| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-32页 |
| 1 基因组测序技术及生物信息学技术概况 | 第11-16页 |
| ·基因组测序技术 | 第11-15页 |
| ·生物信息学 | 第15-16页 |
| 2 微生物基因组研究概况 | 第16-22页 |
| ·微生物基因组学研究内容 | 第17-20页 |
| ·微生物基因组学的应用 | 第20-22页 |
| 3 微生物转录组学研究 | 第22-23页 |
| 4 弧菌基因组及毒力因子研究概况 | 第23-28页 |
| ·粘附素 | 第24-25页 |
| ·胞外毒素 | 第25-26页 |
| ·铁的摄取 | 第26页 |
| ·分泌系统 | 第26-27页 |
| ·毒力因子调控系统 | 第27-28页 |
| 5 鳗弧菌生物学特性 | 第28页 |
| 6 课题选题依据及意义 | 第28-30页 |
| 7 论文技术路线 | 第30-32页 |
| ·细菌基因组测序技术路线 | 第30-31页 |
| ·细菌转录组测序技术路线 | 第31-32页 |
| 第二章 鳗弧菌全基因组序列分析与基因组比较分析 | 第32-64页 |
| 1 材料与方法 | 第33-37页 |
| ·鳗弧菌菌株与培养条件 | 第33页 |
| ·M3 和ATCC43308 基因组DNA的提取及质控检测 | 第33页 |
| ·基因组DNA精确定量 | 第33页 |
| ·细菌全基因组测序 | 第33-34页 |
| ·基因组序列的组装拼接 | 第34页 |
| ·基因的预测及注释 | 第34-35页 |
| ·基因功能分析 | 第35-37页 |
| ·RNA预测 | 第37页 |
| ·氨基酸及密码子使用频率计算 | 第37页 |
| ·基因组比较 | 第37页 |
| ·水平基因转移 | 第37页 |
| ·M3 与ATCC43308 毒力相关基因分析 | 第37页 |
| 2 结果分析与讨论 | 第37-64页 |
| ·基因组测序 | 第37-51页 |
| ·基因组比较 | 第51-64页 |
| 第三章 鳗弧菌转录组测序及生物信息学初步分析 | 第64-74页 |
| 1 材料与方法 | 第65-66页 |
| ·菌株保存 | 第65页 |
| ·试剂材料 | 第65页 |
| ·总RNA提取 | 第65页 |
| ·RNA质控检测及转录组测序 | 第65页 |
| ·测序reads统计分析 | 第65页 |
| ·reads 进行COG分类 | 第65-66页 |
| ·基因表达水平标准化处理 | 第66页 |
| ·M3 与ATCC43308 表达基因的比较 | 第66页 |
| 2 结果 | 第66-69页 |
| ·总RNA的浓度测定及质控检测 | 第66页 |
| ·转录组测序reads统计分析 | 第66-67页 |
| ·COG功能分类 | 第67-68页 |
| ·差异基因的聚类分析 | 第68页 |
| ·两株菌中与毒力相关差异基因分析 | 第68-69页 |
| 3 讨论 | 第69-74页 |
| 第四章 六种弧菌多重PCR快速检测技术的建立 | 第74-92页 |
| 1 材料与方法 | 第75-81页 |
| ·菌株 | 第75页 |
| ·细菌培养及基因组模板的提取 | 第75-77页 |
| ·基因的确定及引物的设计 | 第77-79页 |
| ·单对引物特异性检测及PCR条件的优化 | 第79页 |
| ·mPCR方法的建立及优化 | 第79-80页 |
| ·多重PCR灵敏度的检测 | 第80-81页 |
| ·多重PCR应用 | 第81页 |
| 2 结果 | 第81-89页 |
| ·基因组DNA提取及质控 | 第81页 |
| ·PCR引物设计 | 第81-82页 |
| ·单对引物PCR扩增条件优化及交叉反应检测 | 第82-84页 |
| ·mPCR条件的优化 | 第84-86页 |
| ·mPCR灵敏度的检测 | 第86-87页 |
| ·mPCR临床应用 | 第87-89页 |
| 3 讨论 | 第89-92页 |
| 结论与展望 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-108页 |
| 博士期间论文与专利 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 个人工作简介 | 第110-111页 |
| 附表 | 第111-117页 |