| 摘要 | 第9-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| CHAPTER Ⅰ | 第22-46页 |
| 1.1 INTRODUCTION | 第22-28页 |
| 1.1.1 Genetic Diversity | 第24-25页 |
| 1.1.2 Genetic Variants | 第25-26页 |
| 1.1.3 Single Nucleotide Polymorphism | 第26-27页 |
| 1.1.4 Genome-Wide Association Study | 第27-28页 |
| 1.2 RESEARCH OBJECTIVES | 第28-29页 |
| 1.2.1 GOAL OF THE PROJECT | 第28页 |
| 1.2.2 SPECIFIC PURPOSE OF THE PROJECT | 第28-29页 |
| 1.3 LITERATURE REVIEW | 第29-46页 |
| 1.3.1 Bio-Diversity of Pakistani Goats | 第29-38页 |
| 1.3.2 High Altitude Hypoxia | 第38-46页 |
| CHAPTER ⅡMATERIAL AND METHODS | 第46-60页 |
| 2.1 Population Sampling | 第46-48页 |
| 2.1.1 Pakistani goat population sampling | 第46页 |
| 2.1.2 Sample collection | 第46页 |
| 2.1.3 Chinese goat population sampling (Study-II) | 第46-48页 |
| 2.2 Materials | 第48-50页 |
| 2.2.1 Equipment | 第48-49页 |
| 2.2.2 Consumables | 第49页 |
| 2.2.3 Chemical and Reagents | 第49页 |
| 2.2.4 Enzymes | 第49-50页 |
| 2.3 Methods | 第50-55页 |
| 2.3.1 Isolation and extraction of genomic DNA | 第50-51页 |
| 2.3.2 DNA concentration and quality determination | 第51页 |
| 2.3.3 Primer designing (Study-II) | 第51页 |
| 2.3.4 Polymerase chain reaction (Study-II) | 第51-52页 |
| 2.3.5 PCR quality determination | 第52页 |
| 2.3.6 SNPs detection (Study-II) | 第52-55页 |
| 2.4 Statistical Analysis: | 第55-60页 |
| 2.4.1 Global FST analysis (Study-II) | 第55页 |
| 2.4.2 Pair wise genetic distance analysis (FST) (Study-I –Study- II) | 第55-57页 |
| 2.4.3 Haplotype Network Analysis (Study II) | 第57页 |
| 2.4.4 Linkage disequilibrium analysis (Study-II) | 第57-58页 |
| 2.4.5 Principal component analysis (Study-I) | 第58页 |
| 2.4.6 Population structure (Study-I) | 第58-60页 |
| CHAPTER Ⅲ Population structure, genetic diversity, and selection signatures among seven indigenousPakistani goat populations | 第60-89页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第62-63页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第63-67页 |
| 3.2.1 Population sampling | 第63-64页 |
| 3.2.2 Genotyping and data quality control | 第64-65页 |
| 3.2.3 Population structure and variation | 第65-66页 |
| 3.2.4 Runs of homozygosity (ROH) | 第66页 |
| 3.2.5 Detection of selection signals | 第66页 |
| 3.2.6 Genome-wide association analyses for coat color | 第66-67页 |
| 3.3 RESULTS | 第67-84页 |
| 3.3.1 Genotyping and quality control | 第67页 |
| 3.3.2 Genetic relationship between individuals and breeds | 第67-75页 |
| 3.3.3 Runs of homozygosity | 第75-78页 |
| 3.3.4 Selection signatures | 第78-82页 |
| 3.3.5 Across-breed GWAS: coat color | 第82-84页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第84-88页 |
| 3.4.1 Genetic relationship between individuals and breeds | 第84-85页 |
| 3.4.2 Candidate genes associated with goat phenotypes | 第85-88页 |
| 3.5 CONCLUSION | 第88页 |
| Acknowledgements | 第88-89页 |
| CHAPTER Ⅳ Non-synonymous mutations with allele frequency correlated with the elevated altitudeindicating the contribution of DSG3 in the high altitude adaptation of Tibetan goats | 第89-109页 |
| 4.1 INTRODUCTION | 第91-92页 |
| 4.2 MATERIALS AND METHODS | 第92-95页 |
| 4.2.1 Populating selection | 第92页 |
| 4.2.2 PCR and Sequencing | 第92-94页 |
| 4.2.3 SNPs detections | 第94页 |
| 4.2.4 Statistical analyses | 第94-95页 |
| 4.3. RESULTS | 第95-106页 |
| 4.3.1 Allele frequency and genetic differentiation | 第95-103页 |
| 4.3.2 Linkage disequilibrium | 第103页 |
| 4.3.3 Haplotype network analysis | 第103-106页 |
| 4.4 DISCUSSION | 第106-107页 |
| 4.5 CONCLUSION | 第107页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第107-109页 |
| CHAPTER Ⅴ Genetic variants in Desomoglein2 revealing high altitude hypoxia adaptation in Tibetanvs. low–altitude goat populations | 第109-124页 |
| 5.1 INTRODUCTION | 第111-113页 |
| 5.2 MATERIALS AND METHODS | 第113-115页 |
| 5.2.1 Sampling and DNA extraction | 第113页 |
| 5.2.2 PCR | 第113-115页 |
| 5.2.3 Statistical analysis | 第115页 |
| 5.3 RESULTS | 第115-122页 |
| 5.3.1 Correlation coefficients between allele frequency and altitudes | 第115-120页 |
| 5.3.2 Genetic distance (FST) analysis | 第120-122页 |
| 5.4 DISCUSSION | 第122-124页 |
| CHAPTER Ⅵ GENERAL DISCUSSION | 第124-129页 |
| 6.1 Genetic diversity of Pakistani goats | 第124-125页 |
| 6.2 Selection signature | 第125-126页 |
| 6.3 Cardiovascular genes in the high altitude adaptations in Tibetan cashmere goats. | 第126-129页 |
| CHAPTER Ⅶ CONCLUSION | 第129-131页 |
| APPENDIX | 第131-135页 |
| REFERENCES | 第135-156页 |
| ACKNOWLEDGMENT | 第156-159页 |
| 附件 | 第159-161页 |
