| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-18页 |
| ·研究背景 | 第8-9页 |
| ·预测协同进化的方法 | 第9-11页 |
| ·进化模式相关 | 第9页 |
| ·进化历程相关 | 第9-10页 |
| ·结合结构及功能信息 | 第10-11页 |
| ·核糖体 RNA | 第11-14页 |
| ·核糖体大亚基（SSU）及小亚基（LSU）RNA 序列 | 第11页 |
| ·5S rRNA 序列 | 第11-14页 |
| ·核苷酸替换模型 | 第14-16页 |
| ·RNA 序列二级结构预测 | 第16-17页 |
| ·研究的目的与意义 | 第17-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-29页 |
| ·材料 | 第18-19页 |
| ·大亚基（LSU）及小亚基（SSU）RNA 序列 | 第18页 |
| ·5S rRNA 序列 | 第18-19页 |
| ·方法 | 第19-29页 |
| ·系统发育推断 | 第19-20页 |
| ·系统发育推断方法 | 第20-22页 |
| ·祖先序列构建 | 第22页 |
| ·替换速率估计 | 第22页 |
| ·协同进化位点预测 | 第22-24页 |
| ·rRNA 茎结构进化历程中的正向选择 | 第24页 |
| ·模拟 5S rRNA 茎结构的进化历程 | 第24-27页 |
| ·5S rRNA 二级结构预测 | 第27-29页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第29-38页 |
| ·结果 | 第29-36页 |
| ·系统发育树的构建 | 第29-30页 |
| ·祖先序列推断的准确性 | 第30页 |
| ·5S rRNA 序列中的协同进化位点 | 第30-35页 |
| ·5S rRNA 进化历程中的正向选择 | 第35-36页 |
| ·讨论 | 第36-38页 |
| 参考文献 | 第38-43页 |
| 附录 | 第43-44页 |
| 致谢 | 第44-45页 |
| 作者简介 | 第45页 |