全局测定人细胞中单基因水平的相对翻译延伸速率的新策略 | 第32-33页 |
| 3.2 总mRNA和正在翻译的mRNA（RNC-mRNA）测序 | 第33-34页 |
| 3.3 RFP的制备与测序 | 第34-37页 |
| 3.4 测定四株细胞生理条件下全基因范围单基因水平的相对翻译延伸速率 | 第37-48页 |
| 3.5 Low-EVI基因具有翻译暂停位点以促进其蛋白质的折叠 | 第48-51页 |
| 3.6 导致low EVI基因翻译延伸速率慢的主要因素 | 第51-59页 |
| 3.7 肺癌细胞中翻译延伸速率的调控可能有利于细胞的恶性表型 | 第59-65页 |
| 第四章 讨论 | 第65-72页 |
| 4.1 使用EVI来测量基因的翻译延伸速率的正确性 | 第65-66页 |
| 4.2 密码子偏好性可能是降低基因翻译延伸速率的主要原因 | 第66-68页 |
| 4.3 EVI调控在癌细胞中的生物学意义 | 第68-69页 |
| 4.4 翻译调控的二极化调控模式 | 第69-70页 |
| 4.5 本研究策略的局限性与应用潜力 | 第70-72页 |
| 全文总结及创新性说明 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 附录一：英文缩略语及中英文对照表 | 第78-81页 |
| 附录二：生物素标记的探针序列 | 第81-82页 |
| 附录三：四株细胞中宏基因的翻译起始分析 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第82-83页 |
| 附录四：四株细胞的low-EVI基因及high-TR基因 | 第83-93页 |
| 附录五：high-TR基因与low-EVI的RFP覆盖度图示例 | 第93-95页 |
| 附录六：A549/HBE和H1299/HBE EVI下调10倍以上的基因 | 第95-98页 |
| 在校期间发表的论文 | 第98-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
