| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-6页 |
| 符号表 | 第6-10页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-19页 |
| ·体细胞核移植（Somatic Cell Nuclear Transfer,SCNT）的研究进展 | 第10-14页 |
| ·SCNT 技术简介 | 第10-12页 |
| ·转基因克隆的技术优势 | 第12页 |
| ·SCNT 技术所面临的问题 | 第12-13页 |
| ·克隆牛的研究进展 | 第13-14页 |
| ·SCNT 动物胎盘异常的研究进展 | 第14-16页 |
| ·SCNT 动物胎盘发育形态学研究进展： | 第14-15页 |
| ·SCNT 动物胎盘发育异常分子机理研究进展 | 第15页 |
| ·克隆牛胎盘的研究进展 | 第15-16页 |
| ·转录组测序（RNA-Seq）研究进展 | 第16-18页 |
| ·转录组测序概况 | 第16-17页 |
| ·转录组测序数据分析概述 | 第17-18页 |
| ·本研究的目的意义 | 第18-19页 |
| 第2章 转录组测序 | 第19-40页 |
| ·材料试剂 | 第19-20页 |
| ·样本材料 | 第19页 |
| ·试剂 | 第19页 |
| ·仪器与设备 | 第19页 |
| ·二代测序数据分析网络资源 | 第19-20页 |
| ·方法 | 第20-24页 |
| ·提总 RNA | 第20页 |
| ·总 RNA 中纯化 mRNA | 第20-21页 |
| ·cDNA 文库制备 | 第21页 |
| ·簇的生成与测序 | 第21页 |
| ·Reads 质量控制及 Mapping | 第21-22页 |
| ·基因表达值的标准化处理（RPKM） | 第22页 |
| ·差异表达基因（Differentially Expressed Genes，DEGs）选定 | 第22-23页 |
| ·差异表达基因 GO(Gene Ontology)聚类分析 | 第23-24页 |
| ·差异基因 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）代谢通路聚类分析 | 第24页 |
| ·差异表达基因互作网络（Gene Act Network）分析 | 第24页 |
| ·结果 | 第24-35页 |
| ·测序与质量控制结果 | 第24-25页 |
| ·Mapping 结果 | 第25-28页 |
| ·差异表达基因（DEGs）结果 | 第28-29页 |
| ·DEGs 的 GO 功能聚类结果 | 第29-32页 |
| ·DEGs 的 KEGG 代谢通路功能聚类 | 第32-34页 |
| ·差异表达基因互作网络（Gene Act Network） | 第34-35页 |
| ·讨论 | 第35-40页 |
| ·材料与技术路线相结合的创新性 | 第35页 |
| ·reads 质量控制及 mapping | 第35-36页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第36页 |
| ·GO 功能聚类分析 | 第36-38页 |
| ·KEGG 功能聚类分析 | 第38页 |
| ·差异表达基因互作网络 | 第38-40页 |
| 第3章 关键基因的筛选 | 第40-47页 |
| ·实验方法 | 第40-41页 |
| ·结合 KEGG Pathway 结果和基因表达值进行筛选 | 第40-41页 |
| ·参考 GO 结果 | 第41页 |
| ·参考 Gene Act Network 结果 | 第41页 |
| ·个别特殊基因的筛选 | 第41页 |
| ·实验结果 | 第41-46页 |
| ·讨论 | 第46-47页 |
| 第4章 关键基因的定量 PCR 验证 | 第47-53页 |
| ·材料试剂 | 第47页 |
| ·材料 | 第47页 |
| ·试剂耗材 | 第47页 |
| ·实验方法 | 第47-48页 |
| ·反转录 PCR（RT-PCR） | 第47页 |
| ·引物设计及验证 | 第47-48页 |
| ·定量 PCR 验证 | 第48页 |
| ·实验结果 | 第48-52页 |
| ·引物设计与检验 | 第48-50页 |
| ·定量 PCR 结果及与转录组测序结果比较 | 第50-52页 |
| ·讨论 | 第52-53页 |
| 第5章 结论 | 第53-54页 |
| ·差异表达基因的功能聚类 | 第53页 |
| ·定量结果与测序结果比较 | 第53页 |
| ·内参基因的选择 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-60页 |
| 缩略语词汇表 | 第60-61页 |
| 附录A 差异表达基因互作信息表 | 第61-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第65-66页 |
