| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩写表 | 第11-13页 |
| 第一章 广义拟水龟属物种系统发生学及线粒体基因组适应性进化研究综述 | 第13-23页 |
| 1 淡水龟科广义拟水龟属系统学研究进展 | 第13-19页 |
| 1.1 广义拟水龟属物种系统发生学研究 | 第14-16页 |
| 1.2 广义拟水龟属物种系统地理学研究 | 第16-19页 |
| 1.3 广义拟水龟属物种杂交现象的研究 | 第19页 |
| 2 线粒体基因组适应性进化研究进展 | 第19-23页 |
| 2.1 线粒体蛋白编码基因功能研究进展 | 第20页 |
| 2.2 龟类动物线粒体控制区倍增及部分基因重排现象 | 第20-21页 |
| 2.3 线粒体DNA适应性进化研究进展 | 第21-23页 |
| 第二章 广义拟水龟属物种系统发生学与历史性成种事件的研究 | 第23-50页 |
| 1 四个拟水龟物种线粒体全基因组序列的测定和分析 | 第23-31页 |
| 1.1 材料与方法 | 第23-27页 |
| 1.1.1 样本采集 | 第23-24页 |
| 1.1.2 基因组DNA提取 | 第24-25页 |
| 1.1.3 PCR扩增及克隆测序 | 第25-27页 |
| 1.1.4 序列分析 | 第27页 |
| 1.2 结果与讨论 | 第27-31页 |
| 1.2.1 四个拟水龟物种线粒体基因组结构和基因排布 | 第27-30页 |
| 1.2.2 四种拟水龟线粒体基因组碱基组成 | 第30-31页 |
| 2 广义拟水龟属物种系统发生学和历史成种事件研究 | 第31-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-35页 |
| 2.1.1 系统发生学分析 | 第31-33页 |
| 2.1.2 广义拟水龟属物种种间分歧时间估算和祖先起源地重建分析 | 第33-35页 |
| 2.2 结果 | 第35-42页 |
| 2.2.1 广义拟水龟属和闭壳龟属种间遗传距离比较分析 | 第35页 |
| 2.2.2 系统发生学分析 | 第35-39页 |
| 2.2.3 广义拟水龟属种间分歧时间估算和祖先起源地重建分析 | 第39-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-43页 |
| 2.3.1 广义拟水龟属种间系统关系探讨 | 第42页 |
| 2.3.2 广义拟水龟属物种起源和进化假说 | 第42-43页 |
| 3 东亚、东南亚拟水龟属物种种间基因流水平评估 | 第43-50页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-47页 |
| 3.1.1 标本采集 | 第44-45页 |
| 3.1.2 基因组提取 | 第45-46页 |
| 3.1.3 微卫星PCR扩增及分型检测 | 第46页 |
| 3.1.4 数据处理 | 第46-47页 |
| 3.2 东亚、东南亚物种种间基因流水平评估结果 | 第47-48页 |
| 3.3 讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 龟类动物线粒体ND5基因的适应性进化研究 | 第50-67页 |
| 1 龟类动物线粒体基因ND5重排的适应性机制研究 | 第51-60页 |
| 1.1 材料和方法 | 第51-54页 |
| 1.1.1 样本采集 | 第51页 |
| 1.1.2 基因组DNA和RNA的提取 | 第51-52页 |
| 1.1.3 逆转录PCR | 第52-53页 |
| 1.1.4 基因引物特异性检测 | 第53页 |
| 1.1.5 实时荧光定量PCR | 第53-54页 |
| 1.2 结果 | 第54-58页 |
| 1.2.1 RNA质量控制 | 第54-55页 |
| 1.2.2 反转录效率 | 第55页 |
| 1.2.3 qPCR产物熔点曲线分析 | 第55-57页 |
| 1.2.4 平胸龟、乌龟线粒体ND5基因表达量比较分析 | 第57-58页 |
| 1.2.5 平胸龟和乌龟线粒体DNA定量比较分析 | 第58页 |
| 1.3 讨论 | 第58-60页 |
| 2 龟类动物线粒体基因ND5序列变异的适应性机制研究 | 第60-67页 |
| 2.1 材料与方法 | 第60-62页 |
| 2.1.1 序列分析 | 第60-61页 |
| 2.1.2 进化选择压分析 | 第61页 |
| 2.1.3 蛋白质三维结构分析 | 第61-62页 |
| 2.2 结果 | 第62-65页 |
| 2.2.1 序列相似度分析 | 第62页 |
| 2.2.2 平胸龟线粒体ND5基因核苷酸变异的进化选择压分析 | 第62-64页 |
| 2.2.3 平胸龟和乌龟线粒体ND5亚基三维结构预测 | 第64-65页 |
| 2.3 讨论 | 第65-66页 |
| 2.4 结论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 博士在读期间科研及发表论文情况 | 第78页 |
