| 致谢 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-36页 |
| 1. 牡蛎潮间带环境的适应机制研究 | 第14-17页 |
| ·潮间带环境定义及特点 | 第14-15页 |
| ·潮间带环境中海洋重金属污染的现状 | 第15-16页 |
| ·潮间带区域重金属污染的特点 | 第16-17页 |
| 2. 重金属胁迫及生物响应机制研究进展 | 第17-26页 |
| ·海洋贝类对重金属富集，吸收和累积过程的研究进展 | 第17-19页 |
| ·重金属对生物体的毒害机制 | 第19-23页 |
| ·生物体对重金属应激的反应机制的研究 | 第23-26页 |
| 3. 基因组学在海洋生物学中的研究进展 | 第26-30页 |
| ·环境生态基因组学的解释与来源 | 第26-27页 |
| ·环境生态基因组学研究的主要内容 | 第27-28页 |
| ·环境生态基因组学的技术支持 | 第28-29页 |
| ·环境生态基因组学主要的研究进展 | 第29-30页 |
| 4. MTF-1 及其调控基因的研究进展 | 第30-34页 |
| ·MTF-1 结构相关的研究 | 第31页 |
| ·MTF-1 的转录调控机制的研究 | 第31-33页 |
| ·MTF-1 调控其它的基因研究 | 第33-34页 |
| 5. 本研究的目的意义 | 第34-36页 |
| ·本研究的主要目的 | 第34-35页 |
| ·本研究的主要内容 | 第35页 |
| ·本研究的意义 | 第35-36页 |
| 第二章 牡蛎重金属胁迫下RNA-seq分析 | 第36-64页 |
| 1 材料与方法 | 第36-40页 |
| ·重金属胁迫实验 | 第36-37页 |
| ·重金属含量的测定 | 第37页 |
| ·牡蛎RNA样品的提取 | 第37-38页 |
| ·RNA-seq表达谱测序 | 第38-39页 |
| ·测序reads的定位和RPKM值计算 | 第39页 |
| ·表达谱差异基因的筛选及GO，KEGG功能分析 | 第39-40页 |
| ·差异基因集的聚类分析 | 第40页 |
| 2 结果与讨论 | 第40-61页 |
| ·重金属胁迫表达谱的总体特征分析 | 第40-47页 |
| ·应激组织、时间差异和离子特异性分析 | 第47-52页 |
| ·Zn, Cd和Zn+Cd胁迫的长牡蛎应激表达谱分析 | 第52-59页 |
| ·Pb胁迫牡蛎应激表达谱筛选污染指示剂 | 第59-61页 |
| 3. 小结 | 第61-64页 |
| ·牡蛎体内重金属的累积研究 | 第61-62页 |
| ·重金属应激RNA-seq的总体特征分析 | 第62页 |
| ·重金属应激的组织器官，时间和离子特异性分析 | 第62-63页 |
| ·重金属应激Zn，Cd，Zn+Cd表达谱分析 | 第63-64页 |
| 第三章 重金属应激胁迫模型分析 | 第64-96页 |
| 1. 材料与方法 | 第64-66页 |
| ·物种基因集的来源 | 第64页 |
| ·基因的预测 | 第64-65页 |
| ·不同物种间的KO，map的比较 | 第65页 |
| ·基因代谢通路的描绘（Ipath分析） | 第65页 |
| ·金属离子电镜能谱实验 | 第65-66页 |
| 2. 结果与讨论 | 第66-92页 |
| ·重金属应激相关基因的扩张分析 | 第66-68页 |
| ·重金属应激模型的构建 | 第68-70页 |
| ·重金属应激关键基因家族分析 | 第70-77页 |
| ·重金属应激关键代谢通路分析 | 第77-82页 |
| ·牡蛎扩张的map及iPath分析 | 第82-92页 |
| 3.小结 | 第92-96页 |
| ·重金属代谢关键基因家族的分析 | 第92-93页 |
| ·重金属关键代谢通路分析 | 第93-94页 |
| ·牡蛎重金属防御相关基因家族和代谢通路显著扩张 | 第94页 |
| ·重金属应激网络模型的构建 | 第94-96页 |
| 第四章 转录因子MTF-1 克隆及表达分析 | 第96-112页 |
| 1. 实验材料与方法 | 第96-105页 |
| ·实验材料 | 第96-97页 |
| ·实验方法 | 第97-105页 |
| 2 结果与讨论 | 第105-110页 |
| ·转录因子MTF-1 的克隆分析 | 第105-108页 |
| ·MTF-1 的表达模式分析 | 第108-109页 |
| ·MTF-1 的定位分析 | 第109-110页 |
| ·MTF-1 结合MRE基序的分析 | 第110页 |
| 3. 小结 | 第110-112页 |
| 第五章 MTF-1 转录调控分析 | 第112-133页 |
| 1. 材料与方法 | 第112-116页 |
| ·材料和处理： | 第112页 |
| ·实验方法 | 第112-116页 |
| 2. 结果与讨论 | 第116-130页 |
| ·MTF-1 的RNAi分析 | 第116-120页 |
| ·MTF-1 调控MT基因家族相关基因分析 | 第120-122页 |
| ·MTF-1 调控ZnT基因 | 第122-130页 |
| 3 讨论 | 第130-133页 |
| ·MTF-1 的RNA干扰及下游调控基因的表达 | 第130页 |
| ·MTF-1 对下游基因的调控机制 | 第130-131页 |
| ·ZnT基因的克隆和作用机制 | 第131-132页 |
| ·MT基因和ZnT基因对重金属Zn联合应激作用 | 第132-133页 |
| 第六章 博士期间的其它工作：牡蛎广盐性机制的转录组学研究 | 第133-152页 |
| 前言 | 第133页 |
| 1. 实验材料与方法 | 第133-135页 |
| ·实验材料 | 第133-134页 |
| ·实验方法 | 第134-135页 |
| 2. 实验结果与讨论 | 第135-151页 |
| ·盐度胁迫下牡蛎体内自由氨基酸含量分析 | 第135-136页 |
| ·牡蛎盐度胁迫指示基因的筛选 | 第136-138页 |
| ·离子通道和水通道蛋白在盐度胁迫下的表达 | 第138-139页 |
| ·自由氨基酸的代谢在盐度胁迫下的变化 | 第139-149页 |
| ·牡蛎盐度适应代谢调控网络的构建 | 第149-151页 |
| 3. 小结 | 第151-152页 |
| 参考文献 | 第152-161页 |
| 作者简历 | 第161-162页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文与研究成果 | 第162页 |